โดยปัญหาด้านความปลอดภัยจุดแรกที่ผู้เชี่ยวชาญด้านความปลอดภัยระบบแจ้งว่าพบใน Internet Explorer 7 หลังจากเพิ่งเปิดให้ ดาวน์โหลดไปนั้นจะเป็นช่องโหว่ที่อยู่ใน Outlook Express ที่อาจจะถูกใช้เป็นช่องทางในการโจมตีระบบได้ ซึ่ง Microsoft ก็เปิดเผยว่ากำลังแก้ไขปัญหาจุดนี้อยู่ และขณะนี้ช่องโหว่จุดดังกล่าวก็ยังไม่ได้ถูกนำไปใช้เป็นช่องทางในการโจมตีระบบด้วย นอกจากปัญหาด้านความปลอดภัยระบบแล้ว ยังมีรายงานจากผู้ใช้ว่า Internet Explorer 7 จะมีปัญหาการใช้งานเว็บไซต์บางแห่งด้วย โดยส่วนมากจะเป็นการแสดงผลไม่ถูกต้อง ซึ่งเกิดจากเว็บไซต์ที่พัฒนาขึ้นมาด้วยเทคโนโลยีที่ Internet Explorer 7 ไม่ได้สนับสนุน เช่นเทคโนโลยีของ Autodesk โดยก่อนหน้านี้ช่วงที่มีการเปิดทดสอบใช้งาน Internet Explorer 7 นั้น Microsoft ก็เคยแจ้งให้ผู้พัฒนาเว็บไซต์ต่างๆเตรียมพร้อมรับมือกับปัญหาเหล่านี้ไปบ้างแล้ว