หลายๆคนที่ติดตามดูข่าวเหตุการภาคใต้คงจะคุ้นหูคุ้นตากับโรงเรียนปอเนาะดี โดยเฉพาะในช่วงนี้ดูเหมือนโรงเรียนปอเนาะจะมีภาพลักษ์ที่ไม่ดีมากนัก ทั้งๆความเป็นมาอันยาวนานของโรงเรียนปอเนาะมีภาพพจที่ดี

แต่ก่อนโรงเรียนกับปอเนาะจะไม่เข้ากัน เพราะความแตกต่างด้านระบบการสอน ซึ่งปอเนาะจะยึดหลักการสอนแบบโบราณที่ใช้มัสยิดหรือมูศอลลา (ที่ละหมาดทั่วไป) เป็นห้องหรือที่สอน ซึ่งโดยทั่วไปแล้วจะไม่มีการแบ่งกลุ่มและระดับนักศึกษาที่เข้ามาเรียน สำหรับคนที่ไม่เข้าใจก็จะมีพี่เลี้ยงช่วยติวให้

สำหรับโรงเรียนก็จะสอนตามห้องต่างๆและมีการแบ่งกลุ่มและระดับนักศึกษาโดยผ่านการสอบหรือตามอายุ

ต่อมาปอเนาะสวนใหญ่ก็จะยอมรับในระบบของโรงเรียนที่มีการแบ่งกลุ่มและระดับนักศึกษา แต่จะไม่ทิ้งระบบปอเนาะ โรงเรียนที่เกิดขึ้นใหม่จากสองระบบนี้จะเรียกกันว่าโรงเรียนปอเนาะ ซึ่งวิธีการสอนจะแบ่งเป็นสอนช่วงเวลา ช่วงกลางวันจะสอนตามห้อง (คือใช้ระบบโรงเรียนในช่วงเวลากลางวัน) และช่วงเวลาค่ำคืนและเช้าตรูก็จะสอนตามระบบปอเนาะ

ในยุคปัจจุบันมีโรงเรียนมากมายที่เปิดสอนศาสนาโดยใช้ระบบโรงเรียนสอนศาสนาและไม่มีระบบปอเนาะ แต่คนสวนใหญ่ยังเรียกว่าโรงเรียนปอเนาะ เพราะมันติดปากไปแล้ว

ในสมัยอดีตการสอนแบบระบบปอเนาะเป็นที่นิยมมาก และจะไม่มีสวนเกียวข้องกับการเมืองเป็นอย่างใด นักวิชาการอิสลามสมัยก่อนถือว่าการเข้าไปยุ่งเกียวกับการเมืองมีแต่จะทำให้เสียมเสียความน่าเชื่อถือ และสถาบันระบบปอเนาะในอดีตจะไม่ยอมรับผู้กระทำผิดหลักอิสลามอย่างเด็ดขาด

ในยุคปัจจุบันมีโรงเรียนปอเนาะบางแห่งที่มีพฤติกรรมที่ขัดกับหลักการในอิสลาม และมักจะอ้างว่าตนเองกระทำถูกต้องตามหลักคำสอนของศาสนา ซึ่งจริงๆแล้วโรงเรียนเหล่านี้กระทำไปเพราะมีคนบางกลุ่มที่มีผลประโยชน์สวนตัวแสกอยู่

ฉะนั้นเมื่อใดที่มีกลุ่มคนที่หวังผลประโยชน์สวนตัวอยู่ในสถาบันใดสถาบันหนึ่ง สิ่งที่ไม่ขาดคิดและไม่พึ่งประสงค์ก็จะตามมา และผลกระทบก็จะเกิดกับพี่น้องมุสลิมทั่งประเทศ