GeneMapper 4: ปัญหาจาก Micro bubble

     ช่วงนี้ เป็นช่วงที่งานยุ่งเหลือเกิน  แล้วจู่ๆ ก็มาเจอกับปัญหานี้ครับ  ลองมาดูกัน

     มี Case หนึ่ง ตรวจ พ่อ-แม่-ลูก  สำหรับของดีเอ็นเอของลูก ทำ fragment analysis ด้วยชุดน้ำยา Identifiler Plus ได้รูปแบบดีเอ็นเอ หน้าตาอย่างนี้ครับ

     ตำแหน่งอื่นๆ ไม่เป็นปัญหาครับ แต่ที่ตำแหน่ง FGA ได้ผลเป็น heterozygous โดยมีค่า OL กับ 23 ซ้ำ  แต่มี peak imbalance (39%) ในขณะที่ตำแหน่งอื่นๆ ไม่มีปัญหาเรื่อง peak imbalance ครับ  รายนี้ คำถามคือจะปล่อยผ่านหรือไม่ 

     ผมมีข้อสังเกตุ นอกจากเรื่อง peak imbalance แล้ว ยังมี OL อีกด้วย  ฐานของ peak ดูแปลกตาครับ  น่าจะเป็นปัญหา artifact จึงทำให้ต้อง ทำซ้ำรายนี้ครับ

     เมื่อทำซ้ำแล้ว ได้ผลดังภาพนี้ครับ

     ปรากฎว่า ตำแหน่ง FGA กลายเป็น homozygous อ่านผลได้ 23, 23 ซ้ำ  เจ้าตำแหน่ง OL หายไปแล้วครับ

     ปัญหานี้ น่าจะเกิดจาก artifact ครับ น่าจะเป็น micro bubble แทรกเข้าไปใน capillary ด้วย แต่ปกติแล้ว หากเกิด micro bubble ขึ้น เรามักจะเจอว่า peak ที่เกิดขึ้น มักมีค่าสูงมากกว่า 8000 rfu แล้ว cross talk ข้ามไปยัง channel สีอื่นๆด้วย แต่คราวนี้ micro bubble ทำให้เกิดปัญหาที่สีแดง แต่ค่า peak ไม่สูงมากนัก แล้วไม่ cross talk ข้ามไปยังสีอื่น โดย peak นี้ขึ้นเป็นค่า OL ซึ่งถือว่าโชคดีมาก ที่ไม่ตรงกับค่า ladder ทำให้เป็นข้อสังเกตุได้ประการหนึ่ง นอกเหนือจากลักษณะของ peak ดูแปลกตาไปนิดหน่อย  นี่ถ้า peak บังเอิญไปตรงกับ ladder ผมก็ไม่แน่ใจว่า รายนี้จะหลุดออกไปไหม...

     เฮ้อ....เกือบไปแล้วเหมือนกัน