มีหน้าที่รับผิดชอบในการสำรวจ ค้นคว้า ทดลอง และวิจัยทรัพยากรประมงทะเล การทำประมง แหล่งประมง และสิ่งแวดล้อมทางการประมง เพื่อประโยชน์ในการบริหารและจัดการการใช้ประโยชน์จากทรัพยากรสัตว์ทะเลสูงสุดและยั่งยืน พัฒนาแหล่งประมง เพื่อเพิ่มผลผลิตและฟื้นฟูทรัพยากรสัตว์ทะเล ที่อยู่ในสภาพเสื่อมโทรม พัฒนาการจัดการประมงทะเลให้มีการทำการประมงอย่างมีประสิทธิภาพ โดยไม่ทำลายพันธุ์สัตว์ทะเลและสิ่งแวดล้อมในพื้นที่จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ชุมพร  และสุราษฎร์ธานี