การดำเนินงานระบบการประกันคุณภาพการศึกษาภายในสถานศึกษาได้ร่วมกันดำเนินงานโดยครูและบุคลากรในโรงเรียน เริ่มต้นจากการจัดทำมาตรฐานการศึกษาของโรงเรียนด้วยการวิเคราะห์มาตรฐานการศึกษาของ สพฐ.กับของ สมศ. ซึ่งปรากฏว่ามารตฐานของโรงเรียนบ้านโกตาบารูจะมีมตราฐาน 4 ด้าน 19 มาตรฐาน 106 ตัวบ่งชี้สำหรับมาตรฐานระดับประถม:มัธยมศึกษา และ 18 มาตรฐาน 83 ตัวบ่งชี้สำหรับมาตรฐานระดับปฐมวัย นอกจากนี้ได้มีการวิเคราะห์มาตรฐานการศึกษาด้านผู้เรียนกับคุณลักษณะอันพึงประสงค์ของโรงเรียนให้สอดคล้องกัน วิเคราะห์ความสัมพันธ์กับมาตรฐานสาระการเรียนรู้ทั้ง 8 กลุ่มสาระ เพื่อให้การดำเนินงานการประกันคุณภาพภายในสถานศึกษาเป็นส่วนหนึ่งของการบริหารจัดการศึกษาของโรงเรียน