องค์ประกอบของระบบวิจัย ประกอบด้วย ผู้มีส่วนได้ส่วนเสียจากการวิจัย รวมทั้งผู้ใช้ประโยชน์จากงานวิจัย นักวิจัย หน่วยงานวิจัย หน่วยบริหารทุนวิจัย และหน่วยกำหนดนโยบายการวิจัยของประเทศ ซึ่งองคาพยพเหล่านี้จะต้องมีความเชื่อมโยงถึงกัน และทำงานร่วมกันอย่างเป็นระบบ

ถ้าแบ่งองค์ประกอบของระบบวิจัยเหล่านี้ออกเป็นส่วน ๆ ในกระบวนการสร้างผลผลิตของงานวิจัยตั้งแต่ปัจจัยนำเข้า (Input) การบริหารจัดการ (Management) และผลผลิต (Output) ซึ่งจะนำไปสู่ผลลัพธ์ (Outcome) และผลกระทบ (Impact) ต่อไปดังผิดพลาด! ไม่พบแหล่งการอ้างอิง นั้น ในส่วนของปัจจัยนำเข้าซึ่งเป็นปัจจัยจำกัดอย่างหนึ่งในระบบการวิจัยนั้น จะมีอยู่สองอย่างที่สำคัญคือ นักวิจัย และงบประมาณการวิจัย หากปัจจัยนำเข้าทั้งสองส่วนนี้มีไม่เพียงพอ ก็จะส่งผลกระทบถึงจำนวนผลผลิตของงานวิจัยโดยตรง
       
       จากข้อมูลของ R&D World Competitive Yearbook (2004) รายงานขีดความสามารถของประเทศต่าง ๆ เชิงเปรียบเทียบ โดยใช้ข้อมูลพื้นฐานบางประการเช่น จำนวนนักวิจัย งบประมาณ จำนวนผลงาน และสิทธิบัตร พบว่าประเทศไทยมีทรัพยากรนำเข้าค่อนข้างต่ำมาก เช่นจำนวนนักวิจัยต่อประชากร 10,000 คน ของไทยมีเพียง 3 คนเท่านั้น และงบประมาณที่สนับสนุนการวิจัยคิดเป็นร้อยละ 0.26 ของรายได้ประชาชาติ (GDP) และได้ผลงานวิจัยตีพิมพ์ในระดับสากลเพียงปีละ 2,283 เรื่อง ในปี 2546 และมีสิทธิบัตรนานาชาติเฉลี่ยเพียงปีละ 98 เรื่องเท่านั้น จากปัจจัยนำเข้าที่มีอยู่ (Input) คือจำนวนนักวิจัยและงบประมาณวิจัยที่ค่อนข้างน้อยกว่าที่ควรจะเป็น อันมีสาเหตุมาจากนโยบายการวิจัยที่ไม่ชัดเจน ประกอบกับการบริหารจัดการทุนวิจัยที่ไม่รัดกุมเพียงพอเนื่องจากงบประมาณการวิจัยส่วนใหญ่ส่งตรงจากสำนักงบประมาณไปยังหน่วยวิจัยโดยตรงโดยไม่ผ่านหน่วยบริหารจัดการทุนวิจัย ทำให้ระบบการจัดการส่วนนี้อ่อนแอ จึงส่งผลให้ปริมาณผลผลิต (Output) ที่ได้ น้อยมากเมื่อเทียบกับประเทศอื่น ๆ ซึ่งส่งผลให้ผลงานที่สามารถนำไปใช้เพื่อการพัฒนาประเทศหรือนวัตกรรม ซึ่งเป็นส่วนของ Outcome มีน้อยมากตามไปด้วย และส่งผลกระทบ (Impact) ให้ระดับขีดความสามารถด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีของประเทศไทยอยู่ในอันดับที่ 55 จาก 60 ประเทศ และระดับขีดความสามารถในการแข่งขันโดยรวมอยู่อันดับที่ 29
       
            งบประมาณการวิจัย
       
       งบประมาณที่ใช้สนับสนุนการวิจัยของภาครัฐที่จัดสรรผ่านสำนักงบประมาณในแต่ละปีนั้น มีประมาณ 8,000 ล้านบาท โดยส่วนใหญ่จัดสรรตรงไปยังหน่วยงานทำการวิจัย และมีเพียงส่วนน้อย (น้อยกว่าร้อยละ 20) ที่จัดสรรผ่านหน่วยบริหารจัดการงานวิจัย เช่น สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย และสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติบางส่วน
       
       ปัจจุบันยังไม่มีระบบประเมินสัมฤทธิผลที่ได้จากการลงทุนวิจัยในลักษณะดังกล่าว จึงทำให้ภาพของการบริหารของหน่วยจัดการทุนวิจัยยังไม่เด่นชัดเท่าที่ควร อย่างไรก็ตาม จากการประเมินอย่างไม่เป็นทางการของสำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติโดยผ่านทางบริษัท Thai Rating and Information Services (TRIS) เมื่อปี 2542 ผลปรากฏว่าการบริหารงานของสำนักงานจัดการทุนวิจัยเช่น สกว. และสวทช. สามารถดำเนินการได้ดีถึงดีมาก เมื่อเทียบกับรูปแบบการส่งงบประมาณวิจัยไปยังหน่วยวิจัยโดยตรง ดังนั้น การจัดสรรงบประมาณโดยตรงไปยังหน่วยวิจัยหรือหน่วยปฏิบัติการโดยไม่ผ่านกระบวนการจัดการที่ดีนั้น น่าจะส่งผลให้การลงทุนด้านการวิจัยขาดประสิทธิภาพ (ติดตามต่อสัปดาห์หน้า)