มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี (มจธ.) เป็นมหาวิทยาลัยของรัฐในระบบราชการแห่งแรกแห่งเดียวที่เปลี่ยนสภาพมาเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับรัฐบาล (ประกาศในราชกิจจานุเบกษาเมื่อ 6 มีนาคม 2541) บทความนี้ถูกเขียนขึ้นเพื่อบันทึกว่าการกำหนดทิศทางการเปลี่ยน มจธ. เป็นมหาวิทยาลัยในกำกับรัฐบาลเกิดขึ้นเกือบสองทศวรรษ ก่อนการเปลี่ยนแปลง การเปลี่ยนแปลงครั้งนี้เป็นความต้องการของผู้ทำงานในมหาวิทยาลัยที่ประสงค์จะสร้างมหาวิทยาลัยของไทยให้เป็นมหาวิทยาลัยชั้นนำของโลก เป็นการเปลี่ยนแปลงที่มีพลังขับเคลื่อนจากภายในไม่ใช่การบังคับจากภายนอก
สภาพเมื่อสองถึงสามทศวรรษที่แล้ว การควบคุมอัตรากำลังของราชการและคุณภาพของบัญฑิตที่เข้ามาเป็นอาจารย์ที่ตกต่ำ เมื่อต้นทศวรรษ 2520 ฯพณฯพลเอกเปรม ติณสูลานนท์เป็นนายกรัฐมนตรี ประเทศไทยประสบสภาวะวิกฤติเศรษฐกิจทั้ง เนื่องจากวิกฤติการณ์น้ำม้นและเศรษฐกิจโลกตกต่ำ รัฐทั้งหมดซึ่งอยู่ในระบบราชการประสบปัญหาเรื่องงบประมาณและการควบคุมอัตราอาจารย์
สมองไหลสู่ภาคธุรกิจอุตสาหกรรม ในขณะเดียวกันการสูญเสียอาจารย์ที่มีความสามารถสูงออกสู่ภาคธุรกิจ อุตสาหกรรมมีมากขึ้น แม้ว่าความต้องการบัณฑิตทางวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีจะยังไม่เพิ่มไม่มาก แต่การที่มหาวิทยาลัยไม่สามารถชักจูงผู้ที่มีความสามารถเข้ามาเป็นอาจารย์เป็นเรื่องที่น่าห่วงเป็นอย่างยิ่ง มีแต่บัณฑิตที่จบการศึกษาเกรดไม่สูงสมัครเข้าเป็นอาจารย์ นอกจากนั้น ความแตกต่างของเงินเดือนเบื้องต้นของข้าราชการกับผู้ที่อยู่ภาคธุรกิจอุตสาหกรรมต่างกันประมาณ 2-3 เท่า ในขณะที่ระบบเศรษฐกิจของประเทศใช้กลไกตลาด ระบบราชการไม่สามารถใช้กลไกตลาดในการกำหนดเงินเดือนของข้าราชการด้
สภาพการที่มหาวิทยาลัยต้องใช้อัตราอาจารย์ใหม่ที่จำกัดบรรจุคน ความสามารถไม่สูง เข้าเป็นอาจารย์เป็นเรื่องที่น่าห่วงอย่างยิ่ง เมื่อคำนึงถึงอนาคตของมหาวิทยาลัยและสภาพการแข่งขันได้ของประเทศในระยะยาว
อาจารย์ที่ดำรงตำแหน่งบริหารของสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี (สถานภาพในขณะนั้น) ที่ได้มีประสบการณ์ออกไปทำงานโครงการระดับชาติ เช่น อาจารย์ไพบูลย์ ห้งสพฤกษ์ อาจารย์หริส สุตะบุตร อาจรย์ปรีดา วิบูลย์สวัสดิ์ และอาจารย์กฤษณพงศ์ กีรติกร ได้เตือนหน่วยงานรัฐที่กำหนดทิศทางการพัฒนาประเทศ การกำหนดอัตรากำลัง กำหนดงบประมาณ ให้ตระหนักถึงความสำคัญที่มหาวิทยาลัยจะต้องมีคนที่มีความสามารถสูงเข้ามาเป็นอาจารย์และนักวิชาการ พวกเรามีความเชื่อว่ามหาวิทยาลัยจะดีได้ในระยะยาวต้องเริ่มที่การมีอาจารย์ที่ดี เหมือนกับที่กล่าวกันในอุดมศึกษาของอเมริกาว่า " A Great University Begins With a Good Teacher " ทั้งนี้พวกเราต้องการสร้างมหาวิทยาลัยที่ดีเพื่อให้เด็กไทยได้รับการศึกษาที่ดี เพื่อให้มหาวิทยาลัยทำงานวิชการที่ดีได้เหมือนมหาวิทยาลัยต่างประเทศ พวกเราเชื่อว่าคนไทยไม่ได้ด้อยความสามารถกว่าชาวต่างประเทศ เพราะคนไทยที่มีโอกาสได้ทำงานในต่างประเทศก็มีผลงานทัดเทียมได้เท่าหรือดีกว่าชาวต่างประเทศ กติกาของระบบราชการปิดกั้นศักยภาพของคนไทย
กติกาของระบบราชการ นอกจากขีดจำกัดด้านอัตราแล้ว กติกาของระบบราชการก็ทำให้การใช้อัตรา มีความรกรุงรัง กล่าวคือเงื่อนไขของอัตราซึ่งกำหนดโดยสำนักงบประมาณ อาจไม่ตรงกับเงื่อนไขของตำแหน่งซึ่งกำหนดโดยทบวงมหาวิทยาลัย และก็อาจไม่ตรงกับความต้องการของมหาวิทยาลัย
ระบบงบประมาณราชการก็ไม่เอื้อต่อการพัฒนามหาวิทยาลัยซึ่งต้องการ ความคล่องตัวและนวัตกรรมมาก การทำงานระบบราชการออกแบบขึ้นเพื่อการทำงานซ้ำตามแนวปฏิบัติและกฏระเบียบที่วางไว้ และส่งเข้ามายังหน่วยราชการจากภายนอก ระบบราชการออกแบบขึ้นเพื่อป้องกันการทุจริต การวัดผลการทำงานในระบบราชการจะดูความถูกต้องของการปฏิบัติตามระเบียบ ดูความสามารถในการใช้ งบประมาณตามแผน ดูการทำกิจกรรม (Activity-Based) ระบบราชการไม่พูดถึงผลลัพธ์หรือผลผลิต (Output หรือ Outcome-Based ) เราเพิ่งจะพูดถึงเรื่องผลผลัพธ์หรือผลผลิตเมื่อไม่กี่ปีมานี้เอง
ว่ากันตามตรงแล้ว งบประมาณแผ่นดินสำหรับมหาวิทยาลัยของรัฐมี จำนวนพอสมควร พอทำให้มหาวิทยาลัยอยู่ได้ แต่พัฒนาได้ยาก นอกจากนั้นการจัดสรรงบประมาณเป็นปีต่อปีขาดความต่อเนื่อง ทำให้วางแผนระยะยาวไม่ได้ อีกประการหนึ่ง มหาวิทยาลัยอาจจะได้งบประมาณที่ไม่สอดคล้องกับกาละและเทศะ เป็นต้นว่าได้ของที่ไม่ต้องการ หรือได้ของที่ต้องการก็ไม่ตรงกับเวลาที่ต้องการ