สารพิษจากเชื้อราคือสารเคมีที่ไม่ระเหยซึ่งสร้างจากการสันดาป (metabolite) ครั้งที่ 2 ของเชื้อรา เมื่อมนุษย์หรือสัตว์กินเข้าไปแล้วก่อให้เกิดอันตราย
สารพิษจากเชื้อราถูกสร้างขึ้นเพื่อยับยั้งการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ชนิดอื่น มีสารพิษจากเชื้อราที่มนุษย์นำมาใช้ประโยชน์เช่นกัน ตัวอย่างที่ใกล้ตัวมากที่สุดคือ ยาปฏิชีวนะ (antibiotics) ซึ่งยาปฏิชีวนะนี้จะได้มาจากเชื้อรา อาทิ ยาเพนนิซิลลิน ได้จากการสันดาปครั้งที่ 2 ของเชื้อราเช่นเดียวกับสารพิษจากเชื้อรา เรานำมาใช้ประโยชน์เพื่อการยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย
กระบวนการสร้างสารพิษจากเชื้อรานั้นยังไม่ทราบแน่ชัด อย่างไรก็ตามมีสารพิษจากเชื้อราที่ค้นพบแล้วกว่า 400 ชนิด และเชื้อรามิได้สร้างสารพิษตลอดเวลา
อย่างไรก็ตามเชื้อราไม่ทุกชนิดที่สร้างสารพิษ และเชื้อราบางชนิดมนุษย์นำมาใช้ประโยชน์ แม้ว่าเชื้อราบางชนิดจะก่อให้เกิดผลเสียบางประการ แต่บางสายพันธุ์กลับเป็นประโยชน์
ตัวอย่างการใช้เชื้อราเพื่อประโยชน์ของมนุษย์คือ สารเสริมชีวนะ (probiotics) ที่ปัจจุบันมีผลิตภัณฑ์ให้เลือกมากมายทั้งของในประเทศและต่างประเทศ อีกตัวอย่างคือ เอนไซม์ ซึ่งได้จากเชื้อราหรือจุลินทรีย์ชนิดอื่น เรานำสิ่งที่จุลินทรีย์สร้างมาใช้ประโยชน์มากมาย