เอกสารที่เขียนไว้เพื่อการอบรมเชิงปฏิบัติการ Realtime PCR and its applicationsในหัวข้อต่อไปเป็นการมารู้จักกับ PCR แบบ Real-time กันดูว่า จะทำความเข้าใจได้ง่ายๆยังไงกันดี
แปลตรงตัวได้ความหมายที่สุดคือ PCR ในขณะที่กำลังเกิดขึ้นจริงๆ ทำให้สามารถติดตาม PCR ในช่วง exponential phase ได้อย่างแม่นยำ ซึ่งนำไปสู่การวัดปริมาณได้ โดยมีสมการของ PCR ดังนี้
Xn = X0(1 + E)n
โดย Xn คือ ปริมาณ PCR product ที่ cycle ที่ n
X0 คือ ปริมาณเริ่มต้นของ template
E คือ Amplification efficiency
n คือ cycle number
สมการเหล่านี้ เราไม่ต้องจดจำเลย เพราะเครื่อง Real-time PCR ทุกชนิดมี software ที่รองรับการคำนวณปริมาณให้เราอยู่แล้ว เพียงแต่เราต้องเข้าใจธรรมชาติของปฏิกิริยา และวิธีการในการติดตามเก็บค่าต่างๆระหว่างที่ปฏิกิริยาดำเนินอยู่ รวมทั้งการแก้ไขปรับปรุงสภาวะเพื่อให้ปฏิกิริยามีประสิทธิภาพสูงสุดเท่าที่จะทำได้ จึงจะทำให้ผลที่ได้ถูกต้องแม่นยำ
ไม่ยากเลยใช่ไหมคะ ถ้าหากเราไม่คิดให้มันยุ่งยาก กระบี่อยู่ที่ใจ (เข้ากันไหมเนี่ย) ตอนหน้าจะเป็นการเปรียบเทียบให้เห็นว่า PCR ธรรมดากับแบบ real-time นี่ ต่างกันตรงไหนบ้างค่ะ
หัวข้อนี้ต่อมาจาก
- (1) PCR คืออะไร
- (2) ขั้นตอนพื้นฐานของ PCR
- (3) ธรรมชาติของปฏิกิริยา PCR
ดาวน์โหลดเอกสารทั้งฉบับได้ตรงนี้เลยค่ะ Basic RealTime PCR
สวัสดีค่ะคุณโอ๋
แวะมาอ่านเรื่อง real time PCR ค่ะ วิธีนี้ใช้ validate ผลการทดลองจาก microarray ด้วยนะคะ ตอนแรกณิชก็คิดว่าจะทำ แต่ตอนนี้เปลี่ยนใจมาเช็คผลจาก PCR ธรรมดาที่หลาย ๆ cycle แทนค่ะ .. แต่อาจต้องทำ real time ยืนยันผลอีกครั้งตอนจบ อิอิ
ขอบคุณสำหรับเนื้อหา real time PCR นะคะ :D
ณิช
สวัสดีค่ะคุณโอ๋
กำลังจะทำ real time อยู่พอดีเลยค่ะ คุณโอ๋พอจะมีโปรโตคอล มั้ยคะ.. ตอนนี้มีโปรโตคอลให้เลือกใช้เต็มไปหมดเลย จนเริ่มงงว่าจะใช้แบบไหนดี กำลังจะใช้ไซเบอร์กรีนค่ะ..
ดีใจที่ได้เห็นบล็อกแลกเปลี่ยนความรู้ด้านโมเลกุล่าของคนไทยค่ะ
ดีใจที่มีคนได้ประโยชน์ค่ะ คุณณิช พี่อยู่ที่โน่นเป็น consultant ให้นักศึกษาเยอะแยะ อยากมีโอกาสทำให้คนไทยบ้างอยู่แล้วค่ะ
คุณนุ่นคะ พี่มี worksheet ที่ทำไว้ใช้เป็น basic protocol แบบนี้ค่ะ
Master mix: (Magnesium concentration = 1.5 mM) <div align="center"><table border="1" cellspacing="0" cellpadding="0" class="MsoNormalTable" style="border-collapse: collapse; border: medium none"><tbody>
</tbody></table></div><p style="margin: 0in 0in 0pt" class="MsoCaption">Add 15microlitre into each tube + 5microlitre of template</p><p style="margin: 0in 0in 0pt" class="MsoCaption"></p><p style="margin: 0in 0in 0pt" class="MsoCaption">ถ้าใช้ความเข้มข้นของ Magnesium ต่างออกไปก็ไปปรับตรงน้ำกลั่น แล้วช่องข้างๆก็เอาไว้คำนวณเวลาทำ mastermix สำหรับ set ใหญ่ๆทีเดียวเลย (ปกติพี่จะ run 72 tubes อะไรแบบนั้นน่ะค่ะ)</p><p style="margin: 0in 0in 0pt" class="MsoCaption"></p><p style="margin: 0in 0in 0pt" class="MsoCaption">สำหรับรายละเอียดของ reagent ต่างๆก็คือ</p><p style="margin: 0in 0in 0pt; tab-stops: 113.4pt" class="MsoNormal">DNA Polymerase: 1U/20ml reaction (amplitaq or Platinum Taq)</p>
dNTPs: diluted 1/2.5 of 40 mM(provided in 50ml in each aliquot)
Add 1ml /20ml reaction
10x Reaction Buffer:2ml/20ml reaction (provided 1 ml in each aliquot)
(12.5 ml of 1M KCl + 2.5 ml of 1M Tris-HCl pH 8.3 + 0.125 ml of 20mg/ml Gelatin + sterile water make up to 25 ml)
BSA: Add 1ml of a 25mg/ml solution/20ml reaction
SYBR Green: 2ml of 5x solution/20ml reaction
(provided in 10ml of 100x in each aliquot, made up 5x by adding 190ml of 1xTBE)
25mM MgCl2: As required
Template: 2ml /20ml reaction
Primers: 10 pmol/ml
2ml of each primer/20ml reaction
</font></span>
ขอบคุณมากเลยค่ะ.. ถ้าทำได้ผลยังไงจะกลับมาตอบอีกทีนะคะ ตอนนี้กำลังวุ่นอยู่กับการอะนาไลส์ผลไมโครอะเรย์ค่ะ อยากกระโดดตึกวันละหลายรอบค่ะ
น้องนุ่นคะ เป็นกำลังใจให้นะคะ อะไรที่ยากๆนี่พอผ่านไปได้แล้วจะยิ่งทำให้เราภูมิใจกับผลยิ่งกว่าเรื่องง่ายๆนะคะ ยังไม่เคยได้ยินใครบอกว่า analyse microarray สนุกเลยค่ะ ไม่ต้องกลัว (แสดงว่าเราปกติดี) สมัยนี้น่าจะมี software ดีๆมาช่วยมากขึ้นแล้วนะคะ มองหาให้ดีๆ
พี่โอ๋เคยเจอมาแล้ว สมัยที่ analyse ผล real-time PCR ตอนที่เทคโนโลยีนี้เพิ่งเกิดใหม่ๆ เราทำกันตาหูลาย (จนอยากกระโดดตึกเหมือนกัน) กว่าจะได้ผลออกมาอย่างที่เราพอใจ พอปีถัดมาก็มีคนพัฒนาโปรแกรมออกมา ใส่ข้อมูลเข้าไปกดไม่กี่ทีได้ผลออกมาแบบที่เรานั่งทำแทบตายนั่นแหละ ยินดีช่วยในส่วนที่พอจะทำได้นะคะ
ทำไปแล้วหกยีนส์ค่ะ แต่หลาย template หน่อย ปฏิบัติไม่ยากนะคะ แต่ว่ายังไม่เข้าใจลึก “ถึงกึ๋น” เท่าไหร่ค่ะ ยังงง ๆ อยู่ ถ้ามีเวลานั่งอ่านได้ละเอียดขึ้นคงดีค่ะ
ช่วยบอกหลักการทำงานของเครื่องCOBAS AmpliPreb COBAS/Taqman system ได้ไหมค่ะ ทำสัมนาเรื่องนี้อยู่ ขอบคุณคะ
ขอบคุณพี่มากๆครับ สำหรับความรู้ดีๆที่มีให้ครับ หากมีการอบรมเมื่อไรเรื่องเรียลไทม์พีซีอาร์รบกวนช่วยส่งข่าวผ่านเมลให้ด้วยนะครับ
ขอบคุณครับ
เพิ่งได้กลับมาอ่านความเห็นในบันทึกนี้อีกที ป่านนี้คุณนุ่นคงจะเป็นผู้เชี่ยวชาญไปแล้ว เริ่มด้วยตั้ง 6 genes นี่ วิเคราะห์กันจนเก่งแน่ค่ะ
ส่วนคุณมีนา ก็คงสัมมนาเสร็จไปแล้วเรียบร้อย สิ่งที่ถามมานั้น ถามพี่ Google มีข้อมูลเพียบเลยค่ะ เพราะเจ้าของระบบเขาโฆษณาจะแย่ หาข้อมูลได้ง่ายๆมากเลยค่ะ แต่ต้องใส่ชื่อให้ถูกเท่านั้นเอง ต้องเป็น COBAS Ampliprep COBAS/Taqman system น่ะค่ะ ไม่ใช่ Amplipreb
ที่ภาควิชาเราจัดอบรมกันไปนานมากแล้วค่ะ และคงไม่ได้จัดใหม่ แต่เอกสารประกอบที่พี่โอ๋จัดทำไว้ คุณ noppadol จะโหลดเอาไปอ่านดูก็น่าจะเข้าใจได้ไม่ยากค่ะ พี่โอ๋พยายามเขียนให้อ่านแล้วเข้าใจได้ง่ายๆ ที่บันทึกนี้นะคะ มีอะไรสงสัยต้องการให้อธิบายเพิ่มเติมก็ถามผ่านมาทางบล็อกได้เลยค่ะ ยินดีแลกเปลี่ยนแบ่งปันสิ่งที่เรียนรู้มาอย่างเต็มที่เลยค่ะ
สวัสดีค่ะน้องโอ๋
พี่มีเรื่องอยากจะปรึกษาน้องหน่อยค่ะ คือว่าพี่เพิ่งจะเริ่มทำ RT-PCR พี่อยากจะขอคำแนะนำจากน้องหน่อยนะคะ คือว่าพี่ใช้ kit ของ invitrogen พี่อยากจะดู copy number ของ DNA ของเชื้อไวรัสในกุ้ง ส่วนตัวเครื่องเป็นของ Bio-rad พี่จะต้องเริ่มทำยังไงก่อนดีค่ะ อยากจะให้น้องช่วยแนะนำหน่อย เพราะว่าไม่ค่อยเข้าใจในการทำ real-time สักเท่าไหร่ อีกอย่างหนึ่งนะคะ คำว่า qRT-PCR กะ RT-PCR เหมือนกันหรือเปล่าค่ะ ขอความกรุณาช่วยบอกพี่ด้วยนะคะ ขอบคุณมากคะ
พี่ติ๊ก
ตอบพี่ติ๊กเรื่อง qRT-PCR กับ RT-PCR ก่อนนะคะ ตัว q นี่เขาเพิ่มมาเพื่อจะหมายถึง quantitative คือการวัดปริมาณน่ะค่ะ ก็จะจำเพาะกว่าแค่ RT-PCR ซึ่งหมายรวมถึง Real-time PCR ที่รวมทั้งแบบ identification เฉยๆ กับทั้งการวัดปริมาณด้วย
จริงๆเทอมต่างๆที่ใช้ในเทคโนโลยีนี้นั้น ก็ต่างคนต่างคิดกันขึ้นมา ถ้าเรารู้หลักการเราก็จะพอเดาได้ค่ะ คงจะยังมีอีกหลายคำตามๆกันมา โดยเฉพาะเมื่อมีการ design probes และ primers สำหรับหลายๆวิธีการ สนุกๆทั้งนั้นค่ะ คนเขาช่างคิดกันจริงๆ
สำหรับ เชื่อไวรัสที่พี่ต้องการวัดปริมาณในกุ้งนั้น ถ้าเขามี kit ขายก็ต้องมีใบแนบ ขอแนะนำให้พี่เริ่มจากดู reference ที่อยู่ในใบแนบ kit นั้นแหละค่ะ เขาก็จะรายงานขั้นตอนต่างๆเอาไว้ อ่านตรงไหนไม่เข้าใจ หรือยังคงเริ่มไม่ถูก ถามมาใหม่ได้เลยค่ะ ขอชื่อเรื่องและคนเขียนมาด้วยนะคะ จะได้ช่วยกันแนะนำได้ถูกค่ะ
ขอบคุณมากนะคะ ตอนนี้พี่กำลังต้องพูดสัมมนาเกี่ยวกับพวก TaqMan อยู่ค่ะ มึนตึ๊บ ๆ เลยค่ะ แต่จะค่อย ๆ พยายามทำความเข้าใจให้มากที่สุดค่ะ
ขอบคุณมากนะคะ
เฮ้อ.. เสร็จไปแล้วค่ะ กลับมาอยู่เมืองไทยแล้วด้วยค่ะ ตอนนี้ลืมหมดแล้วค่ะ ฮ่าฮ่า.. แต่มีโปรเจคใหม่.. กำลังจะพยายามทำบล็อกเผยแพร่ความรู้แบบคุณโอ๋นะคะ อะไรที่เคยรู้แล้วไม่ได้ใช้นาน ๆ นี่ก็ลืมไปได้อย่างรวดเร็วเลย หวังว่าซักวันนึงจะมีบล็อกเอาไว้แลกเปลี่ยนความรู้กับคนอื่นบ้างค่ะ เพื่อกระตุ้นเซลล์สมองของตัวเองด้วยแหล่ะค่ะ
ดีใจด้วยมากๆเลยนะคะ คุณนุ่น ที่กลับมาบ้านเราแล้ว สำเร็จเรียบร้อยดีใช่ไหมคะ และดีใจมากๆที่คุณนุ่นจะเขียนบล็อก ประสบการณ์นี่แหละค่ะของมีค่าน่าแลกเปลี่ยน เขียนแล้วจะรู้ค่ะว่า ประโยชน์ที่เรานึกไม่ถึงนั้นมีเยอะทีเดียว ทั้งต่อตัวเราเองและผู้อื่นด้วยค่ะ สมัครสมาชิกที่ GotoKnow นี่เลยก็ได้นะคะ อย่าลืมมาแวะบอกกันอีกนะคะ ขอบคุณมากค่ะ มีอะไรอยากให้ช่วยก็ติดต่อพี่โอ๋ได้ที่ อีเมลติดต่อ จะได้เขียนคุยได้ยาวๆค่ะ
ชีวิตนุ่นเปลี่ยนไปแล้วค่ะ สงสัยจะไม่ได้ทำการทดลองแล้วมั้งคะ ตอนนี้ทำอยู่บริษัทซะแล้ว ยิ่งนานเข้าก็ยิ่งลืม.. พยายามตามอ่าน อัพเดตเรื่องราวของคุณโอ๋แล้วทำความเข้าใจตามไปเรื่อยๆ ดีกว่า เผื่อมีโอกาสได้กลับไปทำแลบอีกครั้งจะได้ไม่ต้องรื้อฟื้นกันมาก.. ขอบคุณนะคะ
ยังไงก็ดีใจอยู่ดีค่ะที่คุณนุ่นยังคงติดตามมาบอกกัน ไม่ได้ทำแล็บแล้วก็ยังเขียนเล่าเรื่องราวประสบการณ์ในชีวิตได้นะคะ พี่โอ๋เองก็ไม่ได้ทำแล็บพวกนี้เลย ได้แต่ช่วยแนะนำบ้างเท่านั้น วิทยาการด้านนี้วิ่งเร็วมากค่ะ แต่ยังไงๆพื้นฐานที่เราเคยทำๆมาก็ยังมีค่าเสมอแหละค่ะ
คุณนุ่นเขียนเล่าเรื่องอะไรเมื่อไหร่ อย่าลืมแวะมาบอกกันนะคะ
คืออาจารย์ให้หนูทำรายงานเรื่อง real time อาจารย์ให้หาการนับจำนวนรอบของ real time ในแต่ละ copy ว่าทำไมจึงได้จำนวน copy ออกมาเท่านั้น ให้อธิบายขั้นตอนให้หนูดูหน่อยนะค่ะ ขอบพระคุณล่วงหน้าเป็นอย่างสูง ( ด่วนมากนะค่ะ จะส่งแล้ว ยังหาไม่ได้เลยค่ะ )
สวัสดีค่ะ พี่โอ๋ ขอเรียนสอบถามหน่อยนะค่ะ
คือว่าหนูต้องทำสัมมนาเรื่อง Immune-related gene expression นะึค่ะ แล้วเห็นในเปเปอร์ว่า ผลของการทำ rial-time PCR ให้หน่วยออกมาเป็น Flod change นะค่ะ หนูไม่ค่อยเข้าใจว่าผลทางบวก กับ ลบ เราจะแปลลความหมายออกมาว่าอย่างไรถึงจะถูกค่ะ
ขอบคุณค่ะ
คำถามของคุณ นวลจันทร์ [IP: 203.107.154.223] นี่เป็นพื้นฐานมากๆของ PCR ธรรมดานี่แหละค่ะ ลองกลับไปหาอ่านดูนะคะ อยากให้ทำความเข้าใจให้ได้ อย่าทำเพื่อส่งอาจารย์อย่างเดียว เรื่องพื้นฐานนี่เมื่อเข้าใจแล้ว เรียนอะไรต่อไปก็จะไม่ยากค่ะ
คำถามด่วนมากนี่ ขออนุญาตฝากไว้ตรงนี้ว่า ตอบด่วนไม่เป็นนะคะ
คำถามของคุณ Aom [IP: 140.120.98.176] อธิบายสั้นๆยากหน่อยนะคะ เอาเป็นว่า การเปลี่ยนแปลงที่เป็น fold change (ไม่ใช่ flod นะคะ) นั้น คือการเปรียบเทียบกันน่ะค่ะ ว่ามีการเปลี่ยนแปลงไปกี่เท่า (คือ fold change นี่แหละค่ะ) ทั้งทางมากกว่า น้อยกว่า ก็คือ บวกหรือลบ นั่นเอง จะแปลผลยังไงก็คงต้องเอาตัวอย่างมาดูถึงจะอธิบายให้เข้าใจได้ง่ายขึ้นน่ะค่ะ