การดำเนินงานระบบการประกันคุณภาพการศึกษาภายในสถานศึกษาได้ร่วมกันดำเนินงานโดยครูและบุคลากรในโรงเรียน   เริ่มต้นจากการจัดทำมาตรฐานการศึกษาของโรงเรียนด้วยการวิเคราะห์มาตรฐานการศึกษาของ  สพฐ.กับของ  สมศ.  ซึ่งปรากฏว่ามารตฐานของโรงเรียนบ้านโกตาบารูจะมีมตราฐาน  4  ด้าน  19 มาตรฐาน  106  ตัวบ่งชี้สำหรับมาตรฐานระดับประถม:มัธยมศึกษา  และ 18  มาตรฐาน  83  ตัวบ่งชี้สำหรับมาตรฐานระดับปฐมวัย  นอกจากนี้ได้มีการวิเคราะห์มาตรฐานการศึกษาด้านผู้เรียนกับคุณลักษณะอันพึงประสงค์ของโรงเรียนให้สอดคล้องกัน   วิเคราะห์ความสัมพันธ์กับมาตรฐานสาระการเรียนรู้ทั้ง 8  กลุ่มสาระ  เพื่อให้การดำเนินงานการประกันคุณภาพภายในสถานศึกษาเป็นส่วนหนึ่งของการบริหารจัดการศึกษาของโรงเรียน