อันเนื่องมาจาก InterlabComparison1: ปัญหาของการตรวจวิเคราะห์ mtDNA ตัวอย่าง PT1-2013


     จริงๆแล้ว ผมสังเกตุเห็นความผิดปกติเรื่องนี้ มาตั้งแต่การเปรียบเทียบระหว่างห้องปฏิบัติการสำหรับการทดสอบไมโตคอนเดรียทางนิติเวช เมื่อ 2 ปีก่อน ตอนนั้นเป็นปัญหาการอ่านผลที่ตำแหน่ง 523D กับ 524D ที่มีอีกห้องปฏิบัติการอ่านผลเป็น 522D กับ 523D ซึ่งว่าไปแล้ว ผลการตรวจวิเคราะห์ลำดับเบสบนสายไมโตคอนเดรียทั้งสองแบบ ได้ผลการทดสอบเหมือนกัน แต่เป็นปัญหาเนื่องจากวิธีการบันทึกความแตกต่างจาก rCRS แตกต่างกัน ก็เลยทำให้ได้ผลแตกต่างกัน  ตอนนั้นก็ได้แต่ตั้งเป็นข้อสังเกตุไว้ แต่ก็ทำอะไรไม่ได้  จนกระทั่งปีนี้ หน่วยนิติเวชศาสตร์และพิษวิทยา ภาควิชาพยาธิวิทยา คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้มีโอกาสเป็นเจ้าภาพในการทำการเปรียบเทียบระหว่างห้องปฏิบัติการตรวจพิสูจน์ดีเอ็นเอทางนิติเวช ก็เลยได้กลับมาเจอปัญหาเดียวกันนี้อีก และคราวนี้ปัญหานี้สะท้อนภาพที่ชัดเจนยิ่งขึ้น เพราะพบปัญหานี้ในช่วงที่เป็น HV2 ซึ่งเป็นบริเวณปกติทั่วไปที่ต้องทำการทดสอบอยู่แล้ว แตกต่างจากตำแหน่ง 523-524 ที่อยู่ในบริเวณ HV3 ซึ่งไม่ใช่บริเวณบังคับที่จะทำหรือไม่ทำก็ได้

     เรามาดูปัญหากันครับ  ภาพข้างล่างนี้เป็นผลการเปรียบเทียบของตัวอย่าง PT1-2013 ครับ

     จากการเปรียบเทียบระหว่างห้องปฏิบัติการจำนวน 6 แห่ง ทำการทดสอบตัวอย่าง PT1-2013 ได้ผลดังภาพ ซึ่งผลดังกล่าวนี้ มีปัญหาเกิดขึ้น 3 ประการด้วยกัน คือ

     1. ปัญหาความผิดพลาดของตรวจวิเคราะห์ ทำให้ได้ผล insertion ที่ตำแหน่ง 102 ของห้องปฏิบัติการ L11 (บันทึกเป็น 102.1A) ทำให้ไม่สอดคล้องกับผลการตรวจของห้องปฏิบัติการอื่นๆ ปัญหานี้จะลดลงถ้ามีการทำการทดสอบทั้ง forward primer และ reverse primer ซึ่งการใช้ primer ทั้งสองเส้นอ่านผ่านตำแหน่งเดียวกัน จะช่วยยืนยันผลการทดสอบซึ่งกันและกันได้ หรือ อาจต้องวิเคราะห์ตัวอย่างซ้ำในกรณีที่ผลการตรวจวิเคราะห์ลำดับเบสได้ค่า Q20 ค่อนข้างน้อย ซึ่งหมายถึงคุณภาพของสายดีเอ็นเอที่วิเคราะห์ลำดับเบสค่อนข้างต่ำ ทำให้ผลการทดสอบไม่น่าเชื่อถือ  

     2. ปัญหาการอ่านผลไม่ผ่าน C-stretch เนื่องจากช่วงบริเวณตำแหน่งที่ 303-315 เป็นตำแหน่งที่มี homopoly C ติดกันค่อนข้างมาก โดยมีเบส T ที่ตำแหน่ง 310 คั่นตรงกลางไว้ ซึ่งถือว่าเป็นตำแหน่งที่วิเคราะห์ลำดับเบสได้ค่อนข้างยาก และจะยากขึ้นไปอีกหากเบสที่ 310 มีการกลายพันธุ์เป็น C ทำให้เกิด homopoly C ติดต่อกันมากกว่า 10 เบส  ปัญหานี้พบในห้องปฏิบัติการ 2 แห่ง

     3. ปัญหาการบันทึกตำแหน่งที่แตกต่างจาก rCRS แตกต่างกัน ในขณะที่วิเคราะห์ลำดับเบสได้เหมือนกัน พบปัญหานี้ในห้องปฏิบัติการ 4 แห่ง ที่วิเคราะห์ตัวอย่าง PT1-2013 ได้ผลเหมือนกัน ดังภาพข้างล่าง

 

     ขณะที่ห้องปฏิบัติการ L01 ทำ alignment เทียบกับ rCRS ได้ผลดังภาพข้างล่างนี้ จึงบันทึกความแตกต่างจาก rCRS เป็น 310C, 312D, 313D, 314D, 315D

     ห้องปฏิบัติการ L09 กับ L13 ทำ alignment เทียบกับ rCRS แล้วได้ผลดังภาพข้างล่างนี้ครับ จึงบันทึกความแตกต่างกับ rCRS เป็น 310D, 311D, 312D, 313D

     และห้องปฏิบัติการ L10 ทำ alignment เทียบกับ rCRS แล้วได้ผลดังภาพข้างล่าง จึงบันทึกผลเป็น 307D, 308D, 309D, 310D

     จะเห็นได้ว่า แม้ว่าจะวิเคราะห์ลำดับเบสได้เหมือนกัน แต่วิธีการบันทึกตำแหน่งที่แตกต่างจาก rCRS ได้ผลแตกต่างกัน ทั้งนี้เนื่องจากผลของการทำ alignment แตกต่างกัน  ถ้าถามว่าการบันทึกตำแหน่งที่แตกต่างจาก rCRS วิธีใดในสามวิธีนี้ถูกต้อง คงต้องตอบว่า การบันทึกแบบที่สองครับ ที่เป็นการบันทึกที่ถูกต้อง

     นี่เป็นเพียงตัวอย่างที่หนึ่งนะครับ ตัวอย่างอื่นๆ ก็มีปัญหานี้เกิดขึ้นเช่นเดียวกัน ซึ่งนั่นหมายความว่า นอกจากเราจะมีปัญหาเรื่องการตรวจวิเคราะห์ลำดับเบสบนสายไมโตคอนเดรียในบางห้องปฏิบัติการแล้ว เรายังมีปัญหาเรื่องการบันทึกตำแหน่งที่แตกต่างจาก rCRS ด้วย ดังนั้นเรื่องการตรวจวิเคราะห์ไมโตคอนเดรียทางนิติเวชศาสตร์ เครือข่ายนิติพันธุศาสตร์แห่งประเทศไทย ควรเป็นเจ้าภาพ ในการจัดให้มีการอบรมเชิงปฏิบัติการ แล้วมาว่ากันด้วยเรื่องของวิธีการบันทึกตำแหน่งที่แตกต่างจาก rCRS ให้ทุกห้องปฏิบัติการเข้าใจตรงกัน จะได้บันทึกผลได้เหมือนกันครับ

 

หมายเลขบันทึก: 553954เขียนเมื่อ 19 พฤศจิกายน 2013 10:50 น. ()แก้ไขเมื่อ 19 พฤศจิกายน 2013 10:51 น. ()สัญญาอนุญาต: ครีเอทีฟคอมมอนส์แบบ แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-ไม่ดัดแปลงจำนวนที่อ่านจำนวนที่อ่าน:


ความเห็น (0)

ไม่มีความเห็น

พบปัญหาการใช้งานกรุณาแจ้ง LINE ID @gotoknow
ClassStart
ระบบจัดการการเรียนการสอนผ่านอินเทอร์เน็ต
ทั้งเว็บทั้งแอปใช้งานฟรี
ClassStart Books
โครงการหนังสือจากคลาสสตาร์ท