หน่วยงานที่ไม่ชอบหรืออาจจะกลัวการตรวจสอบภายในอาจเนื่องมาจากสาเหตุ 2 ประการ คือ (1) ไม่เข้าใจบทบาทหน้าที่ของหน่วยตรวจสอบภาย ได้ยินได้ฟังการเล่าต่อๆ กันมาแบบผิดๆ และ  (2) มีการดำเนินงานที่ไม่โปร่งใสเกิดขึ้นในหน่วยงานนั้นๆ