คาริโอไทป์ เป็นการนำโครโมโซมของสิ่งมีชีวิตมาจัดเรียงตามความยาวของโครโมโซม ใช้ในการศึกษาความผิดปกติของสิ่งมีชีวิต

วิธีการศึกษาคาริโอไทป์ของพืช
1.  การเพาะรากและการตัดปลายราก
 นำพืชที่ต้องการศึกษามาปลูกในกระถางที่มีดินร่วนผสมทรายอัตราส่วน 2 : 1 เพื่อให้รากงอกใหม่  รดน้ำ 3 วันต่อ 1 ครั้ง  เพราะถ้ารดน้ำมากเกินไปอาจทำให้รากเน่าได้  ทิ้งไว้ประมาณ 2-3 สัปดาห์แล้วจึงทำการเก็บราก  โดยขุดต้นพืชจากกระถาง  ระวังอย่าให้รากขาด  ล้างน้ำให้รากสะอาดหลังจากนั้นใช้ปากคีบตัดรากที่มีลักษณะขาวขุ่นยาวประมาณ 1-2 ซม.  ซึ่งระยะเวลาที่ใช้ในการเก็บรากคือเวลา 9.00 น. – 12.00 น.  และการเก็บรากแต่ละครั้งจะทิ้งระยะห่างเป็นเวลา 2 สัปดาห์
2.  การศึกษาจำนวนโครโมโซมจากปลายรากและคาริโอไทป์
 การศึกษาโครโมโซมในเซลล์ร่างกายของปลายรากโดยเตรียมสไลด์แบบ Feulgen squash  ซึ่งมีขั้นตอนต่าง ๆ ดังนี้ คือ
 2.1  การหยุดวงชีพเซลล์ (pretreatment)
       นำชิ้นส่วนเนื้อเยื่อปลายรากที่มีลักษณะขาวใส  ปลายขุ่นเล็กน้อย  ตัดรากยาวประมาณ 1-2 ซม.  แช่ในสารละลายอิ่มตัว Paradichlorobenzene (PDB) ที่อุณหภูมิตู้เย็นประมาณ 10°C เป็นเวลานาน 4-6 ชั่วโมง สารเคมีดังกล่าวจะช่วยหยุดวงชีพเซลล์และช่วยให้โครโมโซมขดตัวได้ดี สะดวกในการนับจำนวนโครโมโซม
2.2  การหยุดการทำงานของเซลล์ (fixation) 
        นำรากที่เตรียมไว้ในข้อ 2.1 มาเทสารละลายทิ้ง  แล้วใส่น้ำยาฟิกส์ราก  สารเคมีที่ใช้คือ  สารละลายคาร์นอย (Carnoy’s solution) เตรียมจาก 3 absolute ethanol : 1 glacial acetic acid  แช่รากทิ้งไว้ที่อุณหภูมิตู้เย็นคือประมาณ 10°C เป็นเวลา 24 ชั่วโมง  สารละลายคาร์นอยนี้จะทำให้เซลล์หยุดอยู่ในระยะที่ต้องการ สามารถรักษารูปร่างและส่วนประกอบของเซลล์ให้คงรูปเดิมอยู่ได้  และการที่สารละลายดังกล่าวมีคุณสมบัติของกรดทำให้นิวคลีโอโปรตีนไม่ตกตะกอนและไม่ละลายโปรตีนที่อยู่ในไซโทพลาสซึม
2.3  การเก็บรักษาเนื้อเยื่อ (storage)
        นำรากในข้อ 2.2 มาล้างด้วย Ethyl  alcohol  95%  2 ครั้ง  เพื่อล้างเอา glacial acetic acid  ออกให้หมดก่อน  แล้วจึงเก็บเนื้อเยื่อไว้ใน Ethyl  alcohol  70%  ที่อุณหภูมิตู้เย็น  เก็บไว้ได้นานตามต้องการ (ประมาณ 6-12 เดือน) โดยไม่ทำให้เซลล์เหี่ยวหรือเสียน้ำ  เมื่อต้องการศึกษาโครโมโซมจึงนำรากที่เก็บไว้มาทำการทดลองต่อไป
2.4 การไฮโดรไลซิส (hydrolysis)
       นำเนื้อเยื่อที่เก็บไว้ในแอลกอฮอล์มาล้างให้สะอาด  ถ้ามีแอลกอฮอล์เหลืออยู่จะทำให้โครโมโซมไม่ติดสีย้อม  ในการไฮโดรไลซิสใช้  กรดเกลือเข้มข้น 1 นอร์มัล (1 N HCL) ละลายผนังเซลล์ middle lamella  โดยอุ่นให้ร้อนถึง 60°C นาน 4 นาที  ขั้นตอนนี้จะช่วยให้รากอ่อนนุ่ม  ง่ายต่อการเคาะ  ทำให้เซลล์กระจายตัวและโครโมโซมติดสีได้ดี
2.5 การย้อมสีโครโมโซมและการเตรียมสไลด์ (staining-Feulgen squash) 
       หลังจากไฮโดรไลซิสแล้ว  นำรากมาล้างด้วยน้ำกลั่น 2  ครั้ง  ซับด้วยกระดาษทิชชู่แล้วจึงนำมาย้อมสีด้วย Carbol  fuchsin  นานประมาณ 2-4 ชั่วโมง  ตัดปลายรากเฉพาะส่วนที่ติดสีม่วงแดงซึ่งประกอบด้วยเนื้อเยื่อเจริญวางบนสไลด์  หยดสี Carbol  fuchsin 1-2 หยด ปิดด้วยแผ่นแก้วปิดสไลด์   แล้วเคาะปลายรากด้วยปลายดินสอให้เซลล์กระจายดี  หลังจากนั้นใช้หัวแม่มือกดทับบนสไลด์เพื่อให้โครโมโซมอยู่ในระนาบเดียวกัน(Bregman, 1996)  นำสไลด์มาตรวจดูด้วยกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงใช้เลนส์ใกล้วัตถุกำลังขยาย 40 เท่า  เลือกเซลล์ในระยะเมทาเฟสที่มีโครโมโซมกระจายตัวไม่ซ้อนกัน  นับจำนวนโครโมโซมด้วยกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงใช้เลนส์ใกล้วัตถุกำลังขยาย 100 เท่า  อย่างน้อย 10 เซลล์  นำเซลล์ดังกล่าวไปถ่ายภาพจากกล้องจุลทรรศน์ใช้กำลังขยายของเลนส์ใกล้วัตถุ 100 เท่า