เกิดเมื่อวันที่ 23 พฤษภาคมพ.ศ. 2483 ที่กรุงเทพมหานคร ในครอบครัวคนไทยเชื้อสายจีน ซึ่งเจ้าตัวมักเรียกตัวเองว่าเป็น เจ๊กปนลาว (จ.ป.ล.) (มาจากการที่เป็นคนจีนที่เกิดในเชียงใหม่ ซึ่งเคยเป็นดินแดนของอาณาจักรล้านนาในอดีต ซึ่งมีวัฒนธรรมร่วมกับลาว) จบการศึกษาระดับมัธยมศึกษาที่โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และสำเร็จการศึกษาสาขาประวัติศาสตร์ ทั้งปริญญาตรี และโท จากคณะอักษรศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ต่อมาเข้ารับราชการในตำแหน่งอาจารย์ ภาควิชาประวัติศาสตร์ คณะมนุษยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ และได้ลาศึกษาต่อระดับปริญญาเอก ณ มหาวิทยาลัยมิชิแกนสหรัฐอเมริกา จนสำเร็จในปี พ.ศ. 2519 กลับมารับราชการตามเดิม จนได้รับตำแหน่งศาสตราจารย์โดยวิธีพิเศษ กล่าวคือ เขาได้รับการโปรดเกล้าฯให้ดำรงตำแหน่งศาสตราจารย์ โดยไม่ผ่านการเป็น ผู้ช่วยศาสตราจารย์ และรองศาสตราจารย์ และเข้าโครงการลาเกษียณอายุราชการก่อนกำหนดใน พ.ศ. 2543[1] หลังจากสิ้นภาระการสอนในระบบมหาวิทยาลัยปกติ ปัจจุบัน ยังคงเป็นผู้มีส่วนสำคัญในการแสดงความคิดสู่สังคมผ่านมหาวิทยาลัยเที่ยงคืน ซึ่งได้บุกเบิกมาก่อนหน้านี้แล้ว และผ่านรูปแบบบทความทางหนังสือพิมพ์ นิตยสารอยู่เป็นประจำ ในการลงประชามติรับร่างธรรมนูญปี พ.ศ. 2550ศ.ดร.นิธิ เป็นผู้หนึ่งที่ไม่เห็นด้วยกับร่างรัฐธรรมนูญฉบับดังกล่าว(1)
1. สังคมไทยในระยะเปลี่ยนผ่าน
2. การเมืองไทยในสายตานิธิ
2.1 การเมืองไทยในสายตานิธิ 1
2.2 การเมืองไทยในสายตานิธิ 2.
3. ถาม-ตอบ "ปัญหาข้ามศตวรรษ"
4. มรดกสมบูรณาญาสิทธิราช
5. 24 มิถุนายน 2475 ประวีติศาสตร์ที่ถูกลืม
6. 24 มิถุนายน 2475 เปลี่ยนคน หรือ เปลี่ยนระบอบ
7. เวทีเสวนา "ปรองดองกับความเป็นธรรม?"
8. มุมมองแก้รัฐธรรมนูญ
9. มุมที่สังคมไทยไม่ค่อยมอง
10. การสืบทอดอำนาจของชนชั้นนำ
11. คดีอากง กับมาตรา 112
11.1 คดีอากง กับมาตรา 112 ตอนที่ 1
11.2 คดีอากง กับมาตรา 112 ตอนที่ 2
12. 1 ศตวรรษปริทัศน์ รัฐธรรมนูญและรัฐประหารกับการเมืองสยาม/ไทยสมัยใหม่ (พ.ศ.2454-2550)
12.1 1 ศตวรรษปริทัศน์ รัฐธรรมนูญและรัฐประหารกับการเมืองสยาม/ไทยสมัยใหม่ (พ.ศ.2454-2550) 1
12.2 1 ศตวรรษปริทัศน์ รัฐธรรมนูญและรัฐประหารกับการเมืองสยาม/ไทยสมัยใหม่ (พ.ศ.2454-2550) 2
12.3 1 ศตวรรษปริทัศน์ รัฐธรรมนูญและรัฐประหารกับการเมืองสยาม/ไทยสมัยใหม่ (พ.ศ.2454-2550) 3
12.4 1 ศตวรรษปริทัศน์ รัฐธรรมนูญและรัฐประหารกับการเมืองสยาม/ไทยสมัยใหม่ (พ.ศ.2454-2550) 4
13. ประเทศไทยหลังเลือกตั้ง
13.1 ประเทศไทยหลังเลือกตั้ง 1
13.2 ประเทศไทยหลังเลือกตั้ง 2
13.3 ประเทศไทยหลังเลือกตั้ง 3
13.4 ประเทศไทยหลังเลือกตั้ง 4
13.5 ประเทศไทยหลังเลือกตั้ง 5
14. ปฏิรูปสังคมไทยหลังการเลือกตั้ง: บทบาทชนชั้นนำและการเมืองภาคประชาชน
14.1 ปฏิรูปสังคมไทยหลังการเลือกตั้ง: บทบาทชนชั้นนำและการเมืองภาคประชาชน 1
14.2 ปฏิรูปสังคมไทยหลังการเลือกตั้ง: บทบาทชนชั้นนำและการเมืองภาคประชาชน 2
14.3 ปฏิรูปสังคมไทยหลังการเลือกตั้ง: บทบาทชนชั้นนำและการเมืองภาคประชาชน 3
14.4 ปฏิรูปสังคมไทยหลังการเลือกตั้ง: บทบาทชนชั้นนำและการเมืองภาคประชาชน 4
14.5 ปฏิรูปสังคมไทยหลังการเลือกตั้ง: บทบาทชนชั้นนำและการเมืองภาคประชาชน 5
15. ม 112 ภาพสะท้อนวิกฤติอัตลักษณ์ 'ความเป็นไทย'
16. คำชมและคำติ ของ ศาสตราจารย์ ดร. นิธิ เอียวศรีวงศ์ ที่มีต่อนโยบาย
หลัก ๆของรัฐบาลยิ่งลักษณ์