วิธีฝึกสมาธิ และธยานะ มีข้อปลีกย่อยที่เหมือนกันและต่างกันคือ ท่าในการฝึกสมาธิ คือขาขวาทับขาซ้าย มือขวาทับมือซ้าย นั่งตัวตรง หลับตา แล้วกำหนดอารมณ์ที่เหมาะกับจริตของตนอย่างใดอย่างหนึ่งใน ๔๐ อย่าง เช่นกำหนดลมหายใจเข้าออก (อานาปานสติ) หรืเพ่งกสิณ เป็นต้น ทั้งหมดนี้เป็นสมถกรรมฐาน และผลที่เกิดจากการฝึกสมถกรรมฐาน คือได้ฌานสมาบัติซึ่งมิใช่จุดหมายของพุทธปรัชญา การจะบรรลุถึงจุดหมายปลายทางได้ จะต้องเจริญวิปัสสนาต่อโดยใช้สติพิจารณา กาย, เวทนา, จิต, ธรรม อย่างใดอย่างหนึ่ง ผลของวิปัสสนาจะทำให้เกิดวิปัสสนาญาณ ที่รู้เห็นสิ่งทั้งหลายตามความเป็นจริง รู้เท่าทันกิเลส ตัณหา และบรรลุถึงความหลุดพ้นในที่สุดส่วนท่าในการฝึกธยานะจะนั่งท่าขัดสมาธิ หลับตาแล้วกำหนดลมหายใจเข้าออก(ปราณายามะ-Pranayama) จุดประสงค์เพื่อทำจิตใจตั้งมั่นแน่วแน่และที่สำคัญกว่าการกำหนดลมหายใจ คือ การเพ่งจิตไปที่หน้าผาก (ปรัตยาหาระ-Pratyahara) และที่ส่วนต่างๆ ของร่างกาย จุดประสงค์ก็เพื่อทำจิตให้สงบ และหลุดพ้น ดังนั้นจะเห็นได้ว่าท่านั่งในการฝึกคล้ายกัน ต่างกันแต่วางมือเท่านั้น นอกจากนี้การกำหนดอารมณ์ก็ คล้ายกัน คือ อานาปาณสติ เปรียบเทียบ ได้กับปราณายมะ และกสิณ ได้แก่การเพ่งเปรียบเทียบได้กับปรัตยาหาระ การเพ่งจิตไปที่ส่วนต่างๆ ของร่างกาย เช่น ที่หน้าผาก เป็นต้น ส่วนความแตกต่างกันที่เห็นได้ชัดเจน คือ พุทธปรัชญา มีการฝึกสติ (สติปัฏฐาน) แต่ปรัชญาเชนไม่มี