การไม่เลือกปฏิบัติด้วยเหตุต่างๆ (ข้อ 2(1))
ข้อจำกัดของการดำเนินงาน
2.1 ข้อจำกัดของการดำเนินงานในการจัดทำรายงานฉบับที่ 2
2.1.1 เชื้อชาติ
ยังมีการเลือกปฏิบัติด้านเชื้อชาติ ในกรณีของนักศึกษาในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ พบว่านักศึกษาชาวมลายูมุสลิมรู้สึกจะถูกเลือกปฏิบัติมากกว่าเพื่อนชาวไทยพุทธ เช่น ในการตรวจค้นตัว ผู้แต่งกายตามวัฒนธรรมอิสลามมักถูกเรียกตรวจค้นมากกว่าคนไทยพุทธ โดยเจ้าหน้ามักมองจากเพียงลักษณะภายนอก โดยมีความรู้สึกไม่ไว้วางใจชาวมลายูมุสลิม
ในส่วนคนไทยพุทธซึ่งเป็นคนกลุ่มน้อยในพื้นที่สามจังหวัดชายแดนภาคใต้ ก็รู้สึกว่าตนเองถูกเลือกปฏิบัติเช่นกัน โดยรู้สึกว่ารัฐเอาใจชาวมุสลิมมากกว่า
ชาวมลายูมุสลิมในจังหวัดชายแดนภาคใต้มีความประสงค์ที่จะใส่คำว่า เชื้อชาติมลายู ลงในบัตรประชาชน แต่ไม่สามารถกระทำได้
2.1.2 ภาษา
แม้ว่าจะมีการเสนอจากคณะกรรมการอิสระเพื่อความสมานฉันท์แห่งชาติ (กอส.) ในเรื่องการยกให้ภาษามลายูปัตตานีเป็นภาษาทำงาน (working language) เพิ่มเติมอีกภาษาหนึ่งในจังหวัดชายแดนภาคใต้ แต่ก็ยังพบว่ามีข้อจำกัดจากการที่หน่วยงานราชการบางหน่วยไม่ได้นำข้อเสนอของกอส.ไปปฏิบัติ แม้ว่าได้มีมติคณะรัฐมนตรีเห็นชอบให้ดำเนินการตามข้อเสนอของกอส.แล้วก็ตาม
2.1.3 การเยียวยา
1) การเยียวยาความเสียหายยังมีมาตรฐานไม่เท่าเทียมทั้งในเชิงบุคคลและเชิงพื้นที่
2) บางครั้งยังการขาดกระบวนการจัดการและการประสานงานที่ดี เนื่องจากเจ้าหน้าที่ยังกังวลเรื่องความไม่ปลอดภัย จึงทำให้ไม่สามารถลงไปเยียวยาผู้เสียหายในพื้นที่ได้โดยตรง
3) กรณีการเยียวยาทางด้านจิตใจสามารถกระทำได้น้อยมากเนื่องจากขาดแคลนบุคลากร เช่นการมีจิตแพทย์เพียงคนเดียวในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้
4) ข้อจำกัดบางประการเช่น กรณีผู้หญิงมุสลิมที่สามีเสียชีวิต และไม่ได้รับอนุญาตให้ออกนอกบ้านเป็นเวลา 3 เดือน ทำให้ผู้เสียหายหลายรายรายไม่สามารถไปแจ้งเพื่อขอรับการเยียวยาได้
5) การขาดการทำงานที่ต่อเนื่องของอนุกรรมการ กยต.พิเศษที่ให้การเยียวยากรณีคนหาย ทำให้ญาติผู้สูญหายไม่ได้รับการเยียวยา และความช่วยเหลือจากรัฐ เหมือนกรณีผู้บาดเจ็บหรือผู้เสียชีวิต
