โทษปรับทางปกครอง กำหนดให้การชำระค่าปรับใช้วิธีหักจากเงินเดือนหรือค่าจ้าง ส่วนกรณีที่เจ้าหน้าที่ไม่อยู่ในสังกัดของหน่วยงานใด คณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินจะใช้วิธีออกคำสั่งเรียกให้ชำระเป็นเงิน โทษปรับทางปกครอง แบ่งอัตราโทษปรับทางปกครองออก เป็น 4 ชั้น
1. โทษชั้นที่ 1 โทษปรับไม่เกินเงินเดือน 1 เดือน
2. โทษชั้นที่ 2 โทษปรับเท่ากับเงินเดือนตั้งแต่ 2 เดือนถึง 4 เดือน
3. โทษชั้นที่ 3 โทษปรับเท่ากับเงินเดือนตั้งแต่ 5 เดือนถึง 8 เดือน
4. โทษชั้นที่ 4 โทษปรับเท่ากับเงินเดือนตั้งแต่ 9 เดือนถึง 12 เดือน
ความผิดเกี่ยวกับการรับเงิน การเก็บรักษาเงิน และการนำเงินส่ง
เจ้าหน้าที่ผู้ใดมีหน้าที่จัดเก็บเงินหรือรับชำระเงิน ได้รับชำระเงินแล้วไม่ทำหลักฐานการรับเงินหรือไม่ออกหลักฐานหรือใบเสร็จรับเงินให้แก่ผู้ชำระเงิน โดยจงใจ จะต้องรับโทษปรับทางปกครองชั้นที่ 1และมีผู้บังคับบัญชาร่วมกระทำ จะต้องรับโทษปรับทางปกครองชั้นที่ 2 และมีเจ้าหน้าที่อื่นร่วมกระทำความผิดและเป็นเหตุให้เกิดความเสียหายแก่รัฐ จะต้องรับโทษปรับทางปกครองชั้นที่ 2
ตามระเบียบคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินว่าด้วยวินัยทางงบประมาณและการคลัง พ.ศ. 2544 ได้มีการกำหนดความผิดลงโทษปรับทางการปกครองเพื่อให้ทุกคนที่ปฏิบัติงานด้านการเงินการคลังให้ปฏิบัติงานอย่างเคร่งครัดในระเบียบถ้าไม่ปฏิบัติตามก็จะมีการลงโทษ ในกรณีโทษชั้นที่ ปรับเงินเดือน 9 เดือนถึง 12 เดือน แต่บุคคลคนนั้นออกจากงานกลางครันและบุคคลนั้ไม่สามารชดใช้ได้ คณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินจะออกคำสั่งเรียกให้ชำระค่าปรับ หากไม่มีหรือฝ่าฝืนจะใช้มาตรการยึดอายัดทรัพย์ที่มีอยู่