โต๊ะครูหะยีอับดุลมายิด บิน(บุตรของ) หะยีอับดุลเลาะห์(ชะเอาะ) ผู้ริเริ่มก่อตั้งปอเนาะกรือเซะขึ้น เป็นอูลามาอฺ(ปราชญ์) ท่านหนึ่งของปัตตานี ซึ่งเมื่อที่ท่านได้เดินทางกลับจากไปศึกษา ณ นครมักกะฮ์ ประเทศซาอุดิอารเบีย ท่านได้เริ่มการให้ความรู้แก่ประชาชนทั่วไปสืบทอดต่อจากบิดา คือ หะยีอับดุลเลาะห์ ชะเอาะ ที่ปอเนาะชะเอาะ อำเภอยะหริ่ง จังหวัดปัตตานี ซึ่งปอเนาะแห่งนี้เป็นสถาบันสอนศาสนาที่มีชื่อเสียงมากแห่งหนึ่งในยุคนั้น
ในปี พ.ศ.๒๔๘๖ โต๊ะครูฮัจญีอับดุลมายิด บิน ฮัจญีอับดุลเลาะห์ หรือชื่อที่บุคคลทั่วไปนิยมเรียกกันสั้นๆในสมัยนั้นว่า “โต๊ะครูหะยีอัมบงหรือหะยีหมง” ได้รับเลือกจากอาเล็มอูลามาอฺ (ปรวงปราชญ์)แห่งปัตตานี ให้เป็นผู้ดำรงตำแหน่งโต๊ะกอฎี(ผู้พิพากษา)ของปัตตานีท่านหนึ่ง ในจำนวนผู้ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นโต๊ะกอฎีทั้ง ๓ คน เมื่อได้รับการเลือกให้เป็นโต๊ะกอฎีแล้ว ท่านได้ยุติการสอนที่ “ปอเนาะชะเอาะ”
ในราวปี พ.ศ.๒๔๘๘ (ฮ.ศ.1367) ได้มาเปิดปอเนาะ(โรงเรียนสอนศาสนารูปแบบเดิม)แห่งใหม่ที่บ้านกรือเซะ (ที่ตั้งของโรงเรียนฯในปัจจุบัน) โดยปอเนาะแห่งใหม่นี้รู้จักกันดีในชื่อของ “มัดราซะห์ อัล-มูอารีฟ อัล-อาฎอนียะห์ ปัตตานี” โดยเปิดทำการสอนศาสนาตามรูปแบบเดิม คือ สอนเฉพาะวิชาการศาสนาล้วนๆ (Life-long Learning) แก่ผู้สนใจทั่วไป มีนักศึกษาจากที่ต่างๆทั่วประเทศ ตลอดจนประเทศเพื่อนบ้านมาศึกษา โดยปลูกปอเนาะ(กระท่อม)เพื่อเป็นที่พักเรียงรายล้อมบ้าน “บาบอ-มามอ” มากมาย ตลอดจนเปิดโอกาสให้คนในชุมชนเข้ามาศึกษาตามเวลาที่กำหนดอย่างต่อเนื่องและสม่ำเสมอจนเป็นที่ให้การยอมรับจากประชาชนอย่างกว้างขวาง
ต่อมาเมื่อรัฐบาลมีนโยบายให้การเรียนการสอนระบบปอเนาะเป็นระบบใหม่เมื่อ พ.ศ.๒๕๐๔ ในระยะที่มีการเปลี่ยนแปลงนี้ฮัจญะฮ์นิเซาะ อาเก็บอุไร ซึ่งเป็นภรรยาของ “โต๊ะครูหะยีอัมบง” (หรือชื่อในทะเบียนราษฎร์ คือ นางหะยีนิเซาะ อาเก็บอุไร) เล็งเห็นว่า (ในยุคนั้น) “มุสลีมะฮ์” (สตรีมุสลิม)ไม่ค่อยมีสถานที่ร่ำเรียน ในขณะที่ปอเนาะทั่วไปก็เปิดรับเฉพาะผู้ชายเท่านั้น จึงดำริที่จะเปลี่ยนปอเนาะ “มัดราซะห์ อัล-มูอารีฟ อัล-อาฎอนียะห์ ปัตตานี” เป็นโรงเรียนที่เปิดรับเฉพาะนักเรียนหญิง ซึ่งเรียกขานกันต่อมาในหมู่นักเรียนนักศึกษาเป็นภาษาอรับว่า “มะฮัด อัล-อิสลาฮียะห์ ลิล-บานาต กรือเซะ ฟาฏอนีย์”
ต่อมานโยบายของรัฐได้พยายามให้ปอเนาะเข้าระบบ และเปลี่ยนสภาพเป็นโรงเรียนที่เปิดสอนวิชาสามัญ ควบคู่กับการสอนศาสนา เมื่อ ๒๙ กันยายน ๒๕๐๙ นายแวดอเลาะ แวนาแว ได้รับการอนุญาตให้จัดตั้งโรงเรียนสตรีพัฒนศึกษา (ใบอนุญาตเลขที่ ๑๒๗/๒๕๐๙) ตามมาตรา ๒๐ สอนศาสนา โดยมีเรือนไม้ชั้นเดียวเพียงหนึ่งหลังเป็นอาคารเรียน ทำการสอนศาสนาอิสลาม ภาษาอรับ ภาษามลายู ภาษาไทย และได้ให้ข้าราชการครู (สังกัดกองการศึกษาเอกชน) เข้ามาช่วยสอนในวิชาสามัญศึกษา หลักสูตรพิเศษของกระทรวงศึกษา ข้อ ๒๐ ข. พ.ศ.๒๔๙๗ (หลักสูตรการศึกษาผู้ใหญ่ ระดับ ๓ และ ๔) ตั้งแต่ชั้นปีที่ ๑-๔ รับเฉพาะสตรี
พ.ศ. ๒๕๑๔ มามอฮัจญะฮ์นิเซาะ อาเก็บอุไร ได้บริจาคที่ดิน และกิจการของโรงเรียนสตรีพัฒนศึกษา ให้แก่สมาคมผู้บำเพ็ญประโยชน์แห่งประเทศไทย ในพระบรมราชินูปถัมภ์ ซึ่งเป็นองค์กรไม่แสวงหากำไร และเป็นองค์กรที่มีวัตถุประสงค์ในการพัฒนาสตรี โดยเฉพาะด้านการศึกษาและคุณภาพชีวิตในที่ต่างๆ (จากหนังสือ ๔ ทศวรรษ สมาคมผู้บำเพ็ญประโยชน์แห่งประเทศไทย ในพระบรมราชินูปถัมภ์) เมื่อสมาคมฯเข้ามาดำเนินการจึงได้ปรับปรุงโรงเรียนและใช้เป็นศูนย์พัฒนาเยาวสตรีมุสลิม โดยจัดโครงการอบรมตามแนวทางของโครงการพัฒนาเยาวสตรีชนบท ฝึกอาชีพและกิจกรรมผู้บำเพ็ญประโยชน์ เพื่อสร้างความเป็นผู้นำให้แก่เยาวสตรี ขณะเดียวกันก็ได้ดำเนินการจัดหาทุนมาก่อสร้างอาคารเรียน ซึ่งเป็นอาคารเรียน ๓ ชั้น ทรงสี่เหลี่ยมวนมาบรรจบกัน(อาคารหลักในปัจจุบัน) และให้ใช้ชื่อว่า โรงเรียนสตรีพัฒนศึกษา “หะยีนิเซาะ อาเก็บอุไร-บำเพ็ญ” อาคารเรียนสร้างแล้วเสร็จตั้งแต่ปี ๒๕๑๙ ซึ่งสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ ได้เสด็จพระราชดำเนินมาทรงเปิดป้ายโรงเรียนอย่างเป็นทางการเมื่อ ๕ กันยายน พ.ศ. ๒๕๒๕
พ.ศ.๒๕๑๖ โรงเรียนได้เริ่มเปิดรับนักเรียนและทำการสอนหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนต้น (ม.๑) ควบคู่ตามนโยบายของรัฐบาล
๘ กุมภาพันธ์ ๒๕๒๑ นายกสมาคมฯในสมัยนั้น (คุณหญิงสุคนธ์ ชะลออยู่) มอบอำนาจให้นางถนอมจิตต์ หุตะสิงห์ ดำเนินการเกี่ยวกับการรับโอนโรงเรียนฯต่อจนกว่าจะเสร็จ ในระหว่างการดำเนินการเกี่ยวกับการโอนกิจการให้แก่สมาคมฯ สมาคมฯได้มอบให้นายมูฮำมัดกามิล อาเก็บอุไร บุตรชาย ได้เข้ามาดูแลกิจการของโรงเรียนในตำแหน่งผู้จัดการโรงเรียน
๑๑ กุมภาพันธ์ ๒๕๒๑ นายแวดอเลาะ แวนาแว(ครูใหญ่-เจ้าของผู้จดทะเบียนโรงเรียน) ทำข้อตกลงระหว่างคณะกรรมการบริหารโรงเรียนฯ และสมาคมผู้บำเพ็ญประโยชน์ฯ เกี่ยวกับเงื่อนไขการดำเนินกิจการโรงเรียนหลังจากการโอนกิจการแก่สมาคมฯแล้ว โดยมีเงื่อนไขพันธะสัญญาระหว่างกัน ตัวอย่างเช่น สมาคมฯจะคงสภาพโรงเรียนฯเป็นโรงเรียนสอนศาสนา ,ในการแต่งตั้งคณะกรรมการบริหารโรงเรียนฯทุกสมัยจะต้องมีมุสลิมไม่น้อยกว่ากึ่งหนึ่ง ,ตำแหน่งผู้จัดการและผู้อำนวยการโรงเรียนจะต้องเป็นมุสลิม ฯลฯ ซึ่งนับเป็นพันธะสัญญาที่ทางสมาคมฯได้ยึดถือมาทุกยุคทุกสมัย (เอกสารคู่ฉบับเก็บรักษาไว้กับบุตรชายนายแวดอเลาะ ซึ่งเป็นอุซต๊าซอาวุโสท่านหนึ่งของโรงเรียนในปัจจุบัน)
๑๓ กุมภาพันธ์ ๒๕๒๑ นายมูฮำมัดกามิล อาเก็บอุไร มีหนังสือถึงนายอำเภอเมืองปัตตานีขอให้เร่งรัดการดำเนินการโอนกิจการโรงเรียนฯให้แก่สมาคมฯ
๔ มิถุนายน ๒๕๒๓ จังหวัดปัตตานี อนุญาตให้สมาคมฯ (ใบอนุญาตเลขที่ ๑๐๕/๒๕๒๓) เป็นเจ้าของจัดตั้งโรงเรียนฯ โดยนางถนอมจิตต์ หุตะสิงห์ ซึ่งมีอาคารเรียน ๓ ชั้น ๑ หลัง เป็นโรงเรียนสอนศาสนาตามมาตรา ๒๐ สอนวิชาสามัญ และวิชาศาสนาอิสลาม ใช้หลักสูตรกระทรวงศึกษา เปิดสอนศาสนาชั้นปีที่ ๑-๔ และวิชาสามัญ ระดับ มศ.๑-มศ.๕
ต่อมาหลังจากที่ฮัจญะฮ์นิเซาะ อาเก็บอุไรเสียชีวิต จึงได้มีการเปลี่ยนแปลงตัวผู้บริหารโรงเรียนอีกครั้ง คือ ทางสมาคมฯได้ให้นางขนิษฐ มะโรหบุตร ข้าราชการบำนาญมุสลีมะฮ์ มาดำรงตำแหน่งผู้จัดการโรงเรียนแทน เนื่องจากนายมูฮำมัดกามิล อาเก็บอุไร ได้ย้ายถิ่นฐานไปทำธุรกิจในรัฐกลันตัน ประเทศมาเลเซีย
สืบเนื่องจากในระยะนั้นไม่มีลูกหลานทายาทของ “ฮัจญีอัมบง” อยู่ในโรงเรียนฯเลย น.ส.นิอายียะฮ์ มะกาเจ(ต่อมาได้สมรสกับอาจารย์ซาฟีอี บารู และเปลี่ยนไปใช้นามสกุลสามี) บุตรสาวของนายนิเลาะ มะกาเจ กับ นางนิฟาดียะห์ อาเก็บอุไร ผู้เป็นหลานสาวของฮัจญะฮ์นิเซาะ อาเก็บอุไร ซึ่งเป็นครูอยู่ที่โรงเรียนบ้านสะนิง อ.เมืองปัตตานี ได้ตัดสินใจลาออกมาเพื่อช่วยดูแลกิจการของโรงเรียนให้เป็นไปตามอุดมการณ์ของบาบอ “โต๊ะครูหะยีอัมบง” กับมามอ “หะยีนิเซาะ” โดยเริ่มปฏิบัติงานในตำแหน่งของครูผู้สอน
พ.ศ.๒๕๒๔ นางนิอายียะฮ์ บารู ซึ่งต่อมาได้สำเร็จการศึกษาปริญญาครุศาสตรบัณฑิต สาขาบริหารการศึกษา จากวิทยาลัยครูยะลา(ซึ่งถือว่าเป็นทายาทรุ่นที่ ๓ ของ โต๊ะครูฮัจญีอัมบง) ได้รับมอบหมายจากสมาคมฯให้เข้ามาบริหารกิจการโรงเรียน ในตำแหน่งครูใหญ่
ต่อมา นางสาวไลลา อาเก็บอุไร(ซึ่งต่อมาได้สมรสกับอาจารย์อัฮหมัดสมบูรณ์ บัวหลวง) หลานสาวอีกคนของ “โต๊ะครูฮัจญีอัมบง” ได้เข้ามาสานงานตามปณิธานของปู่ย่าตายายร่วมกันในกิจการโรงเรียนฯอีกคนหนึ่ง และมีส่วนสำคัญในการประสานงานผลักดันการดำเนินการเปลี่ยนแปลงสภาพโรงเรียนจากมาตรา ๑๕(๒) เป็นมาตรา ๑๕(๑) ตามพระราชบัญญัติ พ.ศ.๒๕๒๕ จนกระทั่งทางศึกษาธิการจังหวัดได้อนุญาต เมื่อ ๑๐ มิถุนายน พ.ศ.๒๕๔๒ (ใบอนุญาตเลขที่ ปน ๖๖/๒๕๔๒) ในสมัยของนายกฯสมถวิล บุณโยปัษฏัมภ์
ซึ่งต่อมารัฐบาลได้เปลี่ยนมาใช้ พรบ.โรงเรียนเอกชน พ.ศ.๒๕๕๑ “ครูใหญ่” ถูกเปลี่ยนเป็น “ผู้อำนวยการ” โรงเรียนฯทุกโรงจะจัดทำตราสารจัดตั้งนิติบุคคลของโรงเรียนในระบบ มีฐานะเป็นนิติบุคคลในกำกับของ สำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัด “สถาบันปอเนาะ” ถูกเรียกว่า “โรงเรียนนอกระบบ” ซึ่งในการจัดทำตราสารฯโรงเรียนใช้เวลานานเป็นพิเศษ ด้วยความรอบคอบโดยคำนึงถึงความจำเป็นหลายๆประการ เช่น การต้องการที่จะให้หลายๆฝ่ายเข้ามามีส่วนเกี่ยวข้องในการบริหารจัดการโรงเรียนร่วมกัน ในโครงสร้างการบริหารงาน และเพื่อให้สอดคล้องกับปณิธานของ “บาบอโต๊ะครูหะยีอัมบง และมามอหะยีนิเซาะ” และสมาคมผู้บำเพ็ญประโยชน์ฯ ซึ่งนับว่าทางโรงเรียนฯโชคดีเป็นอย่างยิ่งที่สมัยของนายกฯ รศ.ดร.วดี เขียวอุไร นั้น ท่านเป็นนักพัฒนาที่มีวิสัยทัศน์โดยเห็นได้จากที่เมื่อเข้ารับตำแหน่งนายกฯใหม่ๆ ท่านได้ตระเวนเยี่ยมศูนย์ต่างๆของสมาคมฯเพื่อรวบรวมข้อมูลปัญหาไปใช้ในการวางแผนการดำเนินการพัฒนา โดยที่ท่านและคณะกรรมการสมัยนั้นมีส่วนเกี่ยวข้องที่สำคัญในการจัดทำตราสารฯ หลายท่านด้วยกัน ได้แก่ นางแจ่มจันทร์ ทองเสริม เลขาธิการสมาคมฯ และคณะกรรมการอำนวยการสมาคมฯ ปี ๒๕๕๑-๒๕๕๔ ตลอดจนเจ้าหน้าที่สมาคมฯ เช่น นางน้ำเพ็ชร พันนิทา และสองสามีภรรยา นางซัฟฟีซา แม้นมินทร์ บารู รองผู้อำนวยการโรงเรียนฯ และนายพิมาน แม้นมินทร์(ภายหลังเปลี่ยนชื่อเป็น นายอับดุรเราะฮ์มาน ฟูอัด อาลมูฮัมมัดอามีน) ข้าราชการสังกัดสำนักงานปศุสัตว์จังหวัดปัตตานี อดีตครูประจำของโรงเรียนฯ ซึ่งนับเป็นทายาท “โต๊ะครูหะยีอัมบง”รุ่นที่ ๔ ที่มีส่วนสำคัญในการพัฒนาโรงเรียนในยุคต่อมาจนกระทั่งได้จัดตั้งเป็นมูลนิธิเพื่อการศึกษาฯขึ้นมา
สมาคมผู้บำเพ็ญประโยชน์แห่งประเทศไทย ในพระบรมราชินูปถัมภ์ ได้มีการประชุมคณะกรรมการอำนวยการสมาคมฯ เมื่อวันที่ ๒๒ มกราคม พ.ศ.๒๕๕๔ และได้มีมติที่จะจัดตั้งมูลนิธิเพื่อการศึกษาโรงเรียนสตรีพัฒนศึกษา “หะยีนิเซาะ อาเก็บอุไร-บำเพ็ญ”ขึ้น โดยที่ประชุมมีมติมอบหมายให้คณะกรรมการชุดแรกประกอบด้วย
๑. รองศาสตราจารย์ ดร.วดี เขียวอุไร ประธาน
๒. นางลัดดา พรหมโยธี รองประธานคนที่ ๑
๓. นางนิอายียะฮ์ บารู รองประธานคนที่ ๒
๔. นายสุรินทร์ ภูริปัญญานนท์ กรรมการ
๕. นางสาวบงกช สัปปพันธ์ กรรมการ
๖. นางซัฟฟีซา แม้นมินทร์ บารู กรรมการและเหรัญญิก
๗. นายอับดุรเราะฮ์มาน ฟูอัด อาลมูฮัมมัดอามีน กรรมการและเลขานุการ
โดยในการขอจดทะเบียนมูลนิธิ สมาคมผู้บำเพ็ญประโยชน์แห่งประเทศไทยฯโอนเงินให้เป็นทรัพย์สินของมูลนิธิฯจำนวน ๕๐๐.๐๐๐ บาท (-เงินห้าแสนบาทถ้วน-) ซึ่งต่อมานายทะเบียนมูลนิธิจังหวัดปัตตานี (โดยนายขวัญชาติ วงศ์ศุภรานันต์ ปลัดจังหวัด ขณะนั้น) ได้อนุญาตให้จัดตั้งมูลนิธิเพื่อการศึกษาโรงเรียนสตรีพัฒนศึกษาฯ ได้ ตามทะเบียนเลขที่ ปน ๗๕/๒๕๕๔ ตั้งแต่วันที่ ๒๕ เมษายน พ.ศ.๒๕๕๔ โดยมีสำนักงานสาขาของมูลนิธิฯอยู่ที่สมาคมผู้บำเพ็ญประโยชน์แห่งประเทศไทยฯ
ต่อมาสมาคมผู้บำเพ็ญประโยชน์แห่งประเทศไทยฯ โดยรองศาสตราจารย์ ดร.วดี เขียวอุไร ผู้ลงนามแทนสมาคมฯในฐานะผู้รับใบอนุญาตโรงเรียนฯ ได้มีหนังสือถึงสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดปัตตานี และต่อมาสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปัตตานีเขต ๑ (โดยนายสุรศักดิ์ อินศรีไกร ผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปัตตานีเขต ๑) ได้อนุญาตให้สมาคมผู้บำเพ็ญประโยชน์แห่งประเทศไทยฯโอนกิจการโรงเรียนฯให้แก่มูลนิธิเพื่อการศึกษาโรงเรียนสตรีพัฒนศึกษาฯ โดยรองศาสตราจารย์ ดร.วดี เขียวอุไร เป็นผู้ลงนามแทนมูลนิธิฯ ตามหนังสืออนุญาต ที่ ปน ๒/๒๕๕๔ ตั้งแต่วันที่ ๘ มิถุนายน พ.ศ.๒๕๕๔ เป็นต้นไป
1 จัดการศึกษาวิชาสามัญและศาสนาอิสลาม ตามหลักสูตรของกระทรวงศึกษาธิการให้แก่เด็กผู้หญิงและเยาวสตรี ชื่อว่า โรงเรียนสตรีพัฒนศึกษา “หะยีนิเซาะ อาเก็บอุไร-บำเพ็ญ” เป็นโรงเรียนการกุศลไม่เก็บค่าธรรมเนียมการศึกษา
2 ให้บริการเกี่ยวเนื่องกับการศึกษาหรือเกี่ยวกับกิจการโรงเรียนให้แก่ผู้เรียน ครู ผู้ปกครอง บุคลากรของโรงเรียน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินกิจการโรงเรียน และชุมชน
3 ให้บริการด้านวิชาการและบริการอื่นแก่ผู้เรียน ครู บุคลากรของโรงเรียน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินกิจการโรงเรียน และชุมชน
4 จัดการศึกษาอบรมแก่ผู้ด้อยโอกาส ผู้พิการ ผู้ยากไร้ และผู้ที่มีความสามารถพิเศษ
5 ร่วมมือกับองค์กรการกุศลอื่นๆ เพื่อสาธารณประโยชน์
6 ไม่ดำเนินการเกี่ยวข้องกับการเมืองแต่ประการใด
ผ่านกาลเวลา และการเปลี่ยนแปลงในยุคต่างๆ จาก “ปอเนาะ” มาสู่ “โรงเรียนเอกชนในระบบ” จากโรงเรียนที่มี “สมาคม”เป็นผู้รับใบอนุญาต มาเป็น “มูลนิธิฯ” ถึงวันนี้ต้องขอขอบคุณศิษย์เก่า และผู้มีส่วนทุกท่าน ที่คอยเป็นกำลังใจให้กับเรา และหวังว่าเราในฐานะองค์กรผู้หญิงที่ทำงานพัฒนาจะสามารถเดินเคียงข้างผู้นำ เพื่อพัฒนาสังคมร่วมกันอย่างนี้ตลอดไป
อยากให้มีงานรวมพวกศิษย์เก่า-ศิษย์ปัจจุบันบ้าง