Mitochondria
นาย สุคนธ์ ประดุจกาญจนา

CaseStudy5: Y-STR คัดออก 2 ตำแหน่ง แต่คำนวณ Full sib ได้มากกว่า 99% ตกลงว่าใช่ไหม?


    

และอีกหนึ่งครับ



     ข้อมูลมีอยู่เท่านี้   .....จริงๆแล้ว คงต้องตอบว่าข้อมูลที่มีอยู่ยังไม่เพียงพอให้ตัดสินใจได้ครับ   ควรต้องมีรายละเอียดมากกว่านี้ ข้อมูลที่ควรมีอยู่ในมือเพื่อตัดสินใจคือ รูปแบบดีเอ็นเอของทั้ง Y-STR และ autosomal STR ครับ  อย่างไรก็ตาม เมื่อไม่มีข้อมูลที่ครบถ้วนอยู่ในมือ ผมก็ขออธิบายในหลักการก็แล้วกันครับ

     ข้อแรก พิจารณาจาก Y-STR

     ผมเคยเขียนเรื่องของการตัดสินใจว่า การตรวจพบ Y-STR ขัดแย้งกัน ต้องอย่างน้อย 3 ตำแหน่งครับ จึงจะคัดออก (ที่นี่ครับ) ในทางปฏิบัติ เราคงต้องพิจารณาตำแหน่งที่เกิดการกลายพันธุ์ด้วย ตำแหน่งที่มักพบการกลายพันธุ์บ่อยๆของ Y-STR ได้แก่ ตำแหน่ง DYS390, DYS19, DYS385, DYS391, DYS389 II และ DYS389 I ในจำนวนตำแหน่งเหล่านี้ คงไม่มีปัญหาสักเท่าไร

ยกเว้นตำแหน่ง DYS389 II และ DYS389 I

     ตำแหน่ง DYS389 II แม้ว่าจะเป็นคนละตำแหน่งกับ DYS389 I แต่ความที่มันใช้ primer คู่เดียวกัน ในการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอ มันจึงต้องเกี่ยวพันกัน สร้างความวุ่นวายให้กับเราได้ปวดหัวเล่นเล็กๆ  ลองดูคำภาพนี้ครับ

ภาพนี้ได้จากหนังสือ Forensic DNA typing, 2nd edition ของ John M Butler ครับ

     จะเห็นว่าที่ตำแหน่งนี้ เขาใช้ primer คู่เดียว แต่เจ้า forward primer มันเข้าไปจับได้ 2 ตำแหน่ง ขณะที่ reverse primer มันจับได้เพียงตำแหน่งเดียว ดังนั้น PCR product ที่ได้จึงมีได้ 2 เส้น คือเส้นเล็ก กะ เส้นใหญ่ งานนี้ไม่มีบะหมี่หรือหมี่ฮุ้นครับ เจ้า DYS389 I คือเจ้า PCR product ที่มีขนาดเล็กกว่า ส่วนเจ้า DYS389 II คือเจ้า PCR product ที่มีขนาดใหญ่กว่า ไอ้เจ้าตำแหน่งทั้งสองนี้ มันห่างกันเพียงแค่ 120 bp มันก็เลยสามารถตรวจติดตามได้ใน ช่วงวัดที่ไม่ต่างกันมาก

     เรามาลองดูกันนะครับว่า ถ้าเกิดการกลายพันธุ์ที่ตำแหน่งนี้จะเกิดอะไร

     สมมติให้ ที่ตำแหน่ง DYS389 I วัดได้เป็น 13 ซ้ำ และ DYS389 II วัดได้เป็น 25 ซ้ำ

     ถ้าให้ตำแหน่ง DYS389 II เกิดการกลายพันธุ์ เพิ่มขึ้น 1 ซ้ำเป็น 26 ซ้ำ จะเห็นว่ามันไม่กระทบกับตำแหน่ง DYS389I เลย

     แต่ถ้าตำแหน่ง DYS389 I เกิดการกลายพันธุ์ เพิ่มขึ้น 1 ซ้ำ เป็น 14 ซ้ำ จะเห็นว่า ที่ตำแหน่ง DYS389II มันก็จะเพิ่มขึ้นเป็น 26 ซ้ำด้วย

     นั้นหมายความว่า หากการกลายพันธุ์เกิดขึ้นที่ เจ้าตัวใหญ่ มันจะไม่กระทบต่อเจ้าตัวเล็ก แต่ถ้าการกลายพันธุ์เกิดขึ้นที่เจ้าตัวเล็ก มันจะกระทบไปที่เจ้าตัวใหญ่ด้วย

     ดังนั้น ที่ตำแหน่งนี้ เวลาจะนับว่าเกิด mutation หรือเปล่าต้องระวังครับ.....

     วิธีการง่ายๆ อันหนึ่ง ที่ใช้กันในการวิเคราะห์ Y-STR ในงานด้านประชากรศาสตร์ (anthropology) เขาจะไม่ใช้ค่าจาก DYS389 II หรือเจ้าตัวใหญ่ เพราะมันคือค่ารวม ของสองตำแหน่งเข้าด้วยกัน ดังนั้นเขาจะใช้ค่า เจ้าตัวใหญ่ลบเจ้าตัวเล็ก ก็จะได้ค่าที่แท้จริงของตำแหน่งนั้น  เช่นกรณีนี้ ค่า DYS389 II = 25-13  =  12 ซ้ำ

     กรณีที่เกิด mutation ที่  DYS 389 II  จากตัวอย่างข้างบน DYS389 II = 26-13 =  13 ซ้ำ

     กรณีที่เกิด mutation ที่ DYS 389 I จากตัวอย่างข้างบน DYS389 II =  26-14 = 12 ซ้ำ

     วิธีนี้ เราก็จะตอบได้ครับเกิด mutation ที่ตำแหน่งนี้หรือไม่  แล้วถ้าเกิด มันเกิดขึ้น 1 ตำแหน่งหรือ 2 ตำแหน่ง

ผมเคยเจอ case หนึ่งที่ตรวจ Y-STR แล้วพบว่ามีการกลายพันธุ์ 3 ตำแหน่ง และในจำนวนนี้ก็มีทั้ง DYS389I และ DYS389 II ซึ่งการกลายพันธ์ที่เกิดขึ้น เมื่อดูในภาพรวม ก็ต้องบอกว่า เกิดการกลายพันธุ์ที่แท้จริงเพียง 2 ตำแหน่งครับ งานนี้ ก็เลย คัดไม่ออก

     เวลารายงานผล Y-STR ถ้าเจอ mutation 1-2 ตำแหน่ง  ให้แปลผลว่า ไม่สามารถสรุปผลได้ (inconclusive result) ครับ  ก็ต้องไปตรวจยืนยันด้วยวิธีอื่นต่อไป

     ข้อที่สอง พิจารณาจาก autosomal STR แล้วนำมาคำนวณค่า LR

     การใช้งานด้านนี้ ก็เป็นอีกเรื่องที่ต้องระวังครับ คำว่าระวังในที่นี้ ก็เนื่องจากเรามักจะสนใจและคำนวณเฉพาะกลุ่ม กล่าวคือ จากประวัติส่วนตัวเขาบอกเราว่าต้องการตรวจพี่น้องร่วมพ่อ-แม่เดียวกัน ความที่เป็นผู้ชายเหมือนกัน ก็เลยตรวจ Y-STR แต่ผล Y-STR มีปัญหา ก็เลยมาทำ autosomal STR แล้วคำนวณความสัมพันธ์แบบ Full sib 

     การใช้งานด้านนี้ เมื่อตรวจแล้วผลการตรวจ CPI เข้ากันไม่ได้ หมายถึงไม่ได้เป็น พ่อ-ลูก กันนั้น เราควรต้องคำนวณ LR ให้ครบทุกกรณีครับ คือคำนวณทั้ง CPI, Full sib, Half Sib และ first cousin

    แล้วเวลาพิจารณา ให้เลือกจากความสัมพันธ์ที่ให้ค่า LR สูงที่สุด 

     การเลือกระดับตัดสินใจเพียงแค่ LR มากกว่า 99 เท่า หรือ Posterior probability มากกว่า 99 % เพียงอย่างเดียว โดยไม่พิจารณาค่าเหล่านี้จากความสัมพันธ์แบบอื่นด้วย มีความเสี่ยงมากครับที่จะรายงานผลการตรวจผิดพลาด เพราะเราจะเจอว่า ในกลุ่มที่เป็น full sib จำนวนมาก ที่มีค่า half sib สูงกว่า 99 เท่าด้วย เพียงแต่ค่า full sib มันสูงกว่า half sib หรือแม้ในกลุ่มที่เป็น half sib เราก็จะเจอว่า ค่า full sib สูงกว่า 99 เท่า แต่ค่า half sib สูงกว่า full sib

ยกตัวอย่างตามภาพข้างล่างนี้ครับ

     จาก case ข้างบนนี้จะเห็นว่า ทั้ง CPI, Full sib, Half sib และ First cousin ทุกตัวมีค่ามากกว่า 99 เท่า ซึ่งก็หมายความว่า ทุกตัวมีค่า posterior prob มากกว่า 99% เช่นเดียวกัน

     ถ้าแยกพิจารณาจะเห็นว่า เราสรุปได้ว่า case นี้เป็น พ่อ-ลูกก็ได้ หรือเป็น full sib ก็ได้ เป็น half sib ก็ได้ แล้วก็เป็น ลูกผู้พี่-ลูกผู้น้องก็ได้

     แต่ถ้าพิจารณาในภาพรวม ก็จะสรุปได้ว่า  case นี้เป็น Full sib ครับ

หมายเลขบันทึก: 517332เขียนเมื่อ 24 มกราคม 2013 11:13 น. ()แก้ไขเมื่อ 24 มกราคม 2013 11:46 น. ()สัญญาอนุญาต: ครีเอทีฟคอมมอนส์แบบ แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-ไม่ดัดแปลง


ความเห็น (0)

ไม่มีความเห็น

พบปัญหาการใช้งานกรุณาแจ้ง LINE ID @gotoknow
ขอแนะนำ ClassStart
ระบบจัดการการเรียนการสอนผ่านอินเทอร์เน็ต
ทั้งเว็บทั้งแอปใช้งานฟรี