หลักการสำคัญในการบริหารแบบ (School-Based Management โดยทั่วไป ได้แก่
1) หลักการกระจายอำนาจ (Decentralization) ซึ่งเป็นการกระจายอำนาจการจัดการศึกษาจากกระทรวงและส่วนกลางไปยังสถานศึกษาให้มากที่สุด โดยมีความเชื่อว่าโรงเรียนเป็นหน่วยสำคัญในการเปลี่ยนแปลงและพัฒนาการศึกษาเด็ก
2) หลักการมีส่วนร่วม (Participation or Collaboration or Involvement) เปิดโอกาสให้ผู้เกี่ยวข้องและผู้มีส่วนได้ส่วนเสียได้มีส่วนร่วมในการบริหาร ตัดสินใจ และร่วมจัดการศึกษา ทั้งครู ผู้ปกครองตัวแทนศิษย์เก่า และตัวแทนนักเรียน การที่บุคคลมีส่วนร่วมในการจัดการศึกษา จะเกิดความรู้สึกเป็นเจ้าของและจะรับผิดชอบในการจัดการศึกษามากขึ้น
3) หลักการคืนอำนาจจัดการศึกษาให้ประชาชน (Return Power to People) ในอดีตการจัดการศึกษาจะทำหลากหลายทั้งวัดและองค์กรในท้องถิ่นเป็นผู้ดำเนินการ ต่อมามีการร่วมการจัดการศึกษาไปให้กระทรวงศึกษาธิการ เพื่อให้เกิดเอกภาพและมาตรฐานทางการศึกษา แต่เมื่อประชากรเพิ่มขึ้น ความเจริญต่าง ๆ ก้าวไปอย่างรวดเร็ว การจัดการศึกษาโดยส่วนกลางเริ่มมีข้อจำกัด เกิดความล่าช้าและไม่สนองความต้องการของผู้เรียนและชุมชนอย่างแท้จริง จึงต้องมีการคืนอำนาจให้ท้องถิ่นและประชาชนได้จัดการศึกษาเองอีกครั้ง
4) หลักการบริหารตนเอง (Self-managing) ในระบบการศึกษาทั่วไป มักจะกำหนดให้โรงเรียนเป็นหน่วยปฏิบัติตามนโยบายของส่วนกลาง โรงเรียนไม่มีอำนาจอย่างแท้จริง สำหรับการบริหารโดยใช้โรงเรียนเป็นฐานนั้น ไม่ได้ปฏิเสธเรื่องการทำงานให้บรรลุเป้าหมาย และนโยบายของส่วนรวม แต่มีความเชื่อว่าวิธีการทำงานให้บรรลุเป้าหมายนั้นทำได้หลายวิธี การที่ส่วนกลางทำหน้าที่เพียงกำหนดนโยบายและเป้าหมายแล้วปล่อยให้โรงเรียนมีระบบการบริหารด้วยตนเอง โดยให้โรงเรียนมีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบในการดำเนินงาน ซึ่งอาจดำเนินการได้หลากหลายด้วยวิธีการที่แตกต่างกัน แล้วแต่ความพร้อมและสถานการณ์ของโรงเรียน ผลที่ได้น่าจะมีประสิทธิภาพสูงกว่าเดิม ที่ทุกอย่างกำหนดมาจากส่วนกลาง ไม่ว่าจะโดยทางตรงหรือทางอ้อม
5) หลักการตรวจสอบและถ่วงดุล (Check and Balance) ส่วนกลางมีหน้าที่กำหนดนโยบายและควบคุมมาตรฐาน มีองค์กรอิสระทำหน้าที่ตรวจสอบคุณภาพการบริหารและการจัดการศึกษาเพื่อให้มีคุณภาพและมาตรฐานเป็นไปตามกำหนดและมาตรฐานเป็นไปตามกำหนด และเป็นไปตามนโยบายของชาติ
จากหลักการดังกล่าวทำให้เกิดความเชื่อมั่นว่าการบริหารโดยใช้โรงเรียนเป็นฐาน จะเป็นการบริหารงานที่ทำให้เกิดประสิทธิภาพและประสิทธิผลมากกว่ารูปแบบการจัดการศึกษาที่ผ่านมา