รัชกาลที่ ๑  พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ได้ทรงปฏิสังขรณ์วัดโพธาราม หรือ วัดโพธิ์   ขึ้นเป็นอารามหลวง   ให้ชื่อว่า วัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม  ทรงให้รวบรวมและจารึกตำรายา  ฤๅษีดัดตน ตำราการนวด ไว้ตามศาลาราย ส่วนการจัดหายาของทางราชการมีการจักตั้งกรมหมอและโรงพระโอสถคล้ายกับสมัยอยุธยา    แพทย์ที่รับราชการเรียกว่า หมอหลวง    ส่วนหมอที่รักษาราษฎรทั่วไปเรียกว่า หมอราษฎร   หรือ  หมอเชลยศักดิ์ 

              รัชกาลที่ ๒ พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ทรงเห็นว่าคัมภีร์แพทย์ ณ โรงพระโอสถสมัยอยุธยานั้นสูญหายไป  เนื่องจากตอนนั้นมีสงครามกับพม่า ๒ ครั้ง  บ้านเมืองถูกทำลายและราษฎรรวมทั้งหมอแพทย์แผนโบราณถูกกวาดต้อนไปเป็นเชลย    ทำให้ตำราและข้อมูลเกี่ยวกับการแพทย์แผนโบราณของไทยถูกทำลายไปด้วย จึงมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้เหล่าผู้ชำนาญโรคและสรรพคุณยารวมทั้งผู้ที่มีตำรายานำเข้ามาถวายและให้กรมหมอหลวงคัดเลือก     ให้จดเป็นตำราหลวงสำหรับโรงพระโอสถและในปี พ.ศ. ๒๓๕๙   มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ  ให้ตรากฎหมาย   ชื่อว่า   กฎหมายพนักงานพระโอสถถวาย   

             รัชกาลที่ ๓ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงปฏิสังขรณ์วัดพระเชตุพนวิมลมังคลารามอีกครั้ง   ทรงโปรดเกล้าฯ  ให้มีการจัดตั้งโรงเรียนแพทย์แผนโบราณแห่งแรก   คือ   โรงเรียนแพทย์แผนโบราณวัดโพธิ์  ในงานฉลองวัดโพธิ์สมัยนั้น  ทรงพระดำริว่า  อันตำรายาไทยและการรักษาโรคแบบอื่นๆเช่น   การบีบ  นวด  ประคบ   หมอที่มีชื่อเสียงต่างก็หวงตำราของแต่ละคนไว้เป็นความลับ   ตลอดจนทรงดำริว่า  การรักษาโรคทางตะวันตกกำลังแผ่อิทธิพลเข้ามาในประเทศสยาม  และในเวลาอันใกล้น่าจะบดบังรัศมีของการแพทย์แผนโบราณเสียหมดสิ้น  สุดท้ายอาจไม่มีตำรายาไทยเหลืออยู่เพื่อประโยชน์ของอนุชนรุ่นหลังก็ได้     จึงทรงประกาศให้ผู้ที่มีตำรับตำรายาโบราณทั้งหลายที่มีสรรพคุณดีและเชื่อถือได้เท่าที่มีอยู่สมัยนั้น  นำมาจารึกไว้บนหินอ่อน  ประดับไว้บนผนังพระอุโบสถ  ศาลาราย  เสา  และกำแพงวิหารคตรอบพระเจดีย์สี่องค์ และตามศาลาต่างๆ ของวัดโพธิ์ที่ปฏิสังขรณ์ในครั้งนั้น ศิลาจารึกนี้เป็นตำราบอกสมุฎฐานของโรคและการรักษา   และยังได้มีการจัดหาสมุนไพรที่ใช้ปรุงยาและหาได้ยากมาปลูกไว้ในวัดเป็นจำนวนมาก  นอกจากนั้นได้ทรงให้ปั้นรูปฤๅษีดัดตนในท่าต่างๆ  เพื่อช่วยให้ผู้ประสงค์จะฝึกตนเป็นแพทย์  หรือหาทางบำบัดตนได้ศึกษาเป็นสาธารณะทาน  นับว่าเป็นการจัดการศึกษาให้กับประชาชนรูปแบบหนึ่ง  ตำรายาเหล่านี้พอจะทราบกันดีในบรรดาหมอไทยว่า  ตำรายาดีจริงๆ นั้นคงไม่ได้รับการเปิดเผยอย่างแท้จริง  แต่ก็เป็นอนุสรณ์และเป็นโรงเรียนการแพทย์ของเมืองไทย   รัชสมัยนี้มีการนำเอาการแพทย์แผนตะวันตกเข้ามาเผยแพร่โดยคณะมิชชั่นนารีชาวอเมริกัน   โดยการนำของนายแพทย์แดน บีช บรัดเลย์   ซึ่งคนไทยเรียกว่าหมอบรัดเลย์  เช่น  การปลูกฝีป้องกันไข้ทรพิษ  การใช้ยาเม็ดควินินรักษาโรคไข้จับสั่น  เป็นต้น