ถึงแม้ว่า ตามระเบียบของคณะกรรมการการตรวจเงินแผ่นดิน(ปัจจุบันไม่มีแล้ว)ว่าด้วยการจัดวางระบบการควบคุมภายใน ปี 2544 ได้ระบุให้เจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายใน เป็นผู้ประเมินระบบการควบคุมภายในของหน่วยงานอย่างเป็นอิสระ หรือเรียกอีกอย่างว่า ให้ผู้ตรวจสอบภายในเป็นผู้ประเมินโดยอิสระ โดยจะทำการประเมินปีละ 1 ครั้งหลังจากที่หน่วยงานต่างๆได้ทำการจัดทำรายงานการควบคุมภายใน(ประเมินตนเอง)แล้ว

         ในทางปฏิบัติ ระเบียบนี้ได้ให้อิสระแก่หน่วยตรวจสอบภายในแต่ละแห่ง(ที่มีฐานะเทียบเท่ากรมขึ้นไป) ในการกำหนดแนวทางและวิธิปฏิบัติให้เหมาะสมกับลักษณะของหน่วยงานของตน ดังนั้นในการปฏิบัติเกี่ยวกับการประเมินระบบการควบคุมภายในของแต่ละแห่งจึงไม่เหมือนกัน

          หน่วยตรวจสอบภายใน มหาวิทยาลัยมหาสารคาม ก็เช่นเดียวกัน ได้กำหนดวิธีการประเมินระบบการควบคุมภายใน เพื่อให้เหมาะสมกับมหาวิทยาลัย โดยการ แบ่งผู้ตรวจสอบภายใน ออกเป็น 3 สายตรวจ เพื่อทำการ

  1. สอบทานรายงานการควบคุมภายใน(ประเมินตนเอง)ของหน่วยงานย่อย (ระหว่างวันที่ 1-10 พ.ย..49)
  2. สอบทานการปฏิบัติงานในการจัดวางระบบการควบคุมภายในของหน่วยงานย่อย (ระหว่างวันที่ 11-23 พ.ย.49)
  3. ออกรายงานผลการสอบทานแก่หน่วยงานย่อย (ระหว่างวันที่ 24-30 พ.ย.49)

โดยจะเริ่มดำเนินการตามข้อ 1 ในวันที่ 1 พฤศจิกายน 2549 นี้แล้ว