การแปลงไฟล์ DICOM เป็น Nifti Format (1)

FST
ติดตาม ผู้ติดตาม 
ติดต่อ

ในงานวิจัยหลายชิ้น มีการใช้งานชุดเครื่องมือเพื่อวิเคราะห์ภาพ MR ของสมอง เช่น FSL (Oxford), FreeSurfer (Harvard), หรือ SPM (University College London)

ตัวอย่างงานวิจัย
Siriraj Thai Language Paradigm for Functional MRI: A Pilot Study in Normal Volunteers

Snap 2017-04-12 at 14.28.42

เครื่องมือหนึ่งที่จำเป็นในการแปลงไฟล์ DICOM ไปสู่ไฟล์ที่โปรแกรมวิเคราะห์ข้อมูลอื่นๆ รองรับ มีความสำคัญอย่างยิ่งในการเริ่มต้นกระบวนการ pre-processing เพื่อเตรียมภาพเข้าสู่กระบวนการวิเคราะห์ต่อไป

วันนี้จะมาแนะนำชุดเครื่องมือชื่อ MRIcron ซึ่งได้รวบรวมอุปกรณ์สำหรับแปลงไฟล์ไว้ให้ใช้งานได้หลากหลาย โดยสามารถดาวน์โหลดได้จาก http://www.nitrc.org/frs/?group_id=152 ซึ่งมีหลากหลายรุ่นให้เลือกใช้ ณ เวลาที่เขียนรุ่นล่าสุดคือ 2MAY2016 มีให้เลือกทั้ง Linux MacOS และ Windows โดยทั้งหมดเป็นแบบ 64 บิต หรือแบบ 32 บิตในรุ่น 2011-11-26 ครับ

ในชุด MRIcron มีเครื่องมือที่น่าสนใจคือ dcm2nii ซึ่งสามารถแปลงไฟล์ให้เป็นรูปแบบของ Nifti และ Analyse ที่ใช้ในเโปรแกรมสำหรับงานวิจัยมากมาย

หากได้ดาวน์โหลดโปรแกรมมาแล้วแตกไฟล์ออกมาเรียบร้อยจะพบเครื่องมือต่างๆ ให้มองหาโปรแกรมชื่อ dcm2nii โดยที่จะมี 2 ตัวให้เลือกคือ

  • dcm2nii.exe ตัวนี้จะเป็นโปรแกรมแบบใช้งานผ่าน command line หรือกล่องดำ
  • dcm2niigui.exe นี่จะเป็นตวเอกของเราเพราะจะเรียกใช้ผ่าน GUI (Graphic User Interface) เป็นโปรแกรมที่ใช้งานง่ายครับ

Snap 2017-04-12 at 14.39.42

ให้ เปิดโปรแกรม dcm2niigui.exe จะได้หน้าต่างตามภาพ
Snap 2017-04-12 at 14.45.26

จะสังเกตุได้ว่ามีตัวเลือกให้เราเลือกแปลงไฟล์จาก DICOM ไปเป็นรูปแบบต่างๆ มากมายครับ ดังนั้นเวลาแปลง เลือกให้ถูกกับรูปแบบที่เราต้องการนะครับ

การใช้งานคือ ลาก (Drag-Drop) ไดเรกทอรี่ ที่มีไฟล์ภาพ DICOM อยู่ทั้งอัน มาใส่ (Drop) ในหน้าต่างโปรแกรมได้เลย หรือเลือกเมนู File --> DICOM to NIFTI จะปรากฎ หน้าต่างให้เลือก ไดเรกทอรี่ ที่บรรจุไฟล์ DICOM ที่ต้องการแปลงไว้

Snap 2017-04-12 at 14.51.52

เมื่อแปลงเรียบร้อย โปรแกรมจะบันทึกไฟล์ที่แปลงแล้ว ไว้ภายในไดเรกทอรี่เดียวกันกับที่เลือกไว้ ปนอยู่กับไฟล์ DICOM ของเราครับ

ตัวอย่างหน้าจอตอนที่โปรแกรมแปลงไฟล์เรียบร้อย (บังข้อความบางส่วนไว้นะครับ Patient Privacy ครับ)
Snap 2017-04-12 at 14.55.11

หน้าตาไฟล์แบบ NII ในที่นี้เลือกแบบ Compressed จึงมีนามสกุล .gz คือ บีบอัดไว้ ซึ่งส่วนใหญ่โปรแกรมก็จะรู้จักครับ นำไฟล์ไปใช้ได้เลย ขนาดเล็กกว่าปกติเพราะมีการลดขนาดเหมือนเรา zip ไฟล์ทั่วไปครับ

Snap 2017-04-12 at 14.58.10

หวังว่าคงไม่ยากจนเกินไปนะครับ และคงมีประโยชน์บ้างกับพวกเราชาวรังสีเทคนิคนะครับ

บันทึกนี้เขียนที่ GotoKnow โดย  ใน HICT



ความเห็น (1)

ข้าวผัด
IP: xxx.158.167.160
เขียนเมื่อ 

ขอบคุณมากๆค่