นิสิตที่เรียน 266402 ชีวสารสนเทศเบื้องต้น ได้ทำการวิเคราะห์ข้อมูลชีวภาพ เพื่อดูความสัมพันธ์ระหว่างสปีชีส์หรือสายพันธุ์ต่างๆจากยีนๆหนึ่ง
หลังจากทำ บูทสแตรพพิง (bootstraping) ในชุดโปรแกรมไฟลิพ ไม่พบตัวเลขกำกับความเชื่อมั่น
ผมเลยทดสอบและแสดงให้ดูด้วยภาพเหล่านี้ เพื่อแสดงให้เห็นชัดเจนว่า ค่าตัวเลขอยู่ตรงไหน และแสดงบนแผนภูมิวิวัฒนาการโดยใช้โปรแกรมทรีวิวได้อย่างไร
1. หา ตาราง ระยะห่างของลำดับดีเอ็นเอเป็นคู่ๆ (ด้วย dnadist) สำหรับ 500 ชุดของข้อมูลที่สร้างจาก seqboot
2. จากนั้น นำไปสร้างแผนภูมิต้นไม้ ด้วยวิธี Neibor-Joining ได้แผนภูมิต้นไม้ 500 แผนภูมิ
3. เมื่อตรวจดูแผนภูมิ ใน Newick format
4. ภาพ ผลจากการใช้โปรแกรม consense หา แผนภูมิต้นไม้สอดคล้อง (consensus tree) แบบเหมือนกันมากกว่า 50 เปอร์เซ็นต์ขึ้นไป (50% majority rule)
5. ผลในข้อ 4 ที่เป็น Newick format
6. ใส่นามสกุลของไฟล์ข้อ 5 เป็น .tre แล้วเปิดด้วยโปรแกรมทรีวิว (Treeview) หมายเหตุอาจใช้โปรแกรมอื่นในการดูแผนภูมิได้
ในภาพที่ 5 สามารถแปลงค่า เป็นเปอร์เซ็นต์ในไฟล์ได้ เช่น 295/500 เท่ากับ 59% ก็ตัวเลขในไฟล์จาก 295 เป็น 59 และ 500 เป็น 100
นิสิต ที่มีคำถามเพิ่มเติม ติดต่ออาจารย์จะได้ ชี้แจงให้เข้าใจ
