สรุปการปรับปรุงระบบบริหารราชการส่วนภูมิภาคในสมัยสมเด็จพระนเรศวร มีดังนี้
1. รวมอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลาง เพื่อเพิ่มอำนาจให้เมืองหวงควบคุมเขตภูมิภาคได้มั่นคงขึ้น (แต่มิได้มีผลถาวร)
2. ยกเลิกระบบเมืองลูกหลวงและเมืองพระยามหานครในเขตเมืองชั้นนอกและจัดแบ่งหัวเมืองในเขตชั้นนอกเป็นเมืองชั้นเอก โท ตรี ตามลำดับ
3. จัดส่งขุนนางออกไปเป็นเจ้าเมืองเหล่านี้ และให้แต่ละเมืองขึ้นตรงต่อเมืองหลวง ฯลฯ
