สาเหตุแท้จริงของการเกิดแผลร้อนในยังไม่มีใครทราบ เป็นแผลที่ไม่ได้เกิดจากการติดเชื้อโรคต่างๆเชื่อกันว่าปัจจัยที่ช่วยเสริมให้เกิดแผลร้อนในมาจากหลายสาเหตุเช่น เยื่อเมื่อกในช่องปากถูกกระแทก การตอบสนองต่อระบบภูมิคุ้มกันเฉพาะที่ การเปลี่ยนแปลงของฮอร์โมน การแพ้อาหารบางชนิดหรือส่วนประกอบในยาสีฟันบางชนิด การขาดวิตามิน บี 12 ขาดกรดโฟลิค การขาดแร่เหล็ก หรือในภาวะที่มีความเครียดก็มีผลให้เกิดรอยแผลได้ การเกิดรอยแผลร้อนในเมื่อหายแล้วมักจะกลับมาเป็นใหม่อีกบ่อยๆ จึงเป็นๆ หายๆ แผลที่กลับมาเป็นใหม่มักมีขนาดที่โตกว่าแผลเดิมจึงมีอาการเจ็บปวดมากขึ้น
