เตรียม เครื่อง Linux CentOS5.5 ให้พร้อมสำหรับ fMRI โดยใช้ SPM8

สิ่งที่ต้องเตรียม

  • เครื่องคอมพิวเตอร์ที่มี CPU multi-core หน่วยความจำอย่างน้อย 2 GB พื้นที่ในฮาร์ตดิสก์อย่างน้อย 5 GB
  • โปรแกรม Matlab R2010a + CentOS5.5
  • ไฟล์ spm8.zip + spm8_updates_r4290.zip

ขั้นตอนการเตรียมเครื่อง

ติดตั้ง CentOS ให้เรียบร้อย
แก้ไขการ yum และ wget ผ่าน proxyโดยแก้ไข yum.conf โดยใช้คำสั่ง

# vi /etc/yum.conf

แก้ไขหัวข้อ [main] โดยแทรกบรรทัดคำสั่งสีแดงต่อไปนี้


[main]
proxy_username=yourusername
proxy_password=yourpassword
proxy=http://yourproxy:yourportnumber/

แก้ไข wgetrc ที่ /etc/wgetrc โดยใช้คำสั่ง

#vi /etc/wgetrc


เติมบรรทัดคำสั่งต่อไปนี้ในหัวข้อ proxy


http_proxy = http://username:password@yourproxy:port/

ติดตั้งโปรแกรม libXp ซึ่งจำเป็นในการใช้งาน Matlab

# yum install libXp -y

ติดตั้ง Matlab R2010a โดยใช้ขั้นตอนต่อไปนี้
แตกไฟล์ matlabR2010a
copyแฟ้มข้อมูล matlab2010 ไปไว้ที่ /usr/local/matlab2010
สร้าง directory ชื่อ matlabr2010a ไว้ใน /usr/local

# mkdir /usr/local/matlabr2010a

เข้าไปที่ /usr/local/matlab2010

# cd /usr/local/matlab2010

สั่งรัน shell script คำสั่งติดตั้ง

# ./install &

เมื่อถูกถาม home directory ให้ระบุ /usr/local/matlabr2010a
ทำตามขั้นตอนการติดตั้ง เมื่อถูกถามหา license ให้ไปเลือกไฟล์ lic_standalone.dat

เมื่อติดตั้งสำเร็จ เรียกใช้งาน Matlab โดยใช้คำสั่ง

# sh /usr/local/matlabr2010a/bin/matlab &

ขั้นตอนการติดตั้ง SPM8
ให้ copy ไฟล์ spm8.zip ไปไว้ที่ /usr/local/

# unzip spm.zip

จะได้แฟ้ม /usr/local/spm8
ทำการ update patch ของ spm8 โดย copy ไฟล์ spm8_updates_r4290.zip ไปไว้ในแฟ้ม /usr/local/spm8 จากนั้นใช้คำสั่ง


# cd /usr/local/spm8
# unzip spm8_updates_r4290.zip

จากนั้นทำการ add path โดยไปที่ File>Set Path.. เลือก Add with Subfolders..
จะได้หน้าต่างสำหรับเลือกไฟล์ให้ทำการ Browse เพื่อเลือก /usr/local/spm8 กด ok
กลับมาที่หน้าต่าง Set Path และกดปุ่ม Save และ Close เพื่อกลับสู่ Matlab
ในหน้าต่าง Matlab ที่ command prompt >> พิมพ์คำสั่ง spm.m
จะได้หน้าต่างโปรแกรม spm8 ขึ้นมา พร้อมใช้งาน
ทำการเพิ่ม directory ของ matlabr2010a สู่ $PATH โดยใฅ้คำสั่ง

# echo 'pathmunge /usr/local/spm8' > /etc/profile.d/ml.sh
# echo 'pathmunge /usr/local/matlabr2010a/bin' >> /etc/profile.d/ml.sh
# chmod +x /etc/profile.d/ml.sh

และทำการ log off & log in เข้ามาใหม่
จากนั้นใช้คำสั่ง ดู $PATH

# echo $PATH
# which matlab
# which spm8

จะสามารถเรียกใช้งาน matlab จากที่ไหนในระบบก็ได้