แนวคิดโดยความเข้าใจ โดยการอธิบาย และแนวคิดเชิงทฤษฎีเป็นโครงสร้างพื้นฐานที่เชื่อมต่อเข้าด้วยกันเป็นระบบของแนวคิด ที่เป็นตัวแทนความรู้ของเราเกี่ยวกับโลกและจักรวาล ...หรือเป็นเนื้อหาของการคิดของคนนั่นเอง โดยทั่วไปจะมีระบบแนวคิดอยู่สองอย่างคือ ระบบแนวคิดเชิงอธิบายและระบบแนวคิดเชิงทฤษฏี โดยที่ระบบแนวคิดเชิงอธิบายประกอบด้วยแนวคิดโดยความเข้าใจและแนวคิดเชิงอธิบาย ส่วนแนวคิดเชิงทฤษฏีประกอบด้วยแนวคิดโดยความเข้าใจ โดยการอธิบาย และโดยทฤษฏีรวมกัน
ในทฤษฎีอะตอมและโมเลกุล โดยที่อะตอมและโมเลกุลเป็นสิ่งที่จินตนาการขึ้นมาว่ามีอยู่จริง และมีคุณสมบัติที่แน่ชัด มีพฤติกรรมที่ไม่มีใครสังเกตได้ อย่างไรก็ตามโดยการกำหนดคุณสมบัติที่แน่นอนให้อะตอม ซึ่งรวมทั้งการรวมเข้าด้วยกันของอะตอมกันและกันเพื่อให้เกิดโมเลกุลที่สามารถสังเกตุได้ อันได้แก่การเปลี่ยนแปลงทางเคมีที่สามารถอธิบายได้
