พื้นที่ภูจองนายอยเป็นส่วนหนึ่งของเทือกเขาพนมดงรัก ประกอบด้วยภูเขาเล็กภูเขาน้อยหลายลูก ที่สำคัญอาทิเช่น ภูจองนายอย ภูจองน้ำซับ ภูจอง ภูจันทร์แดง ภูพลานสูง ภูหลานยาว เป็นต้น ต่อเนื่องกันไปตามเขตป่าชายแดนประเทศไทย กับกัมกัมภูชาประชาธิปไตย และสาธารณรัฐประธิปไตยประชาชนลาว พื้นที่ส่วนใหญ่เป็นที่ราบ และเนินเขาซึ่งราบขึ้น และเนินเขาซึ่งลาดขึ้นไปทางทิศใต้ มีความสูงประมาณ 300 - 500 เมตร พื้นที่ทั้งหมดของป่าภูจองนายอยที่พัฒนาเป้นแหล่งเรียนรู้ คลอบคลุมในท้องที่อำเภอนาจะหลวย อำเภอน้ำยืน และอำเภอบุณฑริก จังหวัดอุบลราชธานี สภาพป่าโดยทั่วไปเป็นป่าดิบเขา ป่าดิบแล้ง ป่าเบญจพรรณ ป่าเต็งรัง มีพรรณไม้ขึ้นอยู่หนาแน่น ประมาณ 75 % มีต้นไม้ตั้งแต่ขนาดเล็กจนไปถึงขนาดใหญ่ นอกจากนี้พื้นที่ป่าภูจองนายอยยังอุดมไปด้วยสัตว์ป่านานาชนิดตลอดจนวิวทิวทัศน์ของธรรมชาติที่สวยงามอยู่หลายแห่ง โดยความร่วมมือต่วมใจอันดีของประชาชน 4 อำเภอ  ได้แก่ อ.นาจะหลวย  อ.เดชอุดม  อ.น้ำยืนและอ.บุณฑริก  มีวามต้องการที่จะอนุรักษืทรัพยากรธรรมชาติต่าง ๆ ของป่าภูจองนายอย  ให้อุดมสมบูรณ์คงอยู่เป็นมรดกแก่เยาวชนรุ่นหลังต่อไป