GotoKnow
  • เข้าระบบ
  • สมัครสมาชิก
  • แผงจัดการ
  • ออกจากระบบ
GotoKnow

ปัญหาของ PCR...คำถามที่น่าจะเอามาแลกเปลี่ยนกัน

เป็นปัญหาที่คำตอบจากประสบการณ์...คือสิ่งที่ดีที่สุดค่ะ

ได้รับคำถามเกี่ยวกับ PCR ที่คิดว่า คงเป็นปัญหาที่หลายๆคนอาจจะพบเจอ และน่าจะนำมาแลกเปลี่ยนพูดคุยกันได้ทางบล็อกนี้ ก็เลยขอนำมาคั่นรายการ Basic Real-time PCR เสียก่อน เป็นปัญหาเกี่ยวกับ primer ที่มีใจความคำถามดังนี้ค่ะ

"อยากทราบว่าในการทำ PCR ปํญหาที่อาจเกิดขึ้นจะแก้อย่างไร เช่น ถ้า Forward and Reward Primer มีค่า Tm ต่างกัน จะทำอย่างไร  อุณหภูมิของ step ที่3 (elongation)จะใช้เท่าไรดูจากตัวแปรไหนบ้างคะ  อัตราการต่อสายหาได้ยังไงคะ และสุดท้ายวิธีลด non-specific band ทำอย่างไรได้บ้าง รบกวนช่วยตอบข้อสงสัยหน่อยนะคะ หรือช่วยแนะนำข้อมูลหรือหนังสือก็ได้ค่ะ"

จากประสบการณ์ของตัวเองพบว่า การทำ PCR นั้นเป็นวิธีการที่เรียกได้ว่าเป็นศิลปะอย่างหนึ่งทีเดียว ไม่มีคำตอบตายตัวใดๆ ทุกอย่างเป็น empirical process ทั้งนั้น และคนที่มีความคิดยืดหยุ่นโดยใช้หลักการพื้นฐานทางชีวเคมีจะสามารถแก้ปัญหาได้หลากหลายรูปแบบ ทฤษฎีมีไว้ช่วยในการคิดเท่านั้นเองค่ะ เพราะฉะนั้น สิ่งที่ต้องมีอย่างแรกก็คือ ความรู้พื้นฐานเกี่ยวกับส่วนประกอบต่างๆของ PCR ซึ่งจะหาอ่านได้หลากหลายที่มากๆค่ะ

สำหรับ 2-3 คำถามข้างบนนี้ มีความรู้พื้นฐานที่ใช้หาคำตอบได้ที่นี่ ( เป็นส่วนหนึ่งของ The Bio-Web ซึ่งเป็นเว็บไซต์ที่ Dr. Andrew Kropinski แห่ง Queen's University ของแคนาดาได้จัดทำขึ้นเพื่อเป็นวิทยาทาน เห็นว่าเป็นที่รวมของสิ่งที่มีประโยชน์มากๆค่ะ) เอาให้ตรงคำถามจริงๆ ก็คือ

  • สำหรับคำถามแรก อยากให้ลองเข้าไปใช้โปรแกรม Primer3 ที่มีลิงค์จากเว็บไซต์นั้นแหละนะคะ ใส่ sequence ที่ต้องการ amplify เข้าไป พร้อมกับ primer ตัวใดตัวหนึ่ง (จะเป็น forward หรือ reverse ก็ได้ค่ะ) แล้วจะได้รับ primer ที่จะมาคู่กับตัวที่เราใส่เข้าไปหลายๆตัว ถ้าไม่มีตัวไหนเหมือนตัวที่เรามีเลย น่าจะแสดงว่าเราควรจะเปลี่ยน primer ค่ะ เพื่อให้ Tm ไปกันได้ ไม่ต่างกันมาก จากประสบการณ์ตรงของตัวเองนี่ บอกได้เลยว่า การตัดสินใจเปลี่ยน primer จะเสียเวลาและค่าใช้จ่ายน้อยกว่าการทนทู่ซี้ optimize primer set ที่ค่า Tm ไปด้วยกันไม่ได้นะคะ
  • คำถามที่สอง ปกติถ้าใช้ Taq polymerase ก็จะเป็น 72 C อยู่แล้วค่ะ อุณหภูมิตรงนี้ก็จะขึ้นกับเอนไซม์ที่เราใช้ extend สาย nucleotide ของเรานั่นเองค่ะว่าเขาทำงานได้ดีที่อุณหภูมิเท่าไหร่ ต้องศึกษาจากคุณสมบัติของเขาทั้งอุณหภูมิและอัตราการต่อสายนะคะ
  • ส่วนการลด non-specific band นั้นก็คือการ optimize reaction ของเรา ซึ่งอันนี้ก็จะต้องเริ่มจากการทดลองด้วยสภาวะพื้นฐานก่อน จะดูได้จากตารางที่มีส่วนประกอบของการทำ PCR จากลิงค์ที่ให้นี้ แล้วลอง run ดูก่อนที่จะปรับความเข้มข้นของส่วนประกอบต่างๆ สำหรับตัวเองจะเริ่มที่การปรับ Mg++ ค่ะ   

หวังว่าจะมีท่านอื่นๆที่เคยพบปัญหานี้แล้วแก้ไขแบบอื่นๆ จะเข้ามาแลกเปลี่ยนประสบการณ์กันนะคะ ใครที่กำลัง optimize reaction อยู่อยากถามอะไรอื่นๆอีก ก็จะได้ใช้เป็นศูนย์กลางติดต่อกันได้ค่ะ

บันทึกนี้เขียนที่ GotoKnow โดย 

หมายเลขบันทึก: 115585
เขียน:
แก้ไข:
ดอกไม้: 8
ความเห็น: 132
อ่าน:
สัญญาอนุญาต: สงวนสิทธิ์ทุกประการ

ความเห็น (100)

รายการนี้มีมากกว่า 100 ความเห็น   

รบกวนอาจารย์หน่อยครับพอดีผมทำโปรเจคเกี่ยวกับbioinformatic โดยทำหัวข้อจะหา genetic marker ที่เหมาะสมในการวินิจฉัยเชื้อ infruenza virus ด้วนเทคนิค multiplex pcr ตอนนี้ผมไม่ค่อยมีความรุ้ด้านโมเลกุลาเลยครับอยากให้อาจารย์ช่วยเเนะนำด้วยครับเเล้วก็ตอนนี้ผมอยากได้หลักการเทคนิค multiplex pcr รบกวนอาจารย์ช่วยลงให้หน่อยนะครับขอเป็นภาษาไทยนะครับ

ตอนนี้อ่านเปเปอก็ไม่รุเรื่งเลยครับเพราะอ่อนภาษาอังกฤษมากๆ

สวัสดีค่ะ คุณ benz [IP: 125.27.226.116] เขียนได้น่ารักน่าช่วยมากเลยค่ะ แต่ว่าหัวข้อ multiplex PCR ก็ไม่ง่ายที่จะอธิบายกันได้ในระยะเวลาหรือบทเรียนสั้นๆหรอกนะคะ ในเวลาอันสั้นที่ต้องการความรู้เรื่องนี้ แนะนำให้หา review paper ที่เกี่ยวกับเรื่องนี้อ่านดูนะคะ แต่ยังไงๆก็คงต้องพยายามแกะภาษาอังกฤษให้ได้อยู่ดีค่ะ

เวลาอ่าน paper ก็ให้สแกนดูกว้างๆก่อน ไม่ต้องอ่านหมดทุกตัวอักษร รู้จักดู keywords มองหาประโยคแต่ละประโยค แล้วคิดแบบรวมๆอย่าแปลเป็นคำๆ ลองพยายามดูนะคะ ยังไงๆเรียนสาขานี้แล้ว เลี่ยงข้อมูลภาษาอังกฤษไม่ได้แน่ๆค่ะ ก็ต้องลุยและหาวิธีอ่านให้เป็นดีกว่านะคะ

ถ้าอยากให้ช่วย อาจจะส่งเปเปอร์ที่อ่านแล้วไม่เข้าใจมาถามทางอีเมล อีเมลติดต่อ ดูนะคะ

ขอเรียนสอบถามอาจารย์ครับ เกี่วกับการใช้ synthetic primer ครับ

เนื่องจากในใบรายละเอียดของไพรเมอร์เขาจะบอกผล gel electrophoresis และ identification ต่างๆ

ด้วยความเข้าใจผิดของผมเอง ทำให้หลังจากอ่านจบแล้ว ผมละลายไพรเมอร์ที่ lyophilized มาแล้ว ด้วย 1xTBE buffer ครับ ซึ่งที่จริงแล้วต้องเป็น 1xTE buffer ครับ

ไม่ทราบว่า boric acid จะ interfere stability ของ primer's stock solution และของ PCR reaction หรือไม่ครับ

ปล. stock solution ของ lyophilized synthetic primer เข้มข้น 100 uM (ละลายใน 1x TBE buffer ~ 450 ul)

ความเข้มข้นก่อนใช้ (start concentration = 10 uM dilute ด้วย dd water)

ความเข้มข้นที่ใช้ใน PCR reaction = 0.4 uM ครับ

รบกวนอาจารย์ด้วยครับ

ขอบพระคุณมากครับ

สาธิต

ตอบคุณสาธิต รอดภักดีกุล คร่าวๆก่อนนะคะ ยังไม่ได้ยืนยันจากตำราที่ไหนถ้ามีเวลาน่าจะต้องหาดูจากพวก basic text อีกทีนะคะ

ปกติ TBE buffer เขาใช้กับ electrophoresis เพราะ boric มันมี buffer capacity ดีกว่า TE buffer และมีฤทธิ์เป็น antiseptic ด้วยก็ช่วยให้ buffer ไม่ con ได้ด้วย

จำได้ว่าตัวเองก็เคยใช้ TBE ละลาย stock primers นะคะ ก็เวิร์คดีไม่มีปัญหาค่ะ

เฮ้ออ.. โล่งอกไปทีครับอาจารย์ เดี๋ยวผมกำลังจะนำ PCR product ไปรันเจล อีกสักแปบจะทราบผล ขอบคุณอาจารย์มากครับ กำลังเครียดกลัวถูกด่า 55 ผมคงจำไปนานเลยครับ - - "

เรียนถามอาจารย์ค่ะ

เนื่องจากตอนนี้กำลังหาข้อมูลของ primer ที่ได้ลำดับจากนิวคลีโอไทด์ของ internal transcribed spacer (ITS) ITS4/ITS5

อยากทราบว่า primer พวก ITS นี้มีความจำเพาะต่อเชื้อ (ตอนนี้ทำ thesis เกี่ยวกับเชื้อราอยู่ค่ะ) มากขนาดไหน เพราะเห็นว่านำมาใช้กับหลายเชื้อมาก รบกวนอาจารย์ช่วยลงหน่อยนะคะ เพราะว่าความรู้ด้านนี้น้อยมากแล้วก็ paper ที่หามาอ่านแล้วยังไม่ค่อยเข้าใจได้ลึกซึ้งเท่าไหร่ค่ะ

ขอบคุณมากค่ะ

สวัสดีค่ะ รบกวนเรียนขอคำแนะนำค่ะ อาจารณ์

หนูกำลังทำโปรเจคเกี่ยวกับไวรัสพืช ซึ่งตอนนี้กำลังศึกษาถึงขั้นตอน PCR และได้พบปัญหาคือ หลังจาก ทำPCR แล้ว ได้bandที่เข้ม ชัด และขนาดตามต้องการ แต่เมื่อนำ PCR Product มาทำPCR อีกครั้งเพื่อตรวจสอบและเพิ่มปริมาณให้มากกว่าเดิม ผลเป็น Sear band ซึ่งไม่ได้bandดังเช่นทำPCRครั้งแรก หนูจึงอยากจะทราบสาเหตุท่ี่ทำไห้เกิด Sear band และควรแก้ปัญหาตรงนี้ยังไงค่ะ

ขอบพระคุณมากค่ะ

ต้องขอโทษที่เข้ามาตอบช้าไปหน่อยนะคะ สำหรับคำถามของคุณ ไม่แสดงตน [IP: 158.108.144.147] ทำให้ได้ไปหาคำตอบให้ พบว่า PCR นี่มีประโยชน์มากจริงๆนะคะ วิทยาการก้าวหน้าจนอีกหน่อยเราคงวินิจฉัยเชื้อโรคกันได้จำเพาะและรวดเร็วขึ้นเยอะ สำหรับเจ้า  internal transcribed spacer (ITS) นี่มี review น่าสนใจอยู่ที่ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11860017 ใน Med Mycol. 2002 Feb;40(1):87-109.นะคะ ถ้าอ่านแล้วไม่ค่อยใจตรงไหนค่อยถามเข้ามาอีกทีนะคะ

 

สำหรับคุณ กุ๊กกิ๊ก [IP: 124.157.145.115] คำถามที่ถามถึง sear band นั้นหมายถึง smear band ใช่ไหมคะ การนำ PCR product มาทำ PCR อีกครั้งนั้น หนูเอามายังไงคะ ตัดจาก gel หรือเปล่า purify หรือยัง ต้องลองตรวจสอบขั้นตอนพวกนี้ดูว่าทำได้ถูกต้องไหมน่ะค่ะ เพราะโอกาสที่เราจะทำผิดพลาดมีได้หลายอย่างมาก ที่จะทำให้ผลในลำดับต่อมาไม่เป็นอย่างที่คาด

หนูอยากถามว่า ในการทำ PCR internal control มีประโยชน์อะไรคะ แร้วทำมัยมีแบนด์เกิดขึ้น

ขอบคุณมากๆค่ะ สำหรับคำตอบ จะเข้าไปหาข้อมูลตาม website ที่ link มาให้นะคะ

ขอบพระคุณมากค่ะอ, สำหรับคำแนะนำ

แต่ อ.ค่ะ จากคำถามของหนูข้างต้น ที่อ.บอกว่า '"หนูเอามายังไงคะ ตัดจาก gel หรือเปล่า purify หรือยัง " หนูยังไม่สามารถทำในขั้นตอนดังกล่าวได้ เนื่องด้วยหนูเกิดปัญหา smear band ขึ้น เพราะจาการทำ PCR ครั้งแรกของหนู ได้ ปริมาณ DNA น้อยมาก(จาง)

หนูก็เลยนำPCR product ในการทำPCRครั้งแรก มาทำPCRครั้งที่2อีก โดยใช้แทน c DNA ผลคือ เกิด smear band ค่ะ เป็นไปได้ไหมค่ะว่า primer ที่ใช้เป็น non specific primer ถ้าเป็นnon specific primer หนูไม่เข้ากลไกลของมันค่ะว่า ทำไมการที่เป็นnon specific primer ถึงทำให้เกิดsmear band

ขอบพระคุณมากค่ะ อ.

เรียนขอคำปรึกษา อีคำถามค่ะ อ.

คือ หนูอยากทราบถึงกลไกลการทำงานของ IPTG และ x -GAl ที่ใช้ในขั้นตอนการ Clon gene ค่ะ หนูอ่านหนังสือไปก้อไม่ค่อยเข้าใจเท่าไหร่ จึงขอรบกวนช่วยอธิบายไห้หนูหน่อยน่ะค่ะ

ขอบพระคุณอย่างสูงค่ะ

รบกวนอีกสักครั้งค่ะ อ.ค่ะ

ในขั้นตอนการทำ PCR จำเปนมั้ยค่ะว่าต้องเติมสารตัวไหนอันดับเเรก จนถึงสุดท้าย

เพื่ออะไรค่ะ

ขอบพระคุณค่ะ

ถึงคุณไม่แสดงตน งุงิก็เจอปัญหาที่ว่าได้ smear band จากการเอา pcr product ครั้งแรกมาทำ pcr อีกรอบเหมือนกัน แต่ว่า primer ที่ใช้เป็น specific primer เลยนะคะ ไม่ทราบว่าตอนนี้คุณแสดงตนทำสำเร็จหรือยังคะ แล้วก็ขอความช่วยเหลือจากอาจารย์ด้วยค่ะไม่ทราบว่าจะแก้ปัญหาได้อย่างไร เพราะว่าลองทำมาสองสามรอบแล้วก็ได้ smear band เหมือนเดิมค่ะ

คำถามของหนูหลิว [IP: 124.157.251.215]นี่ กว้างไปนิดนะคะ ตอบได้แบบกว้างๆว่า internal control ก็แปลว่าตัวควบคุมภายใน ให้รู้ว่าปฏิกิริยาของเรามันเวิร์คน่ะค่ะ ซึ่งทำอะไรเราก็ต้องหาวิธีตรวจสอบใช่ไหมคะว่า สิ่งที่เราทำนั้น ถ้าผลเป็นลบก็ลบจริงๆไม่ใช่น้ำยาหรือเอนไซม์หรือส่วนประกอบไหนไม่เวิร์ค ถ้าเป็นบวกก็บวกจริงๆ ไม่ใช่อะไร contaminate มา เพราะฉะนั้น internal control ของแต่ละบริบทของ PCR ก็มีความสำคัญต่างๆกันไป แต่หลักๆก็คือเอาไว้ตรวจสอบกระบวนการทำของเรานั่นเองค่ะ

สวัสดีค่ะอาจารย์

เทอมหน้าน้องซิลเวียมีแล็บ RT-PCR ของ iNOS และ COX-2 ค่ะ

ถ้ามีปัญหาในการทำ..หนูจะขอปรึกษาอาจารย์ค่ะ (จองไว้ก่อนค่ะ)

ขอบคุณค่ะ

หนูกุ๊กกิ๊ก ไม่แสดงตน [IP: 124.157.149.160] ใช้คอมหลายที่เหรอคะ เห็นคนละ IP กับของเดิม

สันนิษฐานจากที่หนูเล่ามา น่าจะเป็นปัญหาจากการที่ reaction ตั้งแต่แรกของหนูยัง optimize ไม่ดีพอทำให้ไม่ได้ product ที่ต้องการจริงๆ แบบนี้หนูจะเอาไปเพิ่มจำนวนต่อก็อาจไม่ใช่ product ที่หนูต้องการจริงๆ เพราะฉะนั้นหนูต้องเริ่มต้นทำต้นฉบับให้ดีๆก่อนถึงจะไปคัดเลือกทีหลังค่ะ จัดการ optimize ให้ได้ band สวยๆเสียก่อน ซึ่งก็ต้องปรับกันหลายอย่างหน่อย ลองเข้าไปอ่านดูที่ http://biowww.net/detail-21.html เขามีคนมาช่วยกันตอบเกี่ยวกับว่าทำยังไงจึงจะแก้ปัญหา smear band ที่ว่านี้ มีหลายวิธีค่ะ อ่านดูว่าของเราใกล้เคียงอันไหน แล้วลองปรับใช้ดูนะคะ

กับอีก forum นึงที่ ใช้ได้สำหรับหนูงุงิ [IP: 202.12.97.122] ด้วยค่ะ

ชักสงสัยว่าหนูทั้งสองอาจมีปัญหากับการ optimize ปฏิกิริยาตั้งต้นนะคะ ถ้าจะให้ช่วยวิเคราะห์ปัญหาให้ หนูส่ง condition ที่ใช้และรายละเอียดในการทำ PCR ขั้นแรกที่ทำมาให้อีกทีนะคะ อาจจะชี้ปัญหาได้ชัดขึ้น

สำหรับใส่อะไรก่อนหลังนี่ก็ขึ้นกับว่าตัวไหนใส่ไปเพื่ออะไรน่ะค่ะ หนูต้องทำความเข้าใจกับปฏิกิริยาของ PCR ให้ดีว่าสารตัวไหนใส่ไปเพื่ออะไร condition ไหนตั้งแบบนั้นทำไม ขอรายละเอียดของปฏิกิริยาของหนูมาให้แล้ว อาจจะได้อธิบายได้ตรงจุดกว่านะคะ

คำตอบเมื่อกี๊ลืมใส่ลิงค์ให้ค่ะ ที่ http://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/3542.html ของฝรั่งเขามา forum แลกเปลี่ยนปัญหาการทำ PCR หลายๆที่ถ้าขยันอ่านหน่อยก็อาจได้วิธีแก้ปัญหาของเราได้นะคะ คนตอบส่วนมากก็พวกเทพๆในเรื่อง PCR ทั้งนั้นค่ะ คนที่เคยเจอปัญหาแบบเดียวกับเราแล้วแก้ได้มาแล้วมีเยอะแยะค่ะ บางปัญหาก็มีวิธีแก้หลายแบบ

สำหรับคำถามที่ว่า "กลไกลการทำงานของ IPTG และ x -GAl ที่ใช้ในขั้นตอนการ Clon gene" นั้น หนูพิมพ์ผิด 2 ที่นะคะ (ไม่รู้ผิดเพราะเข้าใจผิดหรือพิมพ์ผิด ขอแก้ให้ด้วยละกันนะคะ "กลไก" และ Clone gene ถึงจะถูกนะคะ)

คำอธิบายที่ ใบแนบน้ำยาของบริษัท Sigma ที่ http://www.sigmaaldrich.com.cn/etc/medialib/docs/Sigma/Instructions/media_supplements.pdf  เขาบอกชัดเจนแปลได้ไม่ยากนะคะ หนูลองอ่านตรงที่ขีดเส้นใต้แดงดูนะคะ

b-D-galactopyranoside

(X-Gal; BCIG; 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl b-D-galactoside)

CAS No. 7240-90-6

C14H15BrClNO6 FW 408.6

X-Gal is a chromogenic substrate for b-galactosidase that produces a rich blue color that can easily be detected visually over background. X-Gal is a substrate for bluewhite selection of recombinant bacterial colonies with the lac+ genotype.

 

IPTG

Isopropyl b-D-1-thiogalactopyranoside

Non-metabolizable galactose analog. IPTG is commonly used in cloning procedures that require induction of b-galactosidase activity. It is used in conjunction with X-Gal or S-gal in blue-white selection of recombinant bacterial colonies that induce expression of the lac operon in Escherichia coli. IPTG functions by binding to the lacI repressor and altering its conformation, which prevents the repression of the b-galactosidase coding gene lacZ.

 น้องซิลเวีย ทำแล็บที่ไหนคะ ถ้าจะให้ดึผูกมิตรกับพวกพี่ๆเอาไว้ เพราะส่วนมากปัญหาก็มักจะวนเวียนซ้ำๆเดิมน่ะค่ะ สำหรับมือใหม่หัดขับทั้งหลาย แต่ยังไงก็ยินดีช่วยตอบค่ะ ไม่ต้องจองก็ได้ :-) (แต่อาจจะช้าๆ...บ้างแล้วแต่สถานการณ์ค่ะ เช่นครั้งนี้ถามต้นเดือนตอบเกือบปลายเดือนแน่ะ) 

ขอบคุณอาจารย์ค่ะ หนูจะลองเข้าไปอ่านตามลิงค์ที่ให้ไว้นะคะ

ขอพระคุณ อาจารย์ เป็นอย่างสูงน่ะค่ะ ที่ให้คำแนะนำ ทำให้หนูรู้อะไรหลายอย่างมากขึ้น

ขอบพระคุณมากจีงๆค่ะ

lสวัสดีค่ะหนูขอรบกวนแปรประโยคนี้ให้หนู่หน่อยค่ะเป็นชื่อเรื่งในเปเปอร์นึงที่อ่านค่ะขอบคุณมากๆๆๆค่ะ

Optimizing the yield and utility of circulating cell-free DNA from plasma and serum

นู๋นิศารัตน์ [IP: 118.172.150.165] คะ ก่อนตอบต้องขอแก้ที่หนูเขียนหน่อยนะคะ อยากให้ช่วยกันเขียนภาษาเราให้ถูกๆดีกว่านะคะ หวังว่าหนูจะเขียนผิดเพราะพิมพ์เร็วไปมากกว่านะคะ

lสวัสดีค่ะหนูขอรบกวนแปรแปลประโยคนี้ให้หนู่หนูหน่อยค่ะเป็นชื่อเรื่งเรื่องในเปเปอร์นึงที่อ่านค่ะขอบคุณมากๆๆๆค่ะ

Optimizing the yield and utility of circulating cell-free DNA from plasma and serum

การปรับผลผลิตให้เหมาะสมและการใช้ circulating cell-free DNA (อันนี้แปลยากนะคะ มันคือDNA ที่ปราศจากเซลล์ซึ่งไหลเวียนอยู่ในเลือด) จากพลาสมาและซีรัม

 

รบกวนหน่อยครับ พี่ๆคนไหนมีเปเปอร์ article อะไรเกี่ยวกับด้าน molecular เป็นพื้นฐานมี่จำเป็นในงานสายนี้ขอคำแนะนำด้วยครับ มือใหม่ครับ :))

มีคำถามด้วยครับ ITS มีข้อดีอย่างไรครับเห็นนิยมนำมาทำ phylogeny ในพืช แล้วแต่ละ ITS ต่างกันยังไงครับ? ขอบคุณครับ :))

คุณ arthsrn  คะ หาได้จาก Google ไม่ยากเลยค่ะ เอาไปหนึ่งตัวอย่างนะคะ ที่ http://www.springerlink.com/content/913m5cukvdqxbu9x/

รบกวนอีกเรื่องครับ

ผมจะทำการ lyse เซลล์ ผมเคยใช้ lysis buffer ตามเปเปอร์นี้ครับ Rotureau, B., Gego, A., and Carme, B. 2005. Trypanosomatid protozoa: A simplified DNA isolation procedure. Experimental Parasitology 111:207-209

ซึ่ง yield ที่ได้ค่อนข้างดีทีเดียว ทีนี้จะนำมาใช้กับสาหร่ายสีเขียวที่เป็น Macroalgae (สาหร่ายที่เห็นได้ด้วยตาเปล่าเลย) ได้ไหมครับ? เป็น protist เหมือนกัน ผมไม่แน่ใจว่าจะใช้ด้วยกันได้ไหม

ต้องขอบอกว่าไม่มีความรู้เรื่องนี้เลยค่ะ ต้องใช้พี่ Google ด้วยความอยากรู้เหมือนกันน่ะค่ะ ก็พบว่า lysis buffer สำหรับ Macroalgae ที่ใช้ใน paper "Molecular Detection of Epiphytic Acaryochloris spp. on Marine Macroalgae" มีส่วนประกอบดังนี้ค่ะ 

lysis buffer (100 mM Tris-HCl [pH 8.0], 50 mM EDTA, 500 mM NaCl, 1% CTAB [cetyltrimethylammonium bromide])

 เมื่อเทียบกับ lysis buffer ใน paper ที่คุณ arth [IP: 161.200.121.78] ใช้อยู่คือ 

The lysis buffer was composed of 10 mM Tris–HCl, pH 8, 5 mM EDTA, 0.5% SDS, 200 mM NaCl, and 100 μg/ml proteinase K. 

ก็ต่างกันตรง CTAB กับ proteinase K นั่นเอง ก็แสดงว่าคุณสมบัติโครงสร้างของเซลล์ของ Microalgae น่าจะต้องทำลายด้วย cationic detergent แทนที่จะเป็น proteinase K นะคะ

ขอบคุณมากเลยครับ อย่างนี้นี่เอง :)) เดี๋ยวจะลองคุยกับ sup ดูครับว่า ใช้ได้เหมือนกันไหม ><

อาจารย์คะ หนูทำPCR TB paper ที่เค้าทำกัน ถ้าให้ product 1 band แปลผลเป็น NTM , ถ้าให้ product 2 band แปลผลเป็น TB

ถ้าไม่มี band เลย แปลผลว่า Negative

หนูสงสัยว่าแล้วเราจะมั่นใจได้อย่างไรว่ามัน Neg จริง ไม่ใช่เราสกัดไม่ได้ product แล้วเราจะสามารถ design ให้มี band ควบคุมอีก 1 band ได้มั้ยคะว่า band นี้เป็นเหมือน QC ควบคุมว่าจะต้องขึ้นทั้งในคนที่นำมาตรวจ pcr ทุกคน

หนูเคยทำ thalassemia ก็จะมี band 1 band ที่ขึ้นในคนที่ปกติและในคนที่เป็นโรค

แต่อันนี้เป็นเชื้อ TB หนูเลยไม่รู้ว่าจะทำได้มั้ยคะ

เพราะอย่าง thalassemia คนเราทุกคนก็มี globin gene เหมือนกันแต่คนที่เป็น TB งงงงค่ะ

น้อง Tikky คะ ปกติแล้วไม่ว่าการทดสอบไหนๆก็จะต้องทำให้ทั้งระบบมีการควบคุมคุณภาพอยู่แล้วค่ะ ไม่งั้นก็ต้องเกิดคำถามแน่นอนอย่างที่หนูถามนี่แหละค่ะ ไม่ทราบว่าหนูพูดถึง paper ไหนคะ ช่วยบอกรายะเอียดหรือส่งลิงค์มาให้ด้วยนะคะ จะได้ช่วยไขข้อข้องใจให้หนูได้ค่ะ แต่เชื่อว่าต้องมีการตรวจสอบแน่นอนค่ะ อาจจะไม่ถูกต้อง 100% แต่ก็ต้องมี sensitivity และ specificity ที่สูงพอสมควรจึงจะนำมาใช้ได้จริง เพราะเราคงไม่นำการทดสอบที่มี false positive หรือ false negative มากๆมาใช้โดยไมีมีการควบคุมคุณภาพ เป็นหน้าที่ของพวกเรานักเทคนิคการแพทย์นี่แหละค่ะ ต้องทดสอบว่าวิธีการไหนจึงจะน่าเชื่อถือพอที่จะนำมาใช้กับตัวอย่างตรวจ

สวัสดีครับอาจารย์ ผมก็มีคำถามแบบคุณ tikky ครับ ผมมีความคิดเห็นมาให้อาจารย์ช่วยพิจารณาให้หน่อยครับ

คือ ถ้าตัวอย่างตรวจ เราไม่สามารถรู้ได้ว่ามี DNA ที่เราสนใจ (ตัวอย่างจะเป็นพวก ชิ้นเนื้อ เสมหะ น้ำเจาะจากที่ต่างๆจากตัวผู้ป่วยที่หมอสงสัยว่าติดเชื้อ TB น่ะครับ ) เค้าก็ส่งมาตรวจ

แต่ว่า เราสามารถที่จะทำอย่างนี้ได้ไหมครับ คือก่อนทำการสกัด เราก็แยกตัวอย่างเป็นสองส่วน คือ ตัวอย่างปกติที่ได้มาแต่เดิม ส่วนอีกส่วนหนึ่งเราก้อเอาเชื้อที่เราผ่านการทดสอบแล้วยืนยันว่าเป็นเชื้อ TB จริง (เอามาจากที่เราเพาะเื้ชื้อ)มาใส่ แล้วทำให้กระจายตัว เมื่อเอามาทำจนเสร็จสิ้นการทดสอบแล้วจนถึงขั้นตอนอ่านผล ส่วนที่เราใส่เชื้อจากการเพาะเชื้อให้เป็น POSITIVE Control คือจะเกิดสอง Band ส่วนอีกส่วนที่เป็นของเดิม(ไม่ใส่เชื้อ)จากคนไข้

ถ้า ขึ้น 2 Band เป็น TB ,1Band เป็น NTM และถ้าไม่มี Band อ่านผลเป็นลบ ผมจะทำแบบนี้แล้วผลจะน่าเชื่อถือไหมครับ ถ้าหากอาจารย์มีวิธีไหนแนะนำก็แนะนำได้เลยนะครับ เพราะผมก็คิดอีกว่ามันเหมือนกับว่าผมต้องทำประกบทุกตัวอย่างเลยนะครับ ถ้ามี 20 ราย ผมก็ต้องทำเป็น 40

ขอขอบคุณอาจารย์มา ณ ที่นี้

ขอบคุณมากๆๆค่ะอาจารย์

อยากถามว่าในขบวการ express protein ทำไม่ต้องนำไปโปรตีน sonicate ด้วยค่ะ แล้วก่อนที่จพนำมา run SDS-PAGE ทำไม่เราต้องต้มโปรตีนด้วยค่ะ แล้วถ้าเราจะ pure โปรตีนต่อ ทำไมเราต้องนำโปรตีนไป sonicate อีกค่ะ รบกวนด้วยนะค่ะสงสัยมากกกกก

ไอเดียของคุณ Atdhasit Aubonban นี่ดีนะคะ ก็น่าจะเป็นการเช็คได้เหมือนกัน ไม่แน่ใจว่าเขามีใช้กันหรือเปล่า หรือจริงๆเขาทำยังไงกัน ยังไม่มีเวลาค้นให้ แต่คิดว่าการ identify TB น่าจะก้าวหน้าไปมากแล้ว น่าจะมี reference ให้หาวิธีทำได้ไม่ยากนะคะ 

ส่วนคำถามของคุณ สงสัย [IP: 183.88.114.58] นี่ อยากจะขอให้ช่วยเขียนขั้นตอนมาให้หน่อยได้ไหมคะ จะได้อธิบายถูกว่าทำทำไม

แต่ถ้าจะให้บอกตามหลักการก็น่าจะเป็นเพราะต้องการแยกให้ได้ cell extract น่ะค่ะ การต้ม protein ก็เป็นการ denature protein นั่นเองค่ะ 

หนูอยากถามอาจารย์คะว่า ปิกติหนูทำpcrออกมา band เดียว แต่บังเอิญ ขึ้น2 band เกิดจากสาเหตุใดคะ แก้ไขอย่างไร

เรียน อ.โอ๋

หนูได้อ่าน คำถามของ [IP:61.90.13.192]ตั้งแต่ 12 มิย.2552 สอบถามอ.ถึงหลักการ และความแตกต่างของ

Thermal asymmetric interlaced PCR (TAIL-PCR) และ (SON-PCR) Single oligonucleotide nested PCR ซึ่งหนูเอง

ก็มีความรู้เรื่อง PCR น้อยทั้ง ๆ ที่หน้าที่การงาน ก็ควรจะต้องรู้ จึงพยามหาอ่านข้อมูลไปเรื่อย แต่ถ้าเป็นภาษาอังกฤษ ก็อ่านได้ยากอีก แต่ก็พยาม หนูจึง อยากให้อ.อนุเคราะห์ด้วยค่ะ

vee

สำหรับคำถามจาก [IP: 58.11.27.159] เรื่องทำ PCR แล้วได้ 2 bands แทนที่จะเป็น band เดียวเหมือนปกตินั้น เราเองต้องตรวจสอบขั้นตอนการทำของเราก่อนนะคะ แล้วก็ส่วนผสมต่างๆ เพราะแต่ละส่วนประกอบในการทำ PCR มีโอกาสผิดพลาดได้มากอยู่แล้วค่ะ มีมากมายหลายปัจจัยซึ่งตอบได้ไม่หมดแน่ค่ะ ลองหาดูใน Google ด้วยคำว่า non-specific PCR products ดูนะคะจะเห็นมีหลายคำถามคำตอบเกี่ยวกับปัญหานี้ค่ะ

ส่วนคำถามและคำปรารภของน้อง vee ต้องขอโทษด้วยค่ะที่บางคำถามก็อาจจะกระโดดข้ามไปเพราะไม่รู้ลึกพอที่จะตอบ พอไม่มีเวลาไปหาก็อาจจะลืมตอบไปเลย แต่ก็พยายามตอบหรือช่วยหาคำตอบเท่าที่จะทำได้นะคะ

ก่อนจะพูดถึงเรื่องเทคนิคทั้งสองที่หนูถามมา ก็ต้องขอยืนยันว่า ยังไงๆเทคนิคด้านนี้ก็ยังมีข้อมูลเป็นภาษาอังกฤษมากมายกว่าภาษาอื่นๆ เพราะฉะนั้นเราก็คงเลี่ยงที่จะไม่ใช้ไม่อ่านภาษาอังกฤษไม่ได้ ก็ต้องพยายามฝึกอ่านเอาแต่เนื้อความไม่ต้องอ่านทั้งหมด ต้องรู้จักมองหาแต่สิ่งที่สำคัญๆในเรื่องที่เราต้องการรู้นะคะ ถ้ามีปัญหาในการอ่านบทความไหน ก็เขียนมาถามได้ค่ะ (ส่งลิงค์มาให้และบอกส่วนที่ต้องการให้ช่วยมาได้ แต่ยังไงๆก็ต้องลองพยายามดูเองก่อนด้วยนะคะ) 
สำหรับคำถาม "

หลักการ และความแตกต่างของ

Thermal asymmetric interlaced PCR (TAIL-PCR) และ (SON-PCR) Single oligonucleotide nested PCR" นั้น ถ้าเอาจากชื่อ เพราะเทคนิค PCR มันสามารถเอาไป modify ออกแบบที่จะให้ได้สิ่งที่เราต้องการมากมายหลายแบบ คนที่เขาคิดดัดแปลงก็ตั้งชื่อให้สื่อสารว่าเขาดัดแปลงยังไงนั่นเองค่ะ ถ้าเราเข้าใจศัพท์พื้นฐานก็น่าจะพอเดาได้ หนูส่งลิงค์ paper ที่อ่านไม่เข้าใจมาดูนะคะ พี่จะได้ยกเอาส่วนที่ควรอ่านมาให้ดูเป็นตัวอย่าง จะได้รู้วิธีอ่านเอาเรื่องว่าจะหาหลักการตรงไหน ความแตกต่างตรงไหน นะคะ

เรียนปรึกษาอาจารย์ว่าทำไมเราเลือกใช้ GAPDH เป็น internal control gene for real time PCR คะ

ทำไมเราเลือก gene อื่น เช่น Beta 2 microglobulin เป็น internal control gene ล่ะคะ

การเลือก control gene ใน real-time PCR โดยใช้ gene ในกลุ่ม House-keeping genes ก็เพราะว่าเป็น gene ที่เรารู้ว่ามีแน่ๆในระบบต่างๆนั่นเองค่ะ แต่สำหรับ GAPDH นี่ต้องระวังหน่อยนะคะ เพราะเขามี gene ที่คล้ายกันมากๆอยู่ด้วย ต้องตรวจสอบดูให้แน่ๆด้วย BLAST ว่า primer ของเราจำเพาะกับ GAPDH จริงๆนะคะ

เพราะฉะนั้นหลักสำคัญจริงๆในการเลือก control ก็คือ ต้องเป็น gene ที่เราเชื่อมั่นได้ว่ามีอยู่แน่ๆในระบบที่เรากำลังทดสอบ gene ตัวที่เราสนใจ จะได้มี control เป็นตัวเปรียบเทียบและควบคุมคุณภาพของวิธีการของเรานั่นเองค่ะ ใน human มีอีกหลายตัวให้เลือกนะคะ ถ้าค้น literature เยอะๆก็จะรู้ว่าใน gene ที่เราสนใจนั้นโดยทั่วไปแล้วเขาใช้ gene อะไรเป็น control ถ้าเราตรวจสอบ primer ที่เขาตีพิมพ์แล้วว่าตรงจริงไม่มีตัวกวนอะไรก็ควรจะใช้แบบที่มีคนอ้างอิงแล้ว เพราะผลของเราก็จะได้มีตัวให้เปรียบเทียบอย่างเป็นสากลกับเขานั่นเองค่ะ หวังว่าจะตรงกับคำถามที่ต้องการนะคะ

รบกวนสอบถามอาจาร์ยค่ะ

ถ้าหนูสั่งไพรเมอร์ได้มาแล้ว แต่หนูไม่ทราบว่าหนูควรเลือกTmที่เท่าไหร่ค่ะ

เพราะTmที่ทางเอกสารที่แนบมาพร้อมไพรเมอร์ไม่เท่ากัน

และควรเลือกที่ความเข้มข้นที่โซเดียมที่ความเข้มข้นเท่าไหร่ค่ะ

ขอบคุณอาจารย์มากนะค่ะ

น้อง Minna [IP: 202.28.62.245] คะ หนูต้องลองเช็คโดยการเอา sequence ของ primers ที่ได้มาใส่ในโปรแกรมที่ใช้เช็ค Tm ดูนะคะ เช่น http://www6.appliedbiosystems.com/support/techtools/calc/ ซึ่งอันนี้มีความเข้มข้นโซเดียมที่จะใช้ให้เลือกใส่ได้ด้วยค่ะ หนูดูจากที่มีอยู่ก่อนก็ได้มาใช้ความเข้มข้นนั้นได้ไหม แล้วก็เพิ่มลดเอาตามที่เห็นว่าน่าจะใช้ได้แล้วใส่ในโปรแกรมตรวจสอบดูนะคะ ถ้าดูจาก default เขาก็ตั้งไว้ที่ 50mM นะคะ เรื่องนี้มีคนคุยถามตอบกันอยู่อ่านได้ที่ http://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/10441.html ด้วยค่ะ ขอให้โชคดีนะคะ ยังไงก็ต้อง optimize ดูก่อนแหละค่ะ เลือก condition แล้วก็ต้องลุ้นกันอยู่ดี เพราะบางทีก็ไม่เป็นไปตามทฤษฎีหรอกค่ะ ดูผลครั้งแรกแล้วค่อยปรับตามที่ได้ ปกติพี่จะเลือกปรับ Mg concentration ก่อนอื่น เพราะปรับง่ายและมักจะได้ผลค่ะ

ขอเรียนปรึกษาอาจารย์ค่ะ

หนูมีปัญหาเกี่ยวกับการไม่คงที่ของ condition ที่ใช้ทำ real time PCR ค่ะ หนูเคย try condition จนได้ single peak และ run gel เช็คก็ได้ specific band ถูกต้อง แต่เมื่อนำทำการศึกษาไประยะเวลาหนึ่งพบว่า condition ที่ใช้ให้ผลเปลี่ยนไป คือ เริ่มมี multiple peak เมื่อ run gel เช็คก็พบว่า มี non-specific band เกิดขึ้น ไม่ทราบว่าน่าจะมีสาเหตุเกี่ยวข้องกับอะไรได้บ้างคะ แล้วควรที่จะปรับ condition ใหม่รึเปล่า เนื่องจากผลการศึกษาที่ได้จากช่วงแรกได้ใช้ condition นี้ไปแล้ว หนูจึงไม่อยากเปลี่ยนแปลง condition ใหม่กลัวว่าจะทำให้การทดลองไม่น่าเชื่อถือ

ข้อมูลเพิ่มเติมคือ reagent ของ real time PCR เป็นบริษัทเดียวกัน แต่ต่างล็อต, cell ชนิดเดียวกัน treat ด้วย condition เดียวกัน ต่างกันแค่ล็อตของเซลล์

คงต้องตามเช็คกันหลายอย่างหน่อยนะคะ ค่อยๆตัดไปทีละอย่าง เพราะมันค่อนข้าง sensitive เพียงแค่ volume เปลี่ยนไปนิดเดียวก็อาจมีผลให้เกิดอะไรก็ได้เพราะทุกอย่างใน reaction มันน้อยนิดอยู่แล้ว condition น่าจะไม่ผิดหรอกค่ะถ้าเครื่องเดิมแล้วก็ไม่มีปัญหาการ maintenance หรือไฟฟ้าอะไรที่จะทำให้อุณหภูมิไม่ตรงตามที่ตั้ง (แต่บางที run ไปนานๆก็ต้องเช็คดูหน่อยนะคะว่าไม่มีใครมือบอนมาเปลี่ยน condition อะไรของเรา ยิ่งถ้าเป็นเครื่องที่มีคนใช้หลายๆคน อาจเกิดได้เหมือนกัน) ถ้ามั่นใจเรื่อง reagent กับ conc.ที่เขาให้มาแน่ๆ ก็ต้องดูเครื่องไม้เครื่องมือในการทำของเราแหละค่ะคราวนี้ ว่า pipette ได้รับการ calibrate volume ถูกแน่ไหม tip ที่ใช้ตรงกับชนิดของ pipette หรือเปล่ามีโอกาสที่ volume อะไรจะคลาดเคลื่อนไหม

ขอให้หาเจอนะคะ เพราะถ้าไม่งั้นผลก็ใช้เปรียบเทียบกันไม่ได้อยู่แล้วค่ะ run ไปก็เสียทั้งแรงงานและเวลารวมทั้งค่าข้าวของด้วยค่ะ

หนูจะลองเอาจุดต่างๆที่อาจารย์ว่ามาไปลองเช็คดู ขอบคุณมากๆสำหรับคำแนะนำค่ะ ^^

หนูอยากทราบว่าปัจจุบันนี้เขาใช้อะไรเป็น internal control นอกเหนือจาก House-keeping genes เพราะไม่สามารถรู้ได้ว่ามีจำนวนเท่าไร ต้อง limit primer ที่เหมาะสม พอดีหนูทำวิจัยเกี่ยวกับ internal control ก็เลยอยากทราบว่าเขาใช้อะไรบ้าง มีข้อดีข้อเสียอยางไรค่ะ

ขอบคุณล่วงหน้าค่ะ

หนู ต้องหา review papers เกี่ยวกับเรื่องนี้มาอ่านและวิเคราะห์ดูนะคะ ที่ http://gene-quantification.com/hkg.html ก็ถือเป็นที่หนึ่งซึ่งใช้ได้ค่ะ

สวัสดีครับ ขอรบกวนถามเกี่ยวกับเรื่อง อุณหภูมิในขั้นตอน annealing ของไพรเมอร์ ระหว่างการทำ PCR และ real-time PCR หน่อยนะครับ... คือว่า ผมทำ PCR ด้วยเครื่อง MJ Mini แล้วได้อุณหภูมิที่เหมาะสม คือ 52 องศาเซลเซียส แต่เมื่อนำไพรเมอร์และตัวอย่างเดียวกันกับที่ทำใน PCR แล้วมาทำใน real-time PCR ด้วยเครื่อง CFX96 ปรากฏว่า อุณหภูมิที่เหมาะสม คือ 49 องศาเซลเซียส ผมอยากทราบว่าทำไมอุณหภูมิถึงมีความแตกต่างกันนะครับ สาเหตุเกิดจากอะไรเหรอครับ...ผมขอรบกวนอาจารย์ด้วยนะครับ...ขอบคุณครับ

จากความเห็นข้างบนนะครับ อาจารย์พอจะมี ref. ข้อมูลหรือปล่าวครับ...ขอบคุณครับ

คุณjo [IP: 202.12.97.118] คะ ที่เคยทำก็พบเหมือนกันค่ะ ว่า annealing temp ที่ใช้ใน PCR condition เวลาทำในเครื่อง MJ จะสูงกว่าเวลาเอาไปทำในเครื่อง real-time ไม่แน่ใจว่าเป็นเพราะวิธีการ generate heat ของระบบที่ต่างกันไหมนะคะ ไม่เคยหาเหตุผลแต่คิดว่าน่าจะใช้จากเครื่อง MJ แค่เป็นแนวทางในการเลือก annealing temp สำหรับเครื่อง real-time PCR ก็พอค่ะ มีบทความน่าสนใจในการ optimize annealing temperature ที่นี่ ลองอ่านดูนะคะว่ามีประโยชน์ไหม ถ้าสงสัยยังไงถามมาอีกได้ค่ะ ถ้าช่วยได้จะช่วยหาคำตอบให้ (ได้ฟื้นความรู้ไปด้วย) 

อยากสอบถามเรื่องเทคนิค DIAPOPS (PCR-ELISA) หน่อยนะคะว่ามีหลักการอย่างไร หนูอ่านเเล้วงงคะ ^^ ที่บอกว่าจะมีการ coat primer ไว้ที่ well จากนั้นใน reaction mixture จะมี primer 1:primer 2 เป็น 1:8 เเล้วเมื่อทำ PCR จะได้ Amplicon มา 2 เเบบ คือเเบบที่ อยู่ใน liquid phase เเละ solid phase เเล้วเตามหลักการบอกล้างออก จากนั้นเหลือส่วนที่อยู่ solid phase ให้เติม NaOH เพื่อทำให้เป็น single stand เเล้วใส่ prob ตรวจวัด ตามด้วย substrate เพื่อ develop สี หนูเข้าใจถูกมั้ยคะ เเล้วทำไมต้องทำให้เป็น single stand อ่านไปก็งงไป ^^ รบกวนผู้รู้ช่วยตอบด้วยนะคะ

หนูออมคะ

ที่นี่ http://www.thermoscientific.jp/lab-products/plasticware/data/technote/2-11.htm มีคำอธิบายที่ชัดขึ้นสำหรับคำถามของหนูค่ะ ว่าทำไมถึงต้องเป็น single strand  เห็นจากภาพเลยค่ะ

ส่วนอื่นๆหนูเข้าใจถูกต้องแล้วค่ะ เทคนิคนี้เขาบอกว่ามันช่วยลดขั้นตอนและลดการปนเปื้อน ( DIAPOPS simplifies manipulations and reduces contamination, since no transfer of amplicon is needed.) แต่ดูแล้วอาจจะแพงกว่าแบบที่เราคุ้นๆกันนะคะ อาจจะใช้สำหรับการตรวจหาเชื้อมากกว่าแค่ทำ PCR น่ะค่ะ แบบนี้ความจำเพาะน่าจะดี

ขอบคุณคะ ^^ หนูจะพยายามศึกษาดู

หนูสงสัยอีกเรื่องคะ ^^ คือหนูอ่าน paper ภาษาอังกฤษเค้าบอกว่าเปรียบเทียบวิธี PCR กับ DIAPOPS เวลาที่ได้ PCR product ในส่วนของ PCR เอาไป run agalose gel เเต่ทำไม่ PCR product ของ DIAPOPS ถึงต้อง run ใน PAGE เพื่อยืนยัน คะ ทำไมไม่ทำ run agalose gel เหมือนกัน ไม่ทราบว่าเพราะอะไรหรือคะ

ขอลิงค์ paper ที่ว่าหน่อยนะคะ เพราะเท่าที่พี่อ่านๆดูผ่านๆ วิธี DIAPOPS นั้นใช้วิธี detect PCR product โดยตรงใน well เลยซึ่งไม่ต้องเอามา run gel แล้วนี่คะ ซึ่งถือเป็นข้อดีของวิธีนี้ เลยสงสัยว่า paper ที่หนูว่าเขาจะเปรียบเทียบอะไรหรือเปล่า เขาถึงเอาไป run PAGE เพราะปกติการที่จะใช้ PAGE หรือ agarose นั้นน่าจะขึ้นกับขนาดของ PCR product ที่เราต้องการดู band น่ะค่ะ ถ้ามันขนาดเล็กและอยากแยกให้เห็นชัดๆก็ใช้ PAGE จะดีกว่าเช่นทำ SNP ของ PCR products ที่ขนาดมันต่างกันไม่มาก ถ้าใช้ agarose อาจจะอ่านยากกว่า ถ้าเป็นทั่วๆไปที่ไม่ต้องการความละเอียดในการแยก product ใช้ agarose ถูกกว่าและปลอดภัยกว่า ใช้งานก็ง่ายกว่า ไม่น่าจะเกี่ยวกับวิธี PCR นะคะ

http://journals.tums.ac.ir/upload_files/pdf/_/20429.pdf

น้องออมคะ

เป็นไปตามคาดค่ะ คือการ detect ของ DIAPOPS ใช้เครื่อง ELISA reader แต่ที่เขาเอามา run gel เพราะเขาต้องการเปรียบเทียบ sensitivity ของวิธีค่ะ และที่ใช้ PAGE เพราะเมื่อ run agarose แล้วมัน detect ไม่ได้น่ะค่ะ

"The PCR-ELISA positive samples that could not be
detected on agarose gel were tested using a 6% (w/v)
polyacrylamide gel electrophoresis.

ขอบคุณมากๆเลยคะ ^__^

หนูอยากทราบว่า primer GP5+/GP6+ เเละ MY09-MY11 ต่างกันมั้ยคะ หรือว่ามันจำเพาะต่อ L1 gene ของ HPV เหมือนกัน เเล้วการที่เราใช้primer เหล่านี้มันเเยก HPV type ได้มั้ยคะ หรือบอกเพียงเเค่ว่า มันเป็นเชื้อ HPV เท่านั้น คะ ^^

หนูต้องไปดูใน paper no.4 ใน references ของ paper ที่หนูอ่านนี่แหละค่ะว่าเขาบอก sequence ไว้ไหม แล้วดูว่ามันต่างกันหรือเปล่า เพราะใน text เขาแค่บอกว่า 

Among all of the general primer PCR assays, the GP5+/GP6+ and MY09/MY11 PCR systems are most frequently used and clinically
evaluated (4)

ซึ่งเราก็ต้องไปค้นต่อดูเอง นี่คือระบบการอ่านค้นข้อมูลค่ะ ใน paper นั้นควรจะมี แต่าถ้าไม่มีหนูก็อาจจะเอาชื่อ primer นี้ไปลองค้นดูใน Entrez databases ดูได้ค่ะ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/tools/restable_mol.html ใน database นั้นเราจะสามารถเช็คได้ว่า primer ไหน match กับยีนที่เราสนใจแค่ไหน ลองดูนะคะ สงสัยยังไงค่อยถามมาใหม่

มีข้อสงสัยที่ถามมาทางเมล ขอนำมาแลกเปลี่ยนไว้ในบันทึกนี้ด้วยนะคะ เผื่อใครมีความเห็นอื่นๆจะได้ช่วยกันแชร์

สิ่งที่ผมสงสัยเกี่ยวกับ real time PCR คือ 1.ทำไมเราต้องทำการ dilute ตัวอย่างด้วย 2.ผลจากการdilute บอกอะไรเราได้บ้าง

คำถามกว้างไปนิดนะคะ เพราะไม่แน่ใจว่าหมายถึงตัวอย่างที่เป็นอะไร แต่เท่าที่นึกออก หากเป็น cDNA ที่เรา Reverse transcribed มาก็เพื่อที่เราจะได้สามารถหาปริมาณได้ (quantitate) หากเป็นกรณีอื่นก็น่าจะเป็นว่า เราคิดว่าปริมาณตั้งต้นอาจจะมากเกินไป จะยากต่อการวิเคราะห์ผล เพราะหลังจาก amplify แล้ว product อาจจะเพิ่มมากจนดูยาก

ส่วนผลจากการ dilute ก็ทำให้เราสามารถเปรียบเทียบปริมาณได้ (ตรงไปตรงมาตามหลักการทางเคมีนั่นแหละนะคะ)

ไม่แน่ใจว่าเข้าใจคำถามถูกหรือเปล่า ถ้ายังไงก็แลกเปลี่ยนกันได้นะคะ

มีคำถามมาทางเมลที่คิดว่า ควรจะเอามาลงในบันทึกนี้เพื่อแลกเปลี่ยนเรียนรู้กันนะคะ 

สิ่งที่ผมสงสัยเกี่ยวกับ real time PCR คือ
1.ทำไมเราต้องทำการ dilute ตัวอย่างด้วย
2.ผลจากการdilute บอกอะไรเราได้บ้าง

คำถามกว้างไปสักนิดเพราะไม่แน่ใจว่าตัวอย่างหมายถึงอะไรนะคะ เท่าที่พอจะนึกได้ก็น่าจะเป็นเพราะเราประเมินแล้วว่าปริมาณ product ตั้งต้นมากไป เราจึงต้องเจือจาง เพื่อให้สามารถวิเคราะห์ผลจาก real-time pattern ได้ง่ายขึ้น หรือหากเป็นกรณีที่เราวัด cDNA ที่ reverse transcribed มาก็น่าจะเพื่อหาปริมาณ (quantitate) และการ dilute ก็เพื่อให้สามารถบอกปริมาณได้ เมื่อเราเทียบกับค่าตั้งต้นที่เราสามารถวัดค่า cDNA ได้โดยตรง และสามารถใช้เป็น standard curve ได้เมื่อเรารู้ปริมาณที่แน่นอน (ตรงไปตรงมาตามหลักการเคมีนั่นแหละค่ะ) 

ไม่แน่ใจว่าตอบได้ตรงคำถามหรือเปล่า มีอะไรแลกเปลี่ยนกันมาได้นะคะ เราต้องช่วยกันสร้างวัฒนธรรมการแลกเปลี่ยนเรียนรู้ อย่าคิดว่าผู้เชี่ยวชาญหรืออาจารย์รู้มากกว่า หากเราคิดอะไรก็ควรจะแลกเปลี่ยนกันได้ เพราะความรู้ไม่มีการหยุดนิ่ง เราควรเป็นทั้งผู้รับและผู้ให้ ความรู้ถึงจะแตกยอดนะคะ 

 อาจารย์คะ หนู่สงสัยเรื่องค่า Tm ของ primer
 บางหลอดไม่บอกค่า Tm มาให้ พอหนูลองคำนวณโดยใช้โปรเเกรม (ใส่เเค่ลำดับเบสเข้าไปคำนวณ) ก็ได้ค่า Tm มาเเต่พอลองเอา Primer ที่มีค่า Tm ให้มาอยู่เเล้ว ไปคำนวณดู ปรากฎว่าค่าที่ได้จากโปรแกรมสูงกว่าค่าที่ให้มากับ Primer ถึง 4-5 องศา เลยคะ ตกลงว่าหนูควรเชื่อโปรเเกรมได้มั้ยคะ

หนูออมคะ

เรื่องนี้เป็นเรื่องไม่เล็กเหมือนกันค่ะ สำหรับ PCR สำหรับโปรแกรมที่คำนวณก็ต้องดูว่าเขาใช้พื้นฐานอะไรบ้างในสูตรการคำนวณ เพราะแต่ละสูตรอาจจะไม่เหมือนกันซะทีเดียว และความยาวของ template ก็มีส่วนต่อความแม่นยำของการคำนวณด้วย ได้ลองของที่นี่ หรือยังคะ เขามีรายละเอียดอธิบายไว้ด้วยว่าเขาคิดมายังไง ที่อื่นๆบางที่แค่ให้เราใส่ตัวเลขแล้วก็คิดออกมา ส่วนที่ติดมากับหลอดนั้น เขาอาจจะได้มาจากการวัดจริงในเครื่องตอนที่เขาสังเคราะห์โดยที่มี buffer อยู่ด้วยก็ได้ค่ะ (อันนี้พี่เดาเอาไม่ได้รู้จริงๆว่าเขาวัดกันยังไง) 

แต่ยังไงก็ตาม เวลาเราเอามาใช้จริงๆก็ยังต้อง optimize อยู่ดีนะคะ อาจจะในช่วงค่าที่ครอบคลุม Tm ที่คำนวณหรือเขาบอกมา ยังมีอีกหลายปัจจัยให้พิจารณานะคะ PCR เป็นศิลปะจริงๆไม่มีอะไรตายตัวต้องลองทำดูจริงๆเท่านั้นค่ะ

ขอบคุณคะ ^^

อาจารย์คะ อยากทราบว่ามีโปรแกรมออกแบบ primer ที่สามารถใส่ข้อมูลแบบ หลายๆ sequence  ที่สามารถโหลดใช้ได้โดยไม่เสียเงินมั้ยคะ

ไม่ค่อยเข้าใจว่าหมายถึง multiplex หรือเปล่านะคะ แต่เนื่องจากไม่ได้มีโอกาสออกแบบมาหลายปีแล้วก็เลยลองค้นให้ดูจาก Google ก็พบว่ามีเยอะนะคะ โปรแกรมแต่แบบไม่เสียเงินและออนไลน์ ตัวที่เคยใช้และชอบมากคือ Primer3 ก็ยังมีอยู่ค่ะ มี Primer3 version ใหม่ด้วย อีกอันที่ฟรีออนไลน์เป็นของ NCBI คือ Primer-BLAST ก็น่าจะดีแน่เพราะเป็นแหล่งหลักของงาน Molecular มานานมาก นอกนั้นดูจะเป็นแบบต้องซื้อมากกว่าค่ะ

ขอบคุนมากค่ะอาจารย์ ^^

อาจารย์คะ เมื่อหนูได้คู่ของ primerมาแล้วหลายๆคู่ แล้วหนูจะ detect ว่าprimerคู่ไหนที่สามารถพบยีนตัวที่หนูต้องการ ที่หนูควรเลือกคู่นั้นมาออกแบบprimerจริงๆ หนูอยากทราบว่ามีโปรแกรมไหนบ้างคะที่สามารถทำได้

เข้าไปที่ BLAST  ของ NCBI แล้วก็เลือก database ที่ตรงกับของเรา (Human, mouse, rat ตามที่เขามี) แล้วก็เอา primers เราใส่เข้าไป เขาจะมีผลออกมาให้ว่า sequence ที่เราใส่ match กับ gene อะไรมากแค่ไหนค่ะ

อยากสอบถามอาจารย์ค่ะ คือเมื่อหนูได้ไพรเมอร์จากโปรแกรม primer3 แล้วค่ะ ขั้นต่อไปคือหนูจะตรวจสอบ คู่ไพรเมอร์นั้นว่าจะสามารถ detectยีนตัวนี้ ในแบคทีเรียสปีชีร์อื่นอีกไหม หนูสามารถใช้โปรแกรมไหนตรวจสอบคู่ไพรเมอร์นั้นได้อีกบ้างคะ นอกจาก primer blast

น่าจะดูได้ที่ MBGD (Microbial Genome Database for Comparative Analysis) นะคะ เขามี homology search ให้ใส่ sequence ตรวจสอบดูได้ แต่ถ้าดูจากเว็บของ NCBI ที่ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/ ก็คิดว่า BLAST ของเขาก็น่าจะครอบคลุมนะคะ

อยากทราบว่าถ้า forward and reward Primer มีค่า Tm ต่างกัน จะทำอย่างไรในการตั้งค่าอุณหภูมิของ step ที่ 2 (annealing) จะใช้เท่าไรดูจากตัวแปรไหนบ้าง ค่ะ

เดี๋ยวนี้มักจะมีที่คำนวณให้ค่ะ เช่นที่ https://www.neb.com/tools-and-resources/interactive-tools/tm-calculator ได้ผลอย่างเดียว มีบางที่มีให้เลือกปรับ และมีข้อมูลว่ามายังไงไปยังไงเช่น http://www.promega.com/techserv/tools/biomath/calc11.htm ถ้าเป็นทฤษฎีก็น่าจะหาอ่านไม่ยากนะคะ (แต่ว่าเป็นภาษาอังกฤษ) ใส่คำที่ถามมานี่แหละค่ะ


สวัสดีค่ะอาจารย์หนูก็เป็นอีกคนที่ทำ PCR แล้วไม่เห็น band PCR ค่ะ โดยหนูก็ลองปรับเปลี่ยนตั้งแต่ ปริมาณ MgCl2 รวมถึงปรับเปลี่ยน annealing ให้เหมาะสม (primer เป็น universal primer ค่ะ 8UA และ 1492Rค่ะ) และหลังจากสกัดดีเอ็นแล้วหนูก็ check แล้วนะคะว่ามีดีเอ็นเอ และก็เห็นดีเอ็นเอชัดเจนค่ะ หนูอยากขอคำแนะนำจากอาจารย์ด้วยค่ะว่าจะมีวิธีแก้ไขปัญหานี้อย่างไรได้บ้างคะ ขอบพระคุณล่วงหน้าค่ะ

หนู aew ลองเอา sequence ของทั้งสอง primers มาลงพร้อมทั้ง condition ที่ใช้ทั้งหมดใน mastermix และเซ็ตติ้งต่างๆตอนทำ PCR มาลงให้ดูด้วยสิคะ ถึงจะพอประเมินได้ว่าน่าจะเป็นเพราะอะไร

mastermix ที่ใช้ประกอบด้วย DW.for pcr   13 ul, buffer(ที่มี MgCl 15mm)     2.5 ul, MgCl 50 mM 0.5 ul, dNTP 2.0 ul, primer อย่างละ 2.5 ul, DNA template 2.0 ul และ taq polymerase 0.2 ul รวมแล้วได้ 25 ul คำนวณไม่รวมtaq นะคะ นอกจากนี้หนูได้ลองปรับโดยยึดการเปลี่ยนแปลงของ การเติมและไม่เติม MgCl ค่ะ ส่วนประกอบอื่นยังคงเหมือนเดิมค่ะแต่เพิ่มลดตรงปริมาณน้ำ ส่วน condition pcr คือ initial 95 องศา นาน 15 นาที, 35 รอบ ของ 94 องศา นาน1 นาที, annealing 50 องศา นาน 2 นาที, 72 องศา นาน 1.30 นาที และ final step คือ 72 องศา นาน 10 นาทีค่ะ นอกนั้นก็มีการปรับเปลี่ยนตาม paper ที่อ่านแล้วเขาใช้ได้กับเชื้อ bifidobacteria ค่ะ พอดีหนูสกัดดีเอ็นเอจากเชื้อ bifidobacteria ค่ะ ส่วนตรงที่ปรับก็จะเป็น condition ของ annealing ค่ะ ตั้งแต่ 48, 50, 52, 55,58 และ 60 องศาค่ะ ซึ่งปรับเปลี่ยนcondition ของการทำ pcr และสารประกอบที่ทำ mastermix หนูลองทำประมาณอาทิตย์นึงเลยรู้สึกเครียดเลยค่ะ ลืมบอกค่ะหนูเคยเห็น band ครั้งเดียวของการทำ pcr ที่เคยลองสภาวะที่ส่งให้อาจารย์ดูข้างต้นค่ะแต่หลังจากนั้นก็ไม่เคยเห็นเลยค่ะ ในส่วน sequnce ของทั้งสอง primer หนูค่อยส่งให้อาจารย์ดูอีกทีนะคะ ขอบพระคุณล่วงหน้ากับคำแนะนำค่ะ


อีกอย่างนะคะ หนูไม่สะดวกในการพิมพ์ค่ะพอดีหนูพิมพ์กับมือถือไม่ได้เอาคอมมาขออภัยล่วงหน้าด้วยนะคะอาจารย์หนูกลับถึงมหาวิทยาลัยแล้วหนูจะส่ง sequence ให้อาจารย์ดูนะคะ

ดูคร่าวๆ annealing ดูน่าจะต้องดูจาก sequences ของ primer อีกทีค่ะว่าควรใช้เท่าไหร่ และหนูลองเช็คดูซิคะว่าตอนที่เห็น band นั้นยใช้ condition อันไหน บอกมาอีกทีพร้อม sequence นะคะ อย่าเพิ่งท้อ เพิ่งเริ่มต้นเองค่ะ 

condition ที่ใช้นะคะ initial 95 องศา นาน 15 นาที, 35 รอบ ของ 94 องศา นาน 1 นาที, annealing ที่ 50 องศา นาน 2 นาที , 72 องศา นาน 1.30 นาที และ final step 72 องศา นาน 10 นาที ค่ะ ส่วน primerที่ใช้ คือ 8UA และ 1492R sequence สำหรับ 8UA คือ 5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3' และ 1492R 5'-TACGGGTACCTTGTTACGACTT-3'ค่ะ

ลืมบอกค่ะ condition ที่หนูส่งก่อนหน้านี้เป็น conditionที่เคยเห็น band ค่ะ

ถ้าหนูจะเข้ามาหาพี่ ช่วยหยิบรูปถ่ายเจลที่เห็น band กับเอา paper ที่หนูมีเกี่ยวกับ condition เข้ามาด้วยนะคะ โทรนัดได้ตามเบอร์ที่อยู่ในเมลนะคะ โทรสายในมาก่อนก็ได้ค่ะ (1563)

ได้ค่ะ ขอบคุณค่ะ

รบกวนสอบถามอาจารย์หน่อยนะคะ คือ หนูทำบริสุทธิ์ ด้วยวิธี gel purify อ่ะค่ะ แล้วพอนำมาทดสอบโดยการ run gel อีกครั้งนึงเพื่อจะส่ง sequecing  ปรากฎว่า ไม่พบแถบแบรนด์ เลยสักแถบเดียวค่ะ หนูอยากทราบว่า สาเหตุของการที่ไม่พบแถบแบรนด์เลย มาจากสาเหตุใดได้บ้างคะ และอยากทราบว่าสาเหตุส่วนหนึ่งนั้นเกี่ยวกับการตัดเจลรึป่าวคะ รบกวนอาจารย์ช่วยแนะนำหนูหน่อยนะคะ ขอบคุณค่ะ

คุณ Whan คะ ข้อมูลน้อยไปหน่อย เดาไม่ถูกเลยค่ะว่าน่าจะเป็นเพราะอะไร เช่นว่าวิธีที่ทำ gel purification นี่ใช้อะไร purify มีการวัดปริมาณ DNA ดูหรือเปล่าคะว่ามีเท่าไหร่ ตอน run gel ออกมาได้แบนด์ (ไม่ใช่แบรนด์ เพราะมันคือ band นะคะ) ขนาดแค่ไหน บางทีเวลาจะเอาไปส่ง sequencing อาจต้อง run มากกว่า 1 sample ก็มีนะคะถ้าความเข้มข้นมันน้อยไป มีคนโพสต์ปัญหานี้กันเหมือนกันค่ะ ลองอ่านได้ที่ http://www.biotechniques.com/BiotechniquesJournal/2010/September/DNA-and-General-PCR-Gel-Purification-of-PCR-Products/biotechniques-302438.html

http://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/6925.html

http://www.researchgate.net/post/PCR_of_a_gel-extracted_product

เผื่อจะได้ไอเดียว่าปัญหาของหนูเหมือนแบบไหนนะคะ 

รบกวนสอบถามค่ะ
หนูมีการบ้านชิ้นนึงที่อาจารย์สั่งมาคะ

คืออาจารย์ให้มาหา Gene ที่ใช้ในการจำแนกแบคทีเรีย แล้วให้บอกประโยชน์ของมันคะ
กำลังเรียนเรื่อง Phylogenetic tree อยู่คะ

หนูพยายามหาแล้วแต่ไม่เจออะไรที่นอกจาก 16s rRNA เลยคะ
รบกวนช่วยตอบด้วยนะคะ ว่ามีนอกเหนือจากนี้มั้ยคะ ^_^

ไม่ค่อยเข้าใจคำถามนะคะ ว่าใส่หลาย sequence หมายความว่าอะไร เพราะถ้าใส่หลาย sequence แล้วจะหา primers ให้อันไหน ฟังแล้วงงงงค่ะ แต่ก็ลองไปหาดูให้ตามบันทึก เว็บไซต์รวมแหล่งสำหรับใช้ในการออกแบบ PCR primers นะคะ ถ้ามีอะไรให้ช่วยเพิ่มเติมก็ถามมาอีกได้นะคะ

สวัสดีค่ะอาจารย์ หนูมีข้อส่งสัยในการทำ PCR และ real - time PCR คะ

1. PCR สามารถทำหลอดเดียว โดยใส่ promer หลายคู่ได้ไหมค่ะ 2.Real-time PCR หนูลองทำ standard 5 เส้น แต่ละส้น dilute ลง 10 เท่า แล้วปรากฏว่า แต่ละเส้น เส้นที่ 1,2,3 ขึ้นสวย แต่เส้นที่4,5 ไม่สวย คือจำนวนรอบใกล้กันเกิดนไป เส้นไม่เป็น S cruve บ้าง หนูควรแก้ไขปัญหาอย่างไรค่ะ

ขอบคุณล่วงหน้าค่ะ

เท่าที่รู้ยังไม่มีค่ะ

สวัสดีค่ะอาจารย์

หนูมีข้อสงสัย รบกวนถามอาจารย์หน่อยค่ะ

คือ ตอนนี้หนูกำลังทำ PCR เกี่ยวกับ microsatellite ค่ะ ซึ่งตอน varies condition สามารถ amplified PCR ได้แล้วค่ะ ซึ่งตอนลองใช้ sample 4 ตัวอย่าง แต่พอตอนที่ทำจริงๆ มีตัวอย่างทั้งหมด 94 ตัวอย่าง (ซึ่งไม่ได้เอา 4 ตัวอย่างที่เคย amplified ขึ้นมาทำด้วย) ปรากฎว่า run gel แล้วไม่เห็น band ใดเลยค่ะ ทำ 2 ครั้ง reaction ละ primer ได้ผลเหมือกัน คือไม่เห็น band ใดๆ เลยสงสัยว่าเกิดจากอะไรได้บ้างคะ

ไม่ทราบว่าการทิ้ง master mix ที่ใส่ Taq แล้วไว้นานจะเป็นผลมั้ยคะ เพราะตอนทำใส่ master mix ก่อน template ค่ะ แต่วาง plate ไว้บน ice box อีกที ค่ะ

ขอบคุณล่วงหน้าค่ะ

สวัสดีค่ะอาจารย์

รบกวนถามเกี่ยวกับการทำ qPCR ด้วย SYBR Green หน่อยค่ะ การที่จะใช้ไพรเมอร์ที่มีขนาด product ประมาน 300-400 bp สามารถทำได้มั้ยคะ หรือจะต้องน้อยกว่า 200 bp เท่านั้น

รบกวนด้วยนะคะ

ขอบคุณค่ะ

ปัญหาของคุณ Noname IP: xxx.155.170.138 กว้างไปนะคะ มีปัจจัยหลายอย่างที่เป็นไปได้ จำไม่ได้ว่าทำไมไม่ได้ตอบก่อนหน้านี้ อาจจะได้ดูรายละเอียดจากเมลโดยตรงไปแล้ว

ส่วนของคุณ siraprapa เป็นคำถามที่มีคนสงสัยและถามผ่าน www.researchgate.net เยอะอยู่นะคะ ผู้เชี่ยวชาญที่เขาทำๆกันอยู่ก็บอกว่าเป็นไปได้ค่ะ เพียงแต่อาจจะมีปัญหาหลายอย่างกว่า เช่นโอกาสเกิด non-specific product, ทำ quantification ยากกว่า (ซึ่งส่วนมากเราทำ qPCR เพื่อหาปริมาณอยู่แล้ว) เป็นต้นค่ะ ต้องทดลองดูค่ะว่าสำหรับ product ของเราทำได้มั้ย เพราะนอกจากปัญหาพื้นฐานพวกนี้แล้ว ที่สำคัญต้องดูว่า product และ template ของเรา sequence น่าจะมีปัญหาด้วยไหมอีกน่ะค่ะ

สวัสดีค่ะ

เนื่องจากหนูศึกษาอยู่ชั้นปีที่ 4 ทำโปรเจคเกี่ยวกับมาลาเรีย ออกแบบ primer ที่จำเพาะต่อยีน cox-3 โดยใช้ multiplex PCR ผลกาารทำ PCR คือ positive control ไม่ขึ้นเลยสัก band เห็นแต่ primer dimer ส่วน band ของ sample นั้น ขึ้น 3 band ทั้งๆที่ควรจะขึ้น band เดียว ซึ่งได้ทำซ้ำกันสองครั้งก็ยังให้ผลเช่นเดิม เคยปรับลดอุณหภูมิของ annealing แล้วค่ะ แต่ผลก็ไม่เวิร์ค อาจารย์พอจะมีคำแนะนำอย่างอื่นไหมคะ พอดีลองนำ primer ไป blast แล้ว ก็ specific ดี เลยไม่อยากจะออกแบบใหม่อ่ะค่ะ

หนุงหนิง คะ control positive ของหนูคืออะไรคะ น่าสงสัยว่าทำไมถึงไม่ขึ้น

การ blast ดูนั้น น่าจะต้องตรวจสอบดูด้วยนะคะว่า specific ดีกับสิ่งที่เราต้องการ แล้วมี sequences อื่นๆใดอีกมั้ยที่มีเปอร์เซ็นต์ match สูงๆใกล้เคียงกัน เพราะถ้ามีและ condition ที่หนูตั้งไว้มันเผอิญไปเหมาะกับกลุ่มพวกนั้น ก็อาจจะทำให้มี product ก็ได้นะคะ เพราะน่าสงสัย condition ที่ใช้จากการที่ไม่มี product จาก positive control แต่ได้ primer dimer น่ะค่ะ

รบกวนสอบถามหน่อยนะคะอาจารย์ พอดีหนูทำแลปPCR เเล้วตกตกกอนดีเอ็นเอด้วย PEG-8000+MgCl2 ผลคือ ได้ขนาดเเบรนตรงตามที่ต้องการค่ะ เเต่เมื่อหนูลองเอาดีเอ็นที่ผ่านการตกด้วย PEG มาใช้เป็น template เริ่มต้นใหม่ในการทำPCR ผลปรากฏว่าไม่เห็นเเบรน เกิด smear band เเทน ทั้งนี้มีสาเหตุมาจากอะไรได้บ้างค่ะ รบกวนอ.ด้วยนะ




อรไพลินคะ เท่าที่ลองหาดูให้ในพวก forum ที่เขาถามๆกัน คิดว่าน่าจะเป็นเพราะ product ที่ได้มันมีปริมาณน้อยมากจนไม่พอที่จะเป็น template ในการทำ PCR ได้ อาจจะต้องหาวิธีเพิ่มจำนวน copy number ให้มากขึ้นกว่านี้มังคะ อันนี้ไม่เคยทำจริงๆ แค่ลองอ่านๆดู เรียกว่าเป็นการเดาคำตอบให้จริงๆค่ะ


คือหนู Run Gel ออกมาปรากฏว่า มีแบนเกิดขึ้น แต่เป็นคลื่นๆ ไม่เป็นเส้นตรง แต่แบนของDNA ladder ก็เป็นเส้นตรงน่ะค่ะ หนูควรแก้ปัญหาอย่างไรดีค่ะ

คุณตุ้ย...ออกจะแปลกนะคะ ต้องขอดูภาพหน่อยว่าที่ว่าคลื่นนั้นเป็นยังไงค่ะ มีกี่เลนและเป็นทุกเลนเลยหรือเปล่าคะ เลนของ DNA ladder ที่ว่าตรงนั้นอยู่ตรงไหนของแผ่น gel ต้องพิจารณาหลายๆสิ่งแวดล้อมถึงจะหาสาเหตุที่น่าจะเป็นได้ค่ะ

รายการนี้มีมากกว่า 100 ความเห็น