จดหมายเหตุลาลูแบร์บันทึกว่าในสมัยกรุงศรีอยุธยานั้น พระมหากษัตริย์มีตราประจำพระองค์ ในจดหมายเหตุไม่ได้ระบุว่าตราเป็นรูปอะไร แต่สันนิษฐานได้ว่าน่าจะเป็น ตราครุฑพ่าห์ คือ รูปพระนารายณ์ทรงครุฑ

ทั้งนี้เพื่อให้เข้ากับคตินิยมที่ถือเอาองค์พระมหากษัตริย์เป็นผู้มีบุญบารมีเทียบเท่าพระนารายณ์ผู้ทรงครุฑเป็นพาหนะ

ต่อมาสมัยรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ 2 โปรดเกล้าฯ ให้ใช้รูป ครุฑยุดนาคŽ หรือ ครุฑจับนาค เป็นพระราชสัญลักษณ์แทนพระบรมภิไธย ฉิม

ถึงรัชสมัยรัชกาลที่ 5 โปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จเจ้าฟ้ากรมนริศรานุวัตติวงศ์ทรงเขียนตราครุฑถวายใหม่ ไม่ต้องมีพระนารายณ์และยกนาคออกเสีย มือที่กางอยู่ก็ให้ฟ้อนรำตามแบบครุฑเขมร ดัดแปลงลายกนกเป็นเปลวไฟ

มาสมัยรัชการที่ 6 โปรดเกล้าฯ ให้พระเทวาภินิมมิตต์ (ฉาย ภินิมมิตต์) เป็นผู้เขียนถวาย โดยยังคงใช้ตราครุฑเพียงแต่เพิ่มพระปรมาภิไธยตามขอบพระราชลัญจกร และเปลี่ยนพระปรมาภิไธยที่ขอบพระราชลัญจกรให้ตรงตามรัชกาล และให้ยึดถือเป็นแบบอย่างต่อมาจนถึงปัจจุบัน

ระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยงานสารบรรณ พ.ศ.2526 กำหนดแบบของตราครุฑบนหนังสือราชการ 2 แบบคือ

1. ขนาดตัวครุฑสูง 3 เซนติเมตร

2. ขนาดตัวครุฑสูง 1.5 เซนติเมตร

ในวงกลมสองวงล้อมครุฑ ระหว่างวงนอกและวงในมีอักษรไทยชื่อกระทรวง ทบวง กรม หรือส่วนราชการที่เรียกชื่ออย่างอื่นที่มีฐานะเป็นกรมหรือจังหวัด ส่วนราชการใดที่มีการติดต่อกับต่างประเทศ จะให้มีชื่อภาษาต่างประเทศเพิ่มก็ได้ ให้อักษรไทยอยู่ขอบบนอักษรโรมันอยู่ขอบล่าง