้ใกล้เข้าไปอีกนิด ชิดเข้าไปอีกหน่อย
บันทึก ใกล้เข้าไปอีกนิด ชิดเข้าไปอีกหน่อย (สวรรค์น้อยๆอยู่ในวงฟ้อนรำ...) จะบันทึกต่อจากบันทึกก่อนนิดหนึ่ง
"ตัวอย่างฐานข้อมูลและเซิร์ฟเวอร์ สำหรับทำนายอิพิโทพของ T cell"
บันทึกที่แล้วกล่าวถึง วิธีการทำนายอิพิโทพของ T cell โดยใช้ชีวสารสนเทศ
ถ้าท่านได้อ่านลงรายละเอียดในไดเจ็สท์หน้าสุดท้าย จะมีตารางรายชื่อฐานข้อมูลที่เก็บข้อมูลที่เป็นเปปไทด์ที่จับกับ MHC โมทีฟของเปปไทด์ หรือบางฐานข้อมูลก็เก็บข้อมูลลำดับโปรตีนของโมเลกุล MHC ด้วย
ตารางต่อมา รวบรวมรายชื่อของเว็บไซต์ (เซิร์ฟเวอร์) ที่ให้บริการทำนาย เปปไทด์(หรือลิแกนด์) ที่จะจับกับ MHC กลุ่มที่ 1 และ 2 หรือบางเว็บไซต์จะมีการทำนายการตัดสายเปปไทด์ที่เกิดในเซลล์ที่นำเสนอนั้น
เพื่อให้รู้จักมากขึ้น จะทำความรู้จักกับเซิร์ฟเวอร์ที่เป็นฐานข้อมูลและให้บริการทำนายลิแกนด์ของ MHC ชื่อ SYFPEITHI ซึ่งเป็นชีวสารสนเทศที่เริ่มตั้งแต่ปี 2538 ได้สะสมข้อมูลในฐานข้อมูลมาเรื่อยๆ จากเดิมมีข้อมูลของ MHC กลุ่มที่ 1 มาก ปัจจุบันมีข้อมูล กลุ่มที่สองมากพอที่จะใช้โปรแกรมทำนายได้ หลักของวิธีการทำนายใช้การสร้างตารางที่ประกอบด้วยคะแนน (เรียกว่าค่าสัมประสิทธิ์) สำหรับกรดอะมิโนทุกตัว(21 ตัว) ที่อยู่ในตำแหน่งของเปปไทด์ทั้ง 9 ตำแหน่ง
สนใจ อ่านรายละเอียดมากขึ้น คลิก http://www.u-sabai-d.com/blogWP/?p=7
