Software2: สร้าง phylogenetic tree จากข้อมูล autosomal STR ด้วย Arlequin ได้ไหม

     หลายคนที่ทำงานด้าน population genetic คงคุ้นเคยกับโปรแกรม Arlequin ค่อนข้างมาก โปรแกรมตัวนี้ เป็นโปรแกรมจัดการด้านการคำนวณค่าทางสถิติที่เกี่ยวข้องกับ population genetic ได้ดีมากตัวหนึ่ง ที่สำคัญคือ ฟรีครับ สามารถ download มาใช้ฟรีได้เลย

     คำถามต่อเนื่องจากบันทึกที่แล้ว ว่า แล้วเราจะสร้าง phylogenetic tree จากข้อมูล autosomal STR ด้วยโปรแกรม Arlequin ได้ไหม

     ทีนี้เราลองมาดูในรายละเอียดกันครับ 

     ข้อมูลที่เราต้องใส่เข้าไปให้โปรแกรม Arlequin มันใช้ในการคำนวณ จะเป็นข้อมูลดิบของ autosomal STR ครับ หมายถึงต้อง key ข้อมูล STR ของแต่ละคน และแต่ละตำแหน่งเข้าไป ดังนั้นจึงต้อง key ข้อมูลเข้าไปเยอะมากครับ แล้วตอนสั่งให้เครื่องมันสร้าง phylogenetic tree เครื่องมันก็จะสร้างออกมาเป็น phylogenetic tree ของแต่ละคนเทียบกัน อย่างเช่น เรามีข้อมูลที่ key เข้าไป 100 คน เครื่องก็จะสร้าง phylogenetic tree 100 สายเปรียบเทียบกัน ซึ่งจะเละเทะ อ่านได้ยากครับ และไม่ตรงตามความต้องการของเรา ที่ต้องการเปรียบเทียบความสัมพันธ์ ระหว่างประชากรแต่ละกลุ่ม ไม่ใช่เปรียบเทียบแต่ละคน

     แล้วเจ้าโปรแกรม Arlequin นี้ มันสามารถ handle ข้อมูลความถี่อัลลีลแบบ multilocus ได้ทีละ 1 population เท่านั้นครับ ดังนี้โปรแกรมตัวนี้จึงไม่น่าจะสามารถสร้าง phylogenetic tree เปรียบเทียบประชากรแต่ละกลุ่มได้ครับ

     ผมคงต้องออกตัวก่อนนะครับ ว่าไม่ใช่ผู้เชี่ยวชาญทางด้านนี้ ดังนั้นผมอาจเข้าใจผิดพลาดได้ หากท่านใดที่มีความเห็นต่าง สามารถแนะนำได้ครับ จะได้เป็นประโยชน์ต่อการพัฒนาความรู้ด้านนี้ต่อไป

     สนใจ download โปรแกรม Arlequin มาใช้ได้ครับ ปัจจุบันเป็นเวอร์ชั่น 3.5 จากที่นี่ครับ

     คู่มือการใช้งานโปรแกรม Arlequin ครับ download ได้จากที่นี่ครับ (ไฟล์ขนาด 4.88 MB อาจใช้เวลาในการ download หน่อยนะครับ)