อันเนื่องมาจาก InterlabComparison4: list of mitochondrial primers used in the forensic DNA typing laboratories in Thailand

     ผมค้างงานหนูอ้อม CIFS ไว้อย่างหนึ่ง คราวที่เจอกันที่งานประชุมวิชาการเครือข่ายนิติพันธุศาสตร์แห่งประเทศไทย ที่ผ่านมา (วันที่ 28-29 พฤศจิกายน 2556)  จำได้ว่า สัญญากับหนูอ้อมว่า จะส่ง รายการ primer สำหรับทำไมโตคอนเดรีย ในช่วง HV1, HV2 และ control region ที่แต่ละห้องปฏิบัติการใช้  เพื่อเป็นข้อมูลประกอบการปรับเปลี่ยน หรือพัฒนา การทดสอบไมโตคอนเดรีย อย่างน้อยก็ได้รู้ว่า ห้องแล็บของเราใช้ primer อะไร มีปัญหาอะไร แล้วห้องแล็บอื่นๆ เขาใช้ primer อะไร น่าสนใจที่จะปรับเปลี่ยน หรือไม่ อย่างไร

     การทดสอบตรวจหาลำดับเบสบนสายไมโตคอนเดรีย ทางนิติเวชศาสตร์ มีห้องปฏิบัติการที่เข้าร่วมทำการเปรียบเทียบระหว่างห้องปฏิบัติการ จำนวน 6 แห่ง แต่ละห้องแล็บจะถูกขอให้ตอบแบบสอบถามเพิ่มเติม หนึ่งในแบบสอบถามนี้ ก็คือ การถามถึงลำดับเบสของ primer ที่ใช้ในห้องปฏิบัติการ  แต่มีห้องปฏิบัติการตอบแบบสอบถามนี้ 5 แห่ง  และนี่เป็น list ของ mtDNA primer ที่แต่ละห้องปฏิบัติการใช้อยู่ครับ

ห้องปฏิบัติการ	ชื่อ primer	ทิศทาง	บริเวณ	ขนาด (bp)	ตำแหน่งที่ primer จับกับ rCRS	primer
L01	L 15997	Forward	HVR1	20	15978-15997	5'-CACCATTAGCACCCAAAGCT-3'
L01	H 16401	Reverse	HVR1	20	16401-16420	5'-TGATTTCACGGAGGATGGTG-3'
L01	L 29	Forward	HVR2	22	8-29	5'-GGTCTATCACCCTATTAACCAC-3'
L01	H 408	Reverse	HVR2	22	408-429	5'-CTGTTAAAAGTGCATACCGCCA-3'
L06	MPS1A_F15989	Forward	HVR1	20	15989-16008	5'-CCCAAAGCTAAGATTCTAAT-3'
L06	MPS2B_R16410	Reverse	HVR1	20	16391-16410	5'-GAGGATGGTGGTCAAGGGAC-3'
L06	MPS3A_F34	Forward	HVR2	23	34-56	5'-GGGAGCTCTCCATGCATTTGGTA-3'
L06	MPS4B_R377	Reverse	HVR2	20	358-377	5'-GTGTTAGGGTTCTTTGTTTT-3'
L06	MPS3B_R240	Reverse	HVR2	21	220-240	5'-TATTATTATGTCCTACAAGCA-3'
L06	MPS4A_R292	Reverse	HVR2	19	274-292	5'-ATTTTTTGTTATGATGTCT-3'
L09	HVR1F	Forward	HVR1	19	15975-15993	5’-CTCCACCATTAGCACCCAA-3’
L09	HVR1R	Reverse	HVR1	18	16401-16418	5’-ATTTCACGGAGGATGGTG-3’
L09	HVR2F	Forward	HVR2	20	15-34	5’-CACCCTATTAACCACTCACG-3’
L09	HVR2R	Reverse	HVR2	20	410-429	5’-CTGTTAAAAGTGCATACCGC-3’
L10	HVR1_(L15997)	Forward	HVR1	20	15978-15997	5’-CACCATTAGCACCCAAAGCT-3’
L10	HVR1_(H16401)	Reverse	HVR1	20	16401-16420	5’-TGATTTCACGGAGGATGGTG-3’
L10	HVR2_(L29)	Forward	HVR2	22	8-29	5’-GGTCTATCACCCTATTAACCAC-3’
L10	HVR2_(H408)	Reverse	HVR2	22	408-429	5’-CTGTTAAAAGTGCATACCGCCA-3’
L13	GAF	Forward	HVR1	22	15975-15996	5’-GTATAAACTAATACACCAGTCTTGT-3’
L13	GCF	Forward	HVR1-VR	20	16204-16223	5’-AGCAAGTACAGCAATCAACC-3’
L13	L29F	Forward	HVR2	22	8-29	5’-GGTCTATCACCCTATTAACCAC-3’
L13	DUp	Forward	HVR2-HVR3	20	90-109	5’-GCGAGACGCTGGAGCCGGAG-3’
L13	999	Reverse	HVR1	20	16401-16420	5’-TGATTTCACGGAGGATGGTG-3’
L13	GER	Reverse	HVR1-VR	25	76-100	5’-CAGCGTCTCGCAATGCTATCGCGTG-3’
L13	H408R	Reverse	HVR2	22	408-429	5’-CTGTTAAAAGTGCATACCGCCA-3’
L13	H619R	Reverse	HVR3	21	619-639	5'-GGTGATGTGAGCCCGTCTAA-3'

     ผมเขียน rCRS position ของ primer ไว้ด้วย เผื่อว่าจะใช้เปรียบเทียบว่า primer แต่ละเส้น จับได้กับ rCRS ตรงช่วงใด  วิธีการที่จะทำให้รู้ว่า primer ของเรา จับได้กับ rCRS ตรงไหน ทำได้โดยการเอา primer sequence แต่ละเส้น มาทำ alignment กับ rCRS แล้ว ระบุตำแหน่งว่ามันจับได้ตรงตำแหน่งไหนบ้างครับ

     ผมไม่ได้ระบุชื่อห้องปฏิบัติการเอาไว้ แต่ใส่ไว้เป็นรหัสห้องปฏิบัติการ ซึ่งถ้าอยากจะรู้ว่ารหัสห้องปฏิบัติการในตาราง เป็นห้องปฏิบัติการใด ก็ให้เทียบกับตารางที่ 1 ในผลการทำ interlab comparison ครั้งที่ 4 ประจำปี 2556 ที่ผ่านมาครับ ก็จะทราบได้ครับ