บันทึกจากแดนซากุระ 16 : เมื่อข้าม field สิ่งที่คุณเคยรู้มาลืมมันไปให้หมด แล้วเริ่มต้นเรียนรู้ใหม่

     บล็อกก่อนได้มีโอกาสเล่าให้ฟังแล้วว่าจากงานที่ฝึกทำกลายมาเป็นงานวิจัยได้ มันมีหลายขั้นตอน จะเรียกว่าเป็นอุปสรรคก็ไม่เชิง แต่ก็ต้องการการแก้ไขปัญหาเฉพาะหน้าเหมือนกัน หลังจากที่ run PCR-RFLP แล้วก็จะออกมาว่าเป็นกรดอมิโน Arginine หรือ Proline ที่จริงก็แค่คำนวณ allele frequency ก็บอกเป็น percentage เท่านั้นเอง อย่างเช่นมี Arginine เท่าไหร่ มี  Proline เท่าไหร่ ก็เทียบกันออกมาเป็นเปอร์เซ็นต์ ไม่เห็นมีอะไรเลย แต่บอกได้เลยครับว่าผิดหมด ผมก็เคยคิดอย่างนี้มาแล้ว ผิดชนิดที่ไม่มีเค้าถูกเลยแหละ แล้วที่ถูกมันเป็นอย่างนี้ครับ

     ยีนที่ควบคุมการสร้าง Arginine และ Proline มันอยู่บน autosomal chromosome ซึ่ง chromosome ของคนก็จะมีแขน สองข้าง ข้างหนึ่งได้จากแม่ อีกข้างได้จากพ่อ เอามาแปะกันตรงกลางเหมือนปาท่องโก๋ แล้วเจ้ายีนที่ควบคุมมันก็จะอยู่บนแขนทั้งสองข้าง สมมุติให้ยีนที่ควบคุม Arginine เป็น A และ Proline เป็น P ยีนที่ควบคุมก็จะมีได้ 3 ลักษณะ ดังนี้

     AA  พวกนี้ได้ A มาจากพ่อข้างหนึ่ง ได้ A มาจากแม่อีกข้างหนึ่ง (m1)

     AP พวกนี้ได้ A มาจากพ่อหรือแม่ข้างหนึ่ง และได้ P มาจากแม่หรือพ่ออีกข้างหนึ่ง (m2)

     PP พวกนี้ได้ P มาจากพ่อข้างหนึ่ง และได้ P มาจากแม่อีกข้างหนึ่ง (m3)

     เวลาคำนวณเราจะต้องแตกเจ้า AA ออกมาเป็น 2A  แล้วก็แตกเจ้า AP ออกมาเป็น 1A กับ 1P และแตก PP ออกมาเป็น 2P ที่นี้แล้วค่อยเอามาคำนวณ จะได้ว่า

          frequency (A) + frequency (P) = 1

     เพราะฉะนั้น     frequencyของ A = (2m1+m2)/2*(m1+m2+m3) 

     และ               frequency ของ B = (m2+2m3)/2*(m1+m2+m3) 

(ดูภาพด้านล่างประกอบ)

ทีนี้เราก็คำนวณ allele frequency ได้แล้ว ก็มาคำนวน Probability ของแต่ละ genotype ก็มีสูตรดังภาพข้างบน ส่วนที่มาของสูตรหาอ่านได้ตามหนังสือ population genetics ทั่วไปครับ โดยค่า p ก็คือ allele frequency ของ Arginine และ q คือ allele frequency ของ Proline

     ถัดมาก็คำนวณค่า chi square ค่าที่เรามีอยู่ก็คือค่า observe ส่วนค่า Expected เป็นค่าที่ได้จากการคำนวณครับ โดยคำนวณจาก ค่า prob ของแต่ละ allele คูณกับค่า Total เช่น genotype aa มีค่า prob (aa) = 0.2247 เอามาคูณกับค่า total ทั้งหมด 346 ราย รวมเป็นค่าคาดหวังว่าจะพบ genotype aa  = 77.73 เป็นต้น  genotype อื่นก็ทำลักษณะเดียวกัน

     ส่วนค่า chi square ได้จากการหา different ระหว่างค่าที่เรา observe กับค่าคาดหวัง (ดูภาพด้านบนประกอบ) แล้วเอาค่า different นี้ยกกำลังสองหารด้วยค่าคาดหวัง ก็จะได้ค่า chi square ของแต่ละ genotype แล้วค่า chi square รวมก็เป็นผลรวมของค่า chi square ที่หาได้ทั้งหมด หลังจากนั้นก็เอาไปคำนวนเป็นค่า p-value โดยใช้สูตร chidist (ค่าผลรวมของ chi square, degree of freedom) สำหรับค่า degree of freedom ของการหา 2 allele ก็คือ 1 ถ้าได้ค่า p-value ออกมาต่ำกว่า 0.05 แสดงว่า กลุ่มประชากรไม่ได้อยู่ใน Hardy-Weinberge equilibrium แต่ถ้าค่า p-value ออกมามากกว่าหรือเท่ากับ 0.05 แสดงว่ากลุ่มประชากรอยู่ใน Hardy-Winberge equilibrium ครับ

     เห็นไหมว่าคำนวณไม่ยาก เพียงแต่อย่าไปสนใจของเก่า เริ่มต้นเรียนของใหม่กันดีกว่า

[ปารมี]

ขอบคุณมากค่ะที่เผยแพร่เรื่องดีๆ อยากรู้เรื่องนี้มานานแล้ว

[mitochondria]

ด้วยความยินดีครับอาจารย์ รู้สึกดีจังเลยที่ความรู้ที่ร่ำเรียนมาเป็นประโยชน์กับผู้อื่นบ้าง