Basic Bioinformatic tools for Single Nucleotide Polymorphism (SNP): เครื่องมือพื้นฐานในงานวิจัยเกี่ยวกับสนิปส์

โอ๋-อโณ
ติดตาม ผู้ติดตาม 
ติดต่อ

วันนี้เข้าร่วมอบรมเชิงปฏิบัติการ เรื่อง "Basic Bioinformatic tools for Single Nucleotide Polymorphism (SNP) and microRNA Research" ที่จัดร่วมกันโดยภาควิชาพยาธิวิทยาและภาควิชาชีวเวชศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ ม.สงขลานครินทร์ของเรานี่เองค่ะ ได้รับรู้ความคืบหน้าของงานด้านนี้ที่เราเคยทำเมื่อเกือบสิบปีที่แล้ว เดี๋ยวนี้เครื่องมือช่วยในการศึกษาด้านนี้มีมากมายทีเดียว ก็เลยอยากเอามาบันทึกฝากต่อไว้ตรงนี้ด้วยค่ะ

ข้อมูลเกี่ยวกับยีน (Gene) และความเกี่ยวข้องกับสุขภาพ โรคต่างๆรวมทั้งการใช้ยา เดี๋ยวนี้สามารถหาดูได้แบบมีข้อมูลเพียบที่ International HapMap Project และด้วยวิทยาการสมัยนี้การตรวจหา SNP เขาก็ไม่ทำแบบเดี่ยวๆแล้ว มีตัวช่วยเพียบในโปรแกรมนี้ที่จะทำให้เรามีวิธีศึกษาสนิปส์แบบเป็นเซ็ตๆที่เขาเรียกว่า Haplotype ที่เว็บนี้นอกจากจะมีข้อมูลเพียบแล้วยังมีโปรแกรมชื่อ Haploview ที่ช่วยในการวิเคราะห์ sequence ของยีนที่เราสนใจศึกษาได้ด้วย ทั้งการคำนวณ Linkage Disequilibrium การดู Association เรียกว่าเครื่องมือวิเคราะห์ครบถ้วนเลือกได้ในที่เดียวเลย

Hapmap.PNG

ส่วนแหล่งทรัพยากรหลักที่เราใช้กันมาแต่ดั้งเดิมอย่าง NCBI ก็ยังคงพัฒนา Database of Short Genetic Variations (dbSNP) ให้เป็นปัจจุบันอยู่ตลอดยังคงเป็นศูนย์รวมข้อมูลที่ครบถ้วนที่สุด แต่ตัวช่วย คู่มือต่างๆในการใช้งาน ทำได้ง่ายน่าสนใจขึ้นมาก ชอบคำแนะนำวิธีใช้ Variation Viewer ของเขามากๆค่ะ เป็นเอกสาร pdf 4 แผ่นที่มีประสิทธิภาพมากๆ (สมัยเราเริ่มๆใช้ไม่ยักกะมี ต้องอ่านกันตาแฉะเลยค่ะ)

เก็บมาฝากสำหรับผู้ที่สนใจงานทางด้านนี้นะคะ คิดว่านักวิจัยบ้านเรายังไม่ค่อยชอบอ่านภาษาอังกฤษ ถ้าพอมีเวลาต่อๆไปอาจจะช่วยแปลคู่มือพวกนี้เป็นภาษาไทยให้คนทำวิจัยบ้านเราดูบ้างค่ะ จะได้ใช้งานได้คุ้มค่าครบถ้วนตามคุณสมบัติที่เขาสร้างมาให้เราใช้



บันทึกนี้เขียนที่ GotoKnow โดย  ใน ประสบการณ์งาน Molecular มาแลกเปลี่ยน



ความเห็น (0)