ผังโครงสร้างสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดตากที่กำหนดไว้เดิม ไม่ค่อยเหมาะกับภารกิจที่มีมากนัก ทำให้แต่ละแห่งต้องปรับโครงสร้างไปตามความเหมาะสม
สำหนักงานสาธารณสุขจังหวัดตาก (สสจ.ตาก) ได้กำหนดผังโครงสร้างการบริหารโดยมีรองนายแพทย์สาธารณสุขจังหวัดตาก ๓ คน คือรองนายแพทย์ สสจ.ด้านเวชกรรมป้องกัน (ผชช.ว.) รอง นพ.สสจ.ด้านส่งเสริมพัฒนา (ผชช.ส) และรอง นพ.สสจ.ด้านบริหาร (จบส. ๘) และกำหนดให้มีการบริหารในรูปแบบฝ่ายทั้งหมด ๘ ฝ่าย คือ
๑. ฝ่ายบริหารงานทั่วไป
๒. ฝ่ายประกันสุขภาพ
๓. ฝ่ายควบคุมโรค
๔. ฝ่ายส่งเสริมสุขภาพ
๕. ฝ่ายอนามัยสิ่งแวดล้อม
๖. ฝ่ายคุ้มครองผู้บริโภคและเภสัชสาธารณสุข
๗. ฝ่ายพัฒนาบุคคลากรและสุขภาพภาคประชาชน
๘. ฝ่ายพัฒนายุทธศาสตร์สาธารณสุข
ซึ่งตามโครงสร้างที่กระทรวงสาธารณสุขกำหนด จะเป็นกลุ่มงาน และมีงานย่อยๆในแต่ละกลุ่มงาน
ล่าสุดกระทรวงสาธารณสุขได้กำหนดโครงสร้างภายในสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดขึ้นใหม่โดยแบ่งเป็น ๑๐ กลุ่มงาน และมีรองหรือผู้ช่วย ๓ คนเหมือนเดิม
