ทำงานวิจัยเกี่ยวกับวิธีนี้..เลยอยากอธิบายให้เป็นภาษาง่ายๆดูค่ะ

 

ก่อนอื่นขออธิบายถึงหลักการของ MLST (multilocus sequence typing) กันก่อนนะคะ

อันดับแรก...การที่ชื่อวิธีการนี้มีคำว่า Typing ซึ่งหมายถึงการแยกชนิดให้เฉพาะลงไป

ยกตัวอย่างทั่วๆ ไป เช่นการแบ่งชนิดสัตว์เป็นประเภทต่างๆ 
เราก็มีการแบ่งเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม  สัตว์เลื้อยคลาน  สัตว์มีปีก 
เราก็จะแยกการสัตว์ชนิดนั้นจากการดูว่าออกลูกเป็นตัวหรือเป็นไข่
มีสิ่งปกคลุมร่างกายเป็นเส้นขน หรือเกล็ด  หรือขนปีกก็ว่ากันไป....

ส่วนการจัดแบ่งของ MLST จะย่อยละเอียดลงไปกว่านั้น...
เหมือนกับดูว่าในพวกสัตว์ปีก จะแบ่งเป็นเป็ดหรือไก่ 
เราก็จะดูที่ปากและพังพืดที่เท้า... 
แต่สำหรับ MLST  จะแบ่งแยกเชื้อแบคทีเรียในแต่ละสปีชีส์ 
หรือย่อยกว่าซีโรไทป์ไปอีก  โดยดูจากลำดับเบสโดยการทำ DNA sequencing
จากสารพันธุกรรมของเชื้อที่เราเก็บได้แต่ละตัว  แล้วมาเปรียบเทียบลำดับเบสของเชื้อชนิดเดียวกัน
แต่แยกได้จากตัวอย่างจากต่างถิ่น  ต่างที่มา  นั้นมีความคล้ายกันมากน้อยแค่ไหน
โดย MLST  จะมีการจัดลำดับความเหมือนกันของสาย DNA คือถ้าเหมือนกันเป๊ะ
จะจัดเป็น Sequence Type (ST) เดียวกัน  ถ้าเหมือนกันบ้างแต่ไม่ทั้งหมด 
เหมือนแค่บางส่วน  จะจัดให้เป็น complex หรือเรียกเต็มๆ ว่า Sequence type complex (ST-complex) นั่นเอง 
ทั้งนี้เพื่อที่จะได้ใช้ในการบอกว่าเชื้อที่พบจากต่างที่กัน  มีความสัมพันธ์กันหรือไม่ 
ซึ่งอาจจะใช้บอกถึงแหล่งที่มาของเชื้อที่แพร่ติดสู่คนหรือสัตว์เลี้ยง สัตว์บริโภคได้ 
อันนี้เป็นตัวอย่างการนำไปใช้เบื้องต้นก่อนนะคะ 

อธิบายเพิ่มเติมเกี่ยวกับการนำลำดับเบสในสายพันธุกรรมมาเทียบลำดับเบสกันนั้น 
ก็ใช้ว่าจะใช้สายพันธุกรรมทั้งสายมาดูลำดับเบสทุกตัวแล้วเปรียบเทียบกัน 
เพราะในสายพันธุกรรมสายหนึ่งประกอบด้วยเบสเรียงต่อกันหลายพันหลายหมื่นตัว 
ครั้นจะมาหาว่าเบสเรียงยังไงทั้งสายก็แลดูจะสิ้นเปลืองงบประมาณและเวลาเกินไป 
เทคนิค MLST เลยจะใช้ลำดับเบสเฉพาะในแต่ละชุดลำดับเบสที่เรียกว่า ยีน (Gene) นั่นเอง 
โดยยีนที่นำมาใช้นั้นจะต้องเป็น housekeeping gene  หรือยีนที่มีความจำเป็นต่อการดำรงชีวิตอยู่ของเชื้อชนิดนั้นๆ
เราจะใช้อย่างน้อย 7 ยีน  และนำมาหาลำดับเบสความยาวประมาณ 500 เบสในแต่ละยีน 
หลังจากได้ลำดับเบสของยีนที่เราต้องการมาแล้ว  ก็นำลำดับเบสที่ได้ใส่ในฐานข้อมูล MLST ผ่านทางเวบไซต์ 
ซึ่งข้อมูลทั่วโลกก็จะอยู่ในฐานข้อมูลเดียวกันนี้ค่ะ

วันนี้ทำความเข้าใจกับ MLST เบื้องต้นกันก่อนนะคะ...
อาทิตย์หน้าจะอธิบายในรายละเอียดการประมวลผลในฐานข้อมูล
และข้อดี ข้อเสียของเทคนิค MLST นี้เมื่อเทียบกับเทคนิคอื่นๆ ค่ะ