พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว

ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระราชอาณาจักสยามได้จัดระเบียบการปกครองแผ่นดินใหม่ ยกเลิกการปกครองแบบจตุสดมภ์ กำหนดให้มีกระทรวงในราชการทั้งหมด ๑๒ กระทรวง มีการแยกอำนาจหน้าที่กระทรวงมหาดไทยออกจากกระทรวงกลาโหม โดยกระทรวงกลาโหมมีหน้าที่เกี่ยวกับราชการทหารอย่างเดียว

ในปี พ.ศ.๒๔๓๕ ได้โอนกรมทหารเรือ มาขึ้นกับกระทรวงกลาโหมและในปี พ.ศ.๒๔๓๕ พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้เลื่อนฐานะกรมทหารเรือเป็นกระทรวงทหารเรือ มีเสนาบดีกระทรวงทหารเรือเป็นผู้กำกับดูแล

ในวันที่ ๓๐ พฤศจิกายน พ.ศ.๒๔๗๖ ภายหลังการเปลี่ยนแปลงการปกครอง  พระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้เปลี่ยนชือกรมทหารเรือเป็น กองทัพเรือ มาจนกระทั่งปัจจุบัน