โรคที่พบว่าเกิดกับไรน้ำนางฟ้ามีเพียงชนิดเดียว
คือโรคสีดำ (Black disease) ซึ่งเกิดจากเชื้อแบคทีเรีย
มีลักษณะเป็นแผ่นหรือแถบสีดำเกิดขึ้นบริเวณขาว่ายน้ำ หนวด
และอาจลามไปยังส่วนอื่นๆ ของร่างกาย
โรคนี้มักเกิดกับไรน้ำนางฟ้าตัวเต็มวัยที่เลี้ยงในน้ำที่มีคุณภาพไม่เหมาะสม
เช่น มีค่าแอมโมเนียทั้งหมด เกิน 1.5 มิลลิกรัมต่อลิตร
และค่าไนไตรท์-ไนโตรเจน เกิน 0.3 มิลลิกรัมต่อลิตร
ต่อเนื่องกันเป็นเวลานาน
หรือไรน้ำนางฟ้าที่อ่อนแอก็มักติดโรคนี้ได้ง่าย
เมื่อไรน้ำนางฟ้าเป็นโรคสีดำจะไม่ตายในทันทีแต่จะทยอยตายในภายหลังที่เป็นโรค
2-5 วัน วิธีการรักษายังไม่มีการศึกษาว่าควรรักษาอย่างไร
ฉะนั้นการเลี้ยงควรดูแลให้ไรน้ำนางฟ้ามีสุขภาพที่ดีอยู่เสมอ
เพื่อเป็นการป้องกันไม่ให้เกิดโรคนี้กับไรน้ำนางฟ้าที่เลี้ยง
และควรมีการป้องกันเรื่องคุณภาพน้ำที่ไม่ดีต่อเนื่องกันเป็นเวลาหลายชั่วโมง
โดยการเปลี่ยนถ่ายน้ำให้มากขึ้นในช่วงไรน้ำนางฟ้าอายุมากขึ้นหรือเริ่มมีการวางไข่และควรใช้จุลินทรีย์ที่มีประโยชน์
เช่นในกลุ่มน้ำหมักชีวภาพต่างๆ
ใส่ในบ่อเลี้ยงเพื่อย่อยสลายของเสียในบ่อและควบคุมเชื้อโรคที่จะเกิดกับไรน้ำนางฟ้าด้วย
เมื่อพบไรน้ำนางฟ้าเป็นโรคเกิดขึ้นในบ่อเลี้ยง
หรือเพื่อป้องกันการเกิดโรค
ควรมีการทำความสะอาดเครื่องมือที่ใช้ด้วยฟอร์มาลิน 10 เปอร์เซ็นต์ นาน
10 ชั่วโมง ก่อนล้างและตากให้แห้ง และแช่บ่อเลี้ยงด้วยคลอรีน 10-20
กรัมต่อน้ำ 1 ลูกบาศก์เมตร หรือล้างบ่อและตากบ่อทิ้งไว้หลายๆ วัน
แต่กรณีบ่อซีเมนต์ถ้าทาสีใหม่ทับปีละครั้งจะสามารถป้องกันได้เป็นอย่างดี