ในระบบบริการสาธารณสุขระดับอำเภอจะมีสายบังคับบัญชาที่ทำงานด้านสาธารณสุขอยู่สองสายคือ 1.ผู้อำนวยการโรงพยาบาลชุมชนซึ่งจะดูแลโรงพยาบาลชุมชนและพื้นที่ที่ตำบลตั้งอยู่  2.สาธารณสุขอำเภอซึ่งดูแลสถานีอนามัยและพื้นที่นอกเหนือจากพื้นที่โรงพยาบาล  แต่โดยจุดมุ่งหมายของการทำงานของทั้งสองสายคือการทำให้ประชาชนมีสุขภาพที่ดีโดยต้องให้บริการทั้ง ส่งเสริมสุขภาพ ป้องกันโรค รักษาโรค และฟื้นฟูสภาพ ในพื้นที่ที่อาจเรียกว่าทับซ้อนกัน การวางตำแหน่งของสายบังคับบัญชาจึงอาจเป็นสองลักษณะดังนี้

    1. ลักษณะเป็นการสั่งการจากคนใดคนหนึ่ง อาจเป็นผู้อำนวยการหรือสาธาณสุขอำเภอ แต่ส่วนใหญ่เป็นผู้อำนวยการโรงพยาบาล วิธีนี้เป็นวิธีทางอุดมคติที่พยายามจะให้เกิดขึ้นตั้งแต่เข้าประกันสุขภาพ( 30 บาทรักษาทุกโรค) เมื่อปี 2545 จึงมีความพยายามที่จะตั้ง CUP board ขึ้นมาเพื่อบริหารสาธารณสุขระดับอำเภอให้ได้เบ็ดเสร็จ มีการวางแผนงานและบริหารร่วมกันทั้งอำเภอ ซึ่งในทางแนวคิดดูเหมือนจะเป็นสิ่งที่ดีแต่ในทางปฏิบัติยังมีปัญหาอยู่มาก ทั้งในเรื่องศักดิ์ศรี การบังคับบัญชาที่ยังไม่มีระเบียบรองรับ วัฒนธรรมเดิมของสองสาย ทำให้ปัจจุบันจึงอาจไม่มีใครทำได้ดีนัก ในส่วนทำได้ดีมักเป็นเรื่องส่วนบุคคลที่อาจใช้ความสัมพันธ์ด้านอื่นมาเกี่ยวข้องแต่ไม่ได้เกิดเพราะการวางระบบที่ดี

    2. ลักษณะการทำงานตามสายบังคับบัญชาเดิม แต่แบ่งงานกันทำตามความถนัดแล้วมาประสานงานกันใน คณะกรรมการประสานงานสาธาณสุขระดับอำเภอ(คปสอ)  วิธีนี้จะยังคงสภาพของ ศักดิ์ศรี  การบังคับบัญชา  และงานที่ตนเองถนัด( รพ. อาจถนัดงานด้านรักษามากกว่า ขณะที่ สาธารณสุขอำเภออาจถนัดงานส่งเสริมป้องกัน) ไม่มีใคร take over ใคร  โดยให้แต่ละสายทำงานที่ตนเองถนัดในการเป็นแกนนำครอบคลุมทั้งอำเภอ  แต่ข้อเสียของวิธีนี้จะเป็นเรื่องการทำงานอาจล่าช้าและแยกส่วน  การสนับสนุนทางทรัพยากรจากโรงพยาบาลชุมชนอาจมีน้อยเนื่องจากมองเป็นการช่วยเหลือมากกว่าการรับผิดชอบ(หมายถึงเหลือก็ช่วยไม่เหลือก็ไม่ช่วย ไม่เหมือนความรับผิดชอบที่ถึงแม้เราขาดก็ต้องช่วย)  

     รูปแบบทั้งสองก็ยังไม่ชัดเจนว่าอย่างไรจึงเหมาะ อาจต้องพิจารณาตามบริบทของอำเภอนั้นๆทั้งด้าน บุคลิกของผู้นำ วัฒนธรรมองค์กร นโยบาย ปัญหาท้องถิ่น ซึ่งคงต้องเรียนรู้กันเอาเอง