เกษตรอินทรีย์ในประเทศไทยอยู่ในระยะเริ่มต้น ระบบการผลิตจะเน้นการใช้ภูมิปัญญาท้องถิ่นและเทคโนโลยีแบบง่ายและไม่มีความซับซ้อน และผลผลิตส่วนใหญ่เป็นผลผลิตเบื้องต้น เช่น ข้าว ผัก และผลไม้ เริ่มมีสินค้าแปรรูปเบื้องต้นเพิ่มขึ้นบ้าง ส่วนสินค้าแปรรูปที่เป็นผลิตภัณฑ์สำเร็จยังมีอยู่น้อยมาก เนื่องจากวัตถุดิบเกษตรอินทรีย์ยังมีปริมาณไม่เพียงพอและขาดความต่อเนื่อง


การพัฒนาเกษตรอินทรีย์ในประเทศไทยมีปัจจัยสนับสนุนจาก 


1) ความตระหนักของประชาชนถึงอันตรายของสารพิษตกค้างในอาหาร เนื่องจากได้รับข้อมูลเกี่ยวกับสาเหตุของโรคมะเร็งที่มีผลมาจากการบริโภคสารพิษตกค้าง โดยเฉพาะสารกำจัดศัตรูพืชและสัตว์ ทำให้ประชาชนบางส่วนหันมาบริโภคพืชผักปลอดสารพิษมากขึ้น 


2) ราคาปัจจัยการผลิตการเกษตรเพิ่มสูงขึ้นมากในช่วง 6-7 ปีที่ผ่านมา เนื่องจากการเพิ่มขึ้นของราคาน้ำมัน ทำให้เกษตรกรหาทางเลือกในปัจจัยการผลิตแทนสารเคมีสังเคราะห์ 


3) ความตระหนักต่อสิ่งแวดล้อมที่ถูกปนเปื้อนจากสารพิษทางการเกษตรจากสารพิษที่ใช้ในการเกษตร ทำลายความหลากหลายทางชีวภาพ ดินและน้ำเสื่อมโทรม และเกิดศัตรูพืชระบาดมากขึ้น รวมทั้ง 


4) การเพิ่มขึ้นของข้อจำกัดในการส่งออกสินค้าเกษตรแบบดั้งเดิม เนื่องจากการยกระดับมาตรฐานด้านสุขอนามัยของการนำเข้าสินค้าเกษตร

5) ความต้องการสินค้าอินทรีย์ของตลาดต่างประเทศที่เป็นคู่กับประเทศไทยเพิ่มขึ้นและราคาผลผลิตอินทรีย์ในตลาดต่างประเทศสูงกว่าราคาผลผลิตธรรมดาถึงร้อยละ 20-30 ดังนั้น การพัฒนาการผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์เพื่อบริโภคในประเทศและส่งออกจึงเป็นเกษตรกรรมทางเลือกใหม่ของเกษตรกรไทย

เกษตรอินทรีย์ในประเทศไทยอยู่ในระยะเริ่มต้น ระบบการผลิตจะเน้นการใช้ภูมิปัญญาท้องถิ่นและเทคโนโลยีแบบง่ายและไม่มีความซับซ้อน และผลผลิตส่วนใหญ่เป็นผลผลิตเบื้องต้น เช่น ข้าว ผัก และผลไม้ เริ่มมีสินค้าแปรรูปเบื้องต้นเพิ่มขึ้นบ้าง ส่วนสินค้าแปรรูปที่เป็นผลิตภัณฑ์สำเร็จยังมีอยู่น้อยมาก เนื่องจากวัตถุดิบเกษตรอินทรีย์ยังมีปริมาณไม่เพียงพอและขาดความต่อเนื่อง นอกจากนี้ ผู้ซื้อจากต่างประเทศนิยมซื้อวัตถุดิบเกษตรอินทรีย์จากประเทศไทย เพื่อนำไปแปรรูปในต่างประเทศมากกว่า เพราะสามารถควบคุมคุณภาพสินค้าได้ดีกว่า อีกทั้งยังมีภาระภาษีนำเข้าที่ต่ำกว่าด้วย (ธวัชชัย โตสิตระกูล และวิฑูรย์ ปัญญากุล, 2550)

พื้นที่เกษตรอินทรีย์ของไทยมีแนวโน้มขยายตัวเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วโดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงปี 2547-2549 มีอัตราการขยายตัวของพื้นที่ผลิตเกษตรอินทรีย์สูงที่สุดประมาณร้อยละ 35-40 ปริมาณพื้นที่การผลิตเกษตรอินทรีย์ในประเทศทั้งหมดปี 2541 มีพื้นที่ 6,281 ไร่ และเพิ่มเป็น 140,963 ไร่ในปี 2549 หรือคิดเป็นร้อยละ 0.11 ของพื้นที่เกษตรกรรมทั้งหมดของประเทศ โดยมีการเพาะปลูกข้าวอินทรีย์ในสัดส่วนสูงที่สุดคือ ร้อยละ 80 ของพื้นที่เกษตรอินทรีย์ทั้งหมด สำหรับมูลค่าสินค้าเกษตรอินทรีย์ในปี 2548 คิดเป็น 920 ล้านบาท โดยแบ่งเป็นการบริโภคภายในประเทศ 494 ล้านบาท และส่งออก 426 ล้านบาท