ไรน้ำนางฟ้าเป็นสัตว์ที่ไม่มีอวัยวะสำหรับป้องกันตัวเอง และมีเปลือกนิ่มจึงตกเป็นอาหารของสัตว์กินเนื้อได้ง่าย ระหว่างการเลี้ยงถ้าไม่มีวิธีป้องกันที่ดีก็อาจจะต้องสูญเสียไรน้ำนางฟ้าจำนวนมาก ศัตรูที่พบได้บ่อยในการเลี้ยงในโรงเพาะเลี้ยงคือ ลูกน้ำยุง ในระยะตัวโม่ง บางครั้งถึงแม้จะมีขนาดเล็กกว่าไรน้ำนางฟ้าแต่ลูกน้ำจะกัดติดแน่นบริเวณส่วนหัวหรือลำตัวจนกว่าไรน้ำนางฟ้าจะตาย ซึ่งบางครั้งอาจจะไม่กินและกัดกินแค่บางส่วน

ศัตรูชนิดที่พบได้เสมอในบ่อดินคือ ตัวอ่อนแมลงปอ ตัวอ่อนแมลงปีกแข็งเกือบทุกชนิด รวมทั้งสัตว์กินเนื้อที่อยู่ในน้ำทุกชนิด มีรายงานว่าตัวอ่อนของแมลงปีกแข็งสามารถกินไรน้ำนางฟ้าตัวเต็มวัยได้  ส่วนวิธีการป้องกันในบ่อซีเมนต์หรือโรงเพาะฟักขนาดเล็กจะใช้มุ้งอวนในส่วนสีฟ้าล้อมป้องกันไม่ให้ยุงเข้ามาวางไข่ได้แต่กรณีในบ่อดินซึ่งเป็นการเลี้ยงระบบเปิดจะป้องกันได้ยากแต่ก็สามารถปราบศัตรูได้โดยการกรองน้ำเข้าบ่อและหลังการเตรียมบ่อใสปุ๋ย และเติมน้ำควรรีบปล่อยไรน้ำนางฟ้าทันทีเพื่อให้เจริญเติบโตก่อนที่แมลงปอจะลงไปไข่และฟักเป็นตัวอ่อน จากการสังเกตพบว่าลูกน้ำในระยะตัวโม่งสามารถกินลูกไรน้ำนางฟ้าได้ 1 ตัวทุกๆ 2 ชั่วโมง ซึ่งถ้าบ่อตั้งอยู่กลางแจ้งหรือโรงเพาะฟักขนาดใหญ่ที่ไม่มีการปกปิดยุงและแมลงต่างๆ สามารถบินมาวางไข่ได้ตลอดเวลาซึ่งป้องกันได้ยาก แต่อย่างไรก็ตามแต่ละพื้นที่มักจะพบปัญหาที่แตกต่างกัน คงต้องสังเกตและแก้ปัญหาเป็นกรณีๆ ไป