ฟลูออไรด์ เป็นแร่ธาตุในธรรมชาติ ที่พิสูจน์แล้วว่าสามารถป้องกันฟันผุเมื่อใช้ในปริมาณและความถี่ที่เหมาะสม

กลไกของฟลูออไรด์ในการป้องกันฟันผุ อธิบายง่าย ๆ คือการที่ฟลูออไรด์ไปทำปฏิกิริยากับสารในเคลือบฟัน ก่อให้เกิดผลึกของเคลือบฟันที่ใหญ่ขึ้น  จึงทำฟันผุได้ยากมากขึ้น (คิดตามหลัก คือผลึกที่ใหญ่มากขึ้นจะทำให้พื้นที่ของผิวรอบผลึกน้อยกว่าผลึกที่เล็กว่า)  แต่อย่างไรก็ตามหากได้รับฟลูออไรด์มากเกินไปจะทำให้ผลึกใหญ่เกินจนไม่เกาะกัน เกิดเป็นลักษณะฟันด่าง หรือ Flurosis ได้ (มักพบในเขตที่มีฟลูออไรด์ในน้ำธรรมชาติมาก ๆ เช่นแถบภาคเหนือ)

 ยังมีกลไกการป้องกันฟันผุของฟลูออไรด์อีกหลายอย่าง แต่จะไม่อธิบายเพราะมีผลค่อนข้างน้อยกว่า 

ฟลูออไรด์ที่ใช้ในการป้องกันฟันผุมีวิธีการใช้ทั่ว ๆ  2 วิธี คือวิธีกิน (System)  และวิธีการให้สัมผัสกับฟัน (Topical) ซึ่งแต่ละประเภทมีวิธีการใช้และให้ผลลัพธ์ที่แตกต่าง

อย่างไรก็ตามถึงแม้จะใช้ฟลูออไรด์แล้ว การทำความสะอาดช่องปากและฟันโดยการแปรงฟันและใช้ไหมขัดฟัน ยังเป็นวิธีการที่ช่วยในการป้องกันฟันที่ที่พึงกระทำควบคู่ไปด้วย