การจัดสรรงบประมาณ ก่อน พ.ศ.2544 การจัดสรรงบประมาณด้านต่างๆ สสจ.จะจัดสรรผ่าน สสอ. เพื่อให้ สสอ. จัดสรรให้กับสถานีอนามัยต่างๆ ในภาพรวมไม่ได้แยกชัดเจน แต่ตั้งแต่มีโครงการหลักประกันสุขภาพถ้วนหน้า ปีงบประมาณ 2544 เป็นต้นมามีการเปลี่ยนแปลงการจัดสรรงบประมาณเป็นเหมาจ่ายรายหัว ซึ่ง สสจ. จะจัดสรรให้ CUP ต่างๆ เป็น 3 ส่วน คือ

1. OPD จัดสรรตามจำนวนผู้ป่วยนอก

2. IPD จัดสรรตามจำนวนผู้ป่วยใน

3. P&P จัดสรรตามจำนวนประชากร ใช้ในการส่งเสริมและป้องกันโรค

ซึ่งการจัดสรรงบประมาณแบบปัจจุบันนี้ สามารถนำงบ P&P มาใช้ปฏิบัติงานเชิงรุกในการส่งเสริมและป้องกันโรค เช่น โครงการออกกำลังกาย , อาหารปลอดภัย , ไข้เลือดออก , ฉี่หนู ป็นต้น ทำให้เกิดสภาพคล่องในการทำงาน สามรถแก้ปัญหาได้ถูกจุดและรวดเร็วทันเวลา