มีตำนานเล่าขานต่อกันมาว่า วัดนครป่าหมากดอนทองก่อสร้างมานานแล้วประมาณ 400 กว่าปี เดิมมีพระภิกษุสงฆ์จำวัดอยู่ สมัยนั้นมีการก่อสร้างโบราณวัตถุที่สวยงาม ต่อมาไม่มีพระภิกษุสงฆ์จำวัดเป็นเวลากว่าร้อยปี จึงได้กลายเป็นวัดร้าง เกิดการบุกรุก ทำลาย และนำของมีค่าของวัดไปเป็นจำนวนมาก และยังมีการจับจองที่ทำกินแต่ก็ยังพบร่องรอยโบราณสถานของวัดหลงเหลืออยู่

      ต่อมาในวันที่ 9 ธันวาคม 2549  ชาวบ้านหมู่ที่ 1 ต.ดอนทอง  เห็นว่าควรมีการก่อสร้างและบูรณะวัดนครป่าหมากดอนทองขึ้นมาอีกครั้งหนึ่ง จึงได้นิมนต์พระภิกษุสงฆ์มาจำวัด 1 รูป และดำเนินการบูรณปฏิสังขรณ์วัดปัจจุบันมีพระภิกษุสงฆ์จำวัด จำนวน 4 รูป มีกุฏิ 1 หลัง และกำลังก่อสร้างศาลาการเปรียญซึ่งยังไม่แล้วเสร็จขาดจตุปัจจัยและทุนทรัพย์ในการก่อสร้างเป็นจำนวนมาก ทำให้วัดนี้ยังไม่มีสถานที่ให้ชาวบ้านประกอบประเพณีบุญสืบสานพระพุทธศาสนา

 

     ในปี พ.ศ. 2550  รศ.วินัย  อาจคงหาญ คณบดีบัณฑิตวิทยาลัย ม.เกษตรศาสตร์ และ ผศ.ดร.คนึงนิจ ภู่พัฒน์วิบูลย์ คณบดีบัณฑิตวิทยาลัย ม.นเรศวร พร้อมด้วยคณาจารย์ ข้าราชการ และเจ้าหน้าที่ ได้ร่วมกันทอดกฐินสามัคคี ณ วัดนครป่าหมากดอนทอง หมู่ 1 ต.ดอนทอง อ.เมือง จ.พิษณุโลก เมื่อวันศุกร์ที่ 16 พฤศจิกายน พ.ศ. 2550 เพื่อสมทบทุนก่อสร้างศาลาการเปรียญและบูรณวัดนครป่าหมากดอนทองให้เป็นวัดที่มีสถานที่ประกอบพิธีทางศาสนาสำหรับชาวบ้านจะได้มาทำบุญที่วัดแห่งนี้ต่อไป

      เป็นที่น่ายินดีและชื่นชมเป็นอย่างยิ่ง สำหรับการร่วมใจกันทำบุญทอดกฐิน ณ วัดนครป่าหมากดอนทอง จ.พิษณุโลก อดีตวัดที่เคยมีโบราณสถานและความรุ่งเรืองเมื่อ 400 ปีก่อน จะได้รับการบูรณปฏิสังขรณ์ให้เจริญขึ้นอีกในปัจจุบัน

 
     ขอขอบคุณท่านคณบดี คณาจารย์ ข้าราชการ และบุคลากรของ    บัณฑิตวิทยาลัย ม.เกษตรศาสตร์ และบัณฑิตวิทยาลัย ม.นเรศวร ที่ร่วมกันทำบุญบูรณะปฏิสังขรณ์วัดนครป่าหมากดอนทองให้กับชาวบ้านและลูกหลาน ต.ดอนทอง จ.พิษณุโลก ต่อไป