กว่า 56 ปี ที่ให้บริการ สถาบันสุขภาพเด็กแห่งชาติมหาราชินี (ชื่อเดิม โรงพยาบาลเด็ก) เป็นสถาบันของรัฐแห่งเดียวในประเทศไทยที่ให้การรักษาพยาบาลเฉพาะผู้ป่วยเด็ก ในแต่ละปี มีผู้ป่วยเด็กอายุแรกเกิดถึง 18 ปี มารับบริการ ซึ่งเป็นผู้ป่วยนอก เฉลี่ยปีละ 350,000 ราย ผู้ป่วยในปีละ 15,000 ราย ส่วนใหญ่เป็นผู้ป่วยเฉพาะทางในโรคยุ่งยากซับซ้อนที่รับส่งต่อจากโรงพยาบาลทั่วประเทศ อาทิ โรคหัวใจพิการแต่กำเนิด โรคไข้เลือดออกช็อก ทารกแรกเกิดก่อนกำหนดที่ต้องผ่าตัด โรคมะเร็งเม็ดเลือด โรคเนื้องอกในสมอง เป็นต้น
ด้วยการหยุดชะงักการลงทุนของภาครัฐในระยะที่ผ่านมา สภาพการให้บริการ ณ วันนี้ เป็นไปอย่างแออัด อุปกรณ์เครื่องมือแพทย์ที่มีอายุมากขึ้น และความล้าหลังด้านเทคโนโลยี
สร้างความเป็นเลิศ ดูแลผู้ป่วยเด็กอย่างเต็มประสิทธิภาพ
ชาวสถาบันฯ มีความมุ่งมั่นในการให้การรักษาพยาบาลผู้ป่วยเหล่านี้ให้หายจากโรคด้วยมาตรฐานการแพทย์ระดับสากล ภายใต้บรรยากาศที่มีความเป็นมิตรต่อเด็ก รวมทั้งการพัฒนาศักยภาพด้านวิชาการและบุคลากร เพื่อให้พร้อมต่อการเป็นสถาบันแห่งชาติ ในการแก้ไข การให้ข้อเสนอแนะ ชี้นำนโยบายด้านสุขภาพเด็กไทย จึงจัดให้มีการสร้างอาคารศูนย์การแพทย์เฉพาะทางโรคเด็ก ซึ่งต่อมาได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากสมเด็จพระบรมราชินีนาถ พระราชทานนามอาคาร "เฉลิมพระเกียรติ ๘๐ พรรษามหาราชินี (ศูนย์การแพทย์เฉพาะทางโรคเด็ก)"
อาคารดังกล่าวเป็นอาคารสูง 27 ชั้น ได้รับงบประมาณจากโครงการไทยเข้มแข็ง จำนวน 500 ล้านบาท ซึ่งไม่เพียงพอ ทางสถาบันฯ จึงจัดตั้งกองทุนอาคารศูนย์การแพทย์เฉพาะทางโรคเด็ก มูลนิธิโรงพยาบาลเด็ก โดยมีวัตถุประสงค์ดังนี้
1. เพื่อจัดหาครุภัณฑ์การแพทย์ เทคโนโลยีที่เกี่ยวข้องในการให้การรักษาพยาบาลโรคเด็กในอาคารเฉลิมพระเกียรติ ๘๐ พรรษามหาราชินี (ศูนย์การแพทย์เฉพาะทางโรคเด็ก)
2. เพื่อพัฒนาศูนย์การแพทย์เฉพาะทางโรคเด็ก ให้สามารถบริการได้อย่างมีประสิทธิภาพ ภายใต้บรรยากาศที่เป็นมิตร
3. เพื่อช่วยเหลือผู้ป่วยเด็กที่ขาดแคลน และไม่สามารถเข้าถึงบริการตามปกติได้
4. สนับสนุนการวิจัยและการพัฒนาบุคลากรให้พร้อมในการให้บริการผู้ป่วยเด็กระดับตติยภูมิ
ร่วมกันพัฒนาอาคารศูนย์การแพทย์เฉพาะทางโรคเด็ก ของประเทศ
ให้เป็นที่พึ่งพิงผู้ป่วยเด็กที่มีศักยภาพเทียบเคียงกับนานาชาติ
ทั้งในด้านการรักษาพยาบาล การวิจัย การบริการที่เป็นเลิศ
