Software1: สร้าง phylogenetic tree จากข้อมูล autosomal STR

ผมค้างการเขียนตอบคำถามเรื่องนี้ไว้นานพอสมควรครับ เนื่องจากต้องการให้ผู้ถามลองไปสืบค้นหาคำตอบเรื่องนี้เอง คำถามมีอยู่ว่า เราจะสร้าง phylogenetic tree เพื่อดูความสัมพันธ์ระหว่างประชากรแต่ละกลุ่มจากข้อมูล autosomal STR อย่างในภาพข้างล่างได้อย่างไร

โปรแกรมที่จะใช้สร้าง phylogenetic tree มีหลากหลายครับ แต่ละโปรแกรมอาจจะสร้าง phylogenetic tree ได้เหมือนกัน โดยใช้ข้อมูลที่แตกต่างกัน อย่างเช่น ถ้าสร้าง phylogenetic tree จากข้อมูลลำดับเบสดีเอ็นเอ (DNA Sequence) ก็จะใช้โปรแกรมหนึ่ง ถ้าสร้าง phylogenetic tree จากข้อมูล Y-STR ก็จะใช้อีกโปรแกรมหนึ่ง หรืออย่างคำถามที่ถามนี้ว่าถ้าต้องการสร้าง phylogenetic tree จากข้อมูล autosomal STR ก็จะใช้อีกโปรแกรมหนึ่ง ซึ่งคำว่าโปรแกรมหนึ่งในที่นี้ มีได้เป็นสิบโปรแกรมครับที่สามารถทำได้ ขึ้นกับว่า รักชอบโปรแกรมตัวไหน ก็ใช้โปรแกรมตัวนั้นครับ

สำหรับผม การสร้าง phylogenetic tree จากข้อมูล autosomal STR นั้น ผมใช้โปรแกรม Poptree ครับ ใช้มาตั้งแต่เวอร์ชั่น 1 บน MS Dos ปัจจุบันตอนนี้เป็น Poptree2 บน window platform ครับ ข้อมูลที่ต้อง key เข้าไป จะเป็นข้อมูลความถี่อัลลีล (allele frequency) ของประชากรแต่ละกลุ่มครับ โดยโปรแกรมจะสร้างออกมาเป็น phylogenetic tree นามสกุล .nwk ครับ

สนใจอ่านรายละเอียดโปรแกรม Poptree2 ได้จาก paper นี้ครับ

POPTREE2: Software for Constructing Population Trees from Allele Frequency Data and Computing Other Population Statistics with Windows Interface

สนใจ download โปรแกรม มาใช้ ไป download ได้จากที่นี่ครับ

อ่านคู่มือการใช้ โปรแกรมนี้ จากที่นี่ครับ