โครงการมหาวิทยาลัยวิจัยแห่งชาติ ต้องไม่ใช่โครงการประเภทไฟไหม้ฟาง จัดทำเพื่อให้ได้มีโครงการ ได้ชื่อว่ามีโครงการ แต่จะต้องนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงระยะยาวและถาวร คือเกิดมหาวิทยาลัยวิจัยขึ้นในประเทศไทย เป็นกลุ่มมหาวิทยาลัยไทยที่มีวัฒนธรรมเหมาะสมต่อการทำหน้าที่มหาวิทยาลัยวิจัยให้แก่ประเทศ
ระบบการจัดการงานวิจัยในมหาวิทยาลัยวิจัยต้องแตกต่างจากระบบที่ใช้กันอยู่ในปัจจุบัน โดยโครงการมหาวิทยาลัยวิจัยแห่งชาติ จะต้องทำหน้าที่เป็นกลไกขับเคลื่อนระบบนี้ การวัดผลสำเร็จของโครงการมหาวิทยาลัยวิจัยแห่งชาติ ต้องวัดการเปลี่ยนแปลงที่ระบบการจัดการงานวิจัยในกลุ่มมหาวิทยาลัยวิจัยแห่งชาติ
กล่าวอีกนัยหนึ่ง ระบบจัดการงานวิจัย เป็น output อย่างหนึ่งของการใช้เงิน ๑๒,๐๐๐ ล้านนี้ด้วย
เมื่อต้องการ output ก็ต้องกำหนด process ที่ทำให้เกิด output นั้น
ทีมจัดการโครงการมหาวิทยาลัยวิจัยแห่งชาติจะต้องมีภาพคร่าวๆ หรือภาพใหญ่ของระบบจัดการงานวิจัยที่พึงประสงค์ ถ้าไม่มี ก็ต้องจัดกระบวนการยกร่าง และกำหนดแผนเงินแผนงานที่จะขับเคลื่อนการเปลี่ยนแปลงในระบบจัดการงานวิจัย
ระบบจัดการงานวิจัยในมหาวิทยาลัยวิจัยแห่งชาติ ควรมีส่วนย่อยอย่างน้อยต่อไปนี้
• ระบบการจัดการการกำหนดทิศทางและลำดับความสำคัญ และจัดการให้เป็นไปตามนั้น
• ระบบการจัดการการตั้งโจทย์วิจัย
• ระบบการจัดการความสัมพันธ์กับแหล่งทุนที่หลากหลาย และซับซ้อน
• ระบบการจัดการผลงานวิจัย เพื่อให้สังคมได้รับประโยชน์คุ้มค่าการลงทุน
• ระบบการจัดการทรัพย์สินทางปัญญา
• ระบบความสัมพันธ์บูรณาการกับระบบอื่นๆ ทั้งหมดภายในมหาวิทยาลัย โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ระบบบัณฑิตศึกษา และระบบ undergraduate research
• ระบบความสัมพันธ์/ร่วมมือ กับภายนอกมหาวิทยาลัย ทั้งในระบบอุดมศึกษาและนอกระบบอุดมศึกษา
