การเงินบัญชีโรงเรียนในสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา ปัจจุบัน ใช้บันทึกบัญชีแยกเป็น 2 ระบบ ดังนี้

1. ระบบบัญชีหน่วยงานย่อย พ.ศ.2515 ใช้กับโรงเรียนในสังกัดสามัญศึกษาเดิม ซึ่งเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษา

2. ระบบการควบคุมการเงินของหน่วยงานย่อย พ.ศ.2544 ใช้กับโรงเรียนในสังกัด สปช.เดิม ซึ่งเป็นโรงเรียนประถมศึกษา