หลังจากทรงเสร็จสิ้นพระราชกิจเข้าร่วมพิธีเฉลิมฉลองการครองสิริราชสมบัติครบ ๖๐ ปี ของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ แล้ว เมื่อวันพุธที่ ๑๔ มิถุนายน ๒๕๔๙ สมเด็จพระจักรพรรดิอากิฮิโต และจักรพรรดินีมิชิโกะ แห่งญี่ปุ่นทรงใช้เวลาว่างจากพระราชกิจ เสด็จพระราชดำเนินเยือนจังหวัดพระนครศรีอยุธยา "นครประวัติศาสตร์
ที่ยูเนสโกยกย่องให้เป็นมรดกโลกทางวัฒนธรรม" 

           สถานที่ทอดพระเนตรแห่งหนึ่งที่น่าสนใจ ได้แก่ ศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา ศูนย์แห่งนี้เป็นสถานที่จัดตั้งขึ้นตามโครงการที่นักวิชาการไทยและนักวิชาการญี่ปุ่นปรับขขยายมาจากข้อเสนอเดิมของสมาคมไทย-ญี่ปุ่น และจังหวัดพระนครศรีอยุธยาซึ่งเคยเสนอปรับบริเวณที่เคยเป็นหมู่บ้านญี่ปุ่นให้จัดสร้างเป็นพิพิธภัณฑ์หมู่บ้านญี่ปุ่น มาเป็นการเสนอให้จัดตั้งเป็น "ศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา" ซึ่งจะทำหน้าที่เป็นสถาบันวิจัยและเป็นพิพิธภัณฑสถาน ที่เกี่ยวกับอยุธยาโดยรวม
           สถานที่แห่งนี้ได้รับงบประมาณเป็นเงินช่วยเหลือแบบให้เปล่าจากรัฐบาลญี่ปุ่นเป็นเงิน ๙๙๙ ล้านเยน เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ ทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ ๖๐ พรรษา และเป็นที่ระลึกในความสัมพันธ์และมิตรภาพระหว่างประเทศญี่ปุ่นกับราชอาณาจักรไทยว่าได้สถาวรยืนยาวมาครบ ๑๐๐ ปี
            ศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยาแห่งนี้แบ่งออกเป็น ๒ ส่วน ส่วนอาคารหลัก ตั้งอยู่ในบริเวณเกาะเมืองอยุธยา ทิศเหนือจดกับถนนปรีดี พนมยงค์ ทิศใต้จดกับถนนอู่ทองทิศตะวันออกจดกับจวนผู้ว่าราชการจังหวัด และทิศตะวันตกจดกับมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา และอีกส่วนคือส่วนอาคารผนวก ตั้งอยู่ที่ตำบลเกาะเรียน ในบริเวณหมู่บ้านญี่ปุ่น
           พิพิธภัณฑ์ของศูนย์แห่งนี้มีลักษณะพิเศษแตกต่างจากพิพิธภัณฑ์อื่น คือ การพยายามสร้างชีวิต สังคม วัฒนธรรมในอดีตให้กลับมามีชีวิตใหม่ ด้วยข้อมูลการวิจัย (Research based Reconstrution) โดยการนำเทคโนโลยีของการจัดพิพิธภัณฑ์สมัยใหม่มาใช้จัดแสดงนิทรรศการ ซึ่งจะทำให้ผู้ชมเข้าใจชีวิตในอดีตได้ง่าย
            การจัดแสดงมีทั้งหมด ๕ หัวข้อหลัก ได้แก่
            - อยุธยาในฐานะราชธานี
            - อยุธยาในฐานะเมืองท่า
            - อยุธยาในฐานะของศูนย์รวมอำนาจ
            - ความสัมพันธ์ของอยุธยากับนานาชาติ
            - ชีวิตชุมชนชาวบ้านไทย

            ทั้งนี้ นิทรรศการทุกอย่างที่นำมาแสดงในศูนย์ฯ ได้รับการตรวจสอบข้อมูลทางประวัติศาสตร์อย่างละเอียดจากคณะอนุกรรมการด้านวิชาการและคณะกรรมการอำนวยการมาแล้ว

           สถานที่เสด็จทอดพระเนตรอีกแห่งหนึ่ง ได้แก่ "วัดมหาธาตุ"
วัดแห่งนี้เป็นโบราณสถานที่สำคัญ ตั้งอยู่เชิงสะพานป่าถ่าน ทางทิศตะวันออกของวัดพระศรีสรรเพชญ์  พงศาวดารบางฉบับกล่าวว่า วัดนี้สร้างในสมัยสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๑ ต่อมาสมเด็จพระราเมศวร โปรดเกล้าฯให้อัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุ มาบรรจุไว้ใต้ฐานของพระปรางค์ในวัด เมื่อ พ.ศ. ๑๙๒๗            พระปรางค์วัดมหาธาตุ ถือเป็นพระปราค์ที่สร้างในระยะแรกของสมัยอยุธยา ได้รับอิทธิพลของพระปรางค์ขอมปนอยู่ ชั้นล่างก่อสร้างด้วยศิลาแลง แต่ที่เสริมใหม่ตอนบนเป็นอิฐถือปูน สมเด็จพระเจ้าปราสาททองได้ทรงปฏิสังขรณ์พระปรางค์ใหม่โดยเสริมให้สูงกว่าเดิม แต่ขณะนี้ยอดพังลงมาเหลือเพียงชั้นมุขเท่านั้น
            จึงเป็นที่น่าเสียดาย เพราะมีหลักฐานว่าเป็นพระปรางค์ที่มีขนาดใหญ่มากและก่อสร้างอย่างวิจิตรงดงามมาก  เมื่อ พ.ศ. ๒๔๙๙ กรมศิลปากรได้ขุดแต่งพระปรางค์แห่งนี้ พบของโบราณหลายชิ้น ที่สำคัญคือ ผอบศิลา ภายในมีสถูปซ้อนกัน ๗ ชั้น แบ่งออกเป็น ชิน เงิน นาก ไม้ดำ ไม้จันทน์แดง แก้วโกเมน และทองคำ ชั้นในบรรจุพระบรมสารีริกธาตุและเครื่องประดับอันมีค่า
             ปัจจุบันพระบรมสารีริกธาตุ นำไปประดิษฐานไว้ที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติเจ้าสามพระยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา

           อย่างไรก็ตามท่านผู้ว่าราชการจังหวัดพระนครศรีอยุธยา (นายสมชาย ชุ่มรัตน์) ได้กล่าวถึงการเตรียมการรับเสด็จครั้งนี้ว่า เพื่อสร้างความประทับใจนั้น ได้มีการเตรียมงานเพื่อให้ทอดพระเนตรถึงวิถีชีวิตของชาวพระนครศรีอยุธยา ซึ่งเป็นราชธานีเก่า และประชาชนชาวจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ต่างปลื้มปิติยินดีที่ได้มีโอกาสต้อนรับพระราชอาคันตุกะในครั้งนี้